Orca: Różnice pomiędzy wersjami
| Linia 1: | Linia 1: | ||
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < Orca</small> | <small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < Orca</small> | ||
| − | {{aplikacja|nazwa=Orca|logo=|serwer=[[Supernova]]|wersja=2.8.0.2}} | + | {{aplikacja|nazwa=Orca|logo=|serwer=[[Supernova]]|wersja=2.9.1 |wersja2=2.8.0.2}} |
'''Orca''' - oprogramowanie chemiczne do obliczeń metodą ''ab initio'', DFT i półempiryczne SCF-MO. | '''Orca''' - oprogramowanie chemiczne do obliczeń metodą ''ab initio'', DFT i półempiryczne SCF-MO. | ||
| − | + | == Licencja == | |
WCSS udostępnia program do wykorzystania w celach naukowych, nie komercyjnych. | WCSS udostępnia program do wykorzystania w celach naukowych, nie komercyjnych. | ||
| + | === Informacje o wykorzystaniu === | ||
W przypadku użycia programu autorzy wymagają cytowania w publikacjach następującej pracy (p. 4 licencji):<br/> '''''"Neese, F. ORCA – an ab initio, Density Functional and Semiempirical program package, Version 2.5. University of Bonn, 2006."''''' | W przypadku użycia programu autorzy wymagają cytowania w publikacjach następującej pracy (p. 4 licencji):<br/> '''''"Neese, F. ORCA – an ab initio, Density Functional and Semiempirical program package, Version 2.5. University of Bonn, 2006."''''' | ||
Manual podaje, które artykuły należy cytować w związku z wykorzystaniem konkretnych metod. | Manual podaje, które artykuły należy cytować w związku z wykorzystaniem konkretnych metod. | ||
| − | + | {{Podziękowanie WCSS}} | |
| − | |||
| − | |||
| − | + | == Korzystanie w WCSS == | |
| − | + | === Uruchamianie zadań === | |
| − | |||
| − | |||
Zadanie do kolejki wstawia się poleceniem: | Zadanie do kolejki wstawia się poleceniem: | ||
| Linia 29: | Linia 26: | ||
** pamiec_w_MB = 1800 | ** pamiec_w_MB = 1800 | ||
| − | === Dokumentacja | + | === Środowisko i praca interaktywna === |
| − | * [http:// | + | Przed przystąpieniem do korzystania z aplikacji w trybie interaktywnym należy wstawić do kolejki zadanie interaktywne, np.: |
| − | * [http:// | + | |
| + | > '''qsub -I''' -q short6h -l select=1:ncpus=1:mem=1800MB | ||
| + | |||
| + | Następnie należy ustawić środowisko programu wykonując polecenie, odpowiednio do wersji, której chcemy użyć: | ||
| + | > '''module load orca''' (dla wersji domyślnej - najnowszej) | ||
| + | > module load orca/2.9.1 | ||
| + | > module load orca/2.8.0.2 | ||
| + | |||
| + | Powyższe polecenie ustawia odpowiednie ścieżki dostępu do aktualnie najnowszej wersji programu, w tym do polecenia <code>orca</code> i pozostałych poleceń wywołujących poszczególne moduły. | ||
| + | > orca | ||
| + | |||
| + | == Dokumentacja == | ||
| + | * [http://cec.mpg.de/forum/ Strona domowa programu] | ||
| + | * [http://cec.mpg.de/forum/OrcaManual.pdf Manual v. 2.9.1] | ||
{{oprogramowanie}} | {{oprogramowanie}} | ||
[[Kategoria:Oprogramowanie]] | [[Kategoria:Oprogramowanie]] | ||
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]] | [[Kategoria:Podręcznik użytkownika]] | ||
Wersja z 07:15, 26 kwi 2013
< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < Orca
| Orca | |
|---|---|
| Serwer | Wersja |
| Supernova | 2.9.1 2.8.0.2 |
| Kontakt | |
| kdm@wcss.pl | |
Orca - oprogramowanie chemiczne do obliczeń metodą ab initio, DFT i półempiryczne SCF-MO.
Licencja
WCSS udostępnia program do wykorzystania w celach naukowych, nie komercyjnych.
Informacje o wykorzystaniu
W przypadku użycia programu autorzy wymagają cytowania w publikacjach następującej pracy (p. 4 licencji):
"Neese, F. ORCA – an ab initio, Density Functional and Semiempirical program package, Version 2.5. University of Bonn, 2006."
Manual podaje, które artykuły należy cytować w związku z wykorzystaniem konkretnych metod.
Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):
"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "
"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."
Korzystanie w WCSS
Uruchamianie zadań
Zadanie do kolejki wstawia się poleceniem:
sub-orca-seq plik_wejsciowy [kolejka] [pamiec_w_MB]
Gdzie:
- Parametry w nawiasach [ ] są opcjonalne
- Domyślne wartości:
- kolejka = normal
- pamiec_w_MB = 1800
Środowisko i praca interaktywna
Przed przystąpieniem do korzystania z aplikacji w trybie interaktywnym należy wstawić do kolejki zadanie interaktywne, np.:
> qsub -I -q short6h -l select=1:ncpus=1:mem=1800MB
Następnie należy ustawić środowisko programu wykonując polecenie, odpowiednio do wersji, której chcemy użyć:
> module load orca (dla wersji domyślnej - najnowszej) > module load orca/2.9.1 > module load orca/2.8.0.2
Powyższe polecenie ustawia odpowiednie ścieżki dostępu do aktualnie najnowszej wersji programu, w tym do polecenia orca i pozostałych poleceń wywołujących poszczególne moduły.
> orca
Dokumentacja
| Oprogramowanie naukowe |
Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD: Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k |
|---|