Siesta: Różnice pomiędzy wersjami
| Linia 24: | Linia 24: | ||
=== Korzystanie w WCSS === | === Korzystanie w WCSS === | ||
| − | Siesta | + | Program Siesta zainstalowany jest na klastrze [[Bem]] w drzewie /usr/local/siesta. |
| − | + | Praca z pakietem w trybie interaktywnym jest możliwa po uruchomieniu zadania interaktywnego, np: | |
| − | + | > qsub -I -l -l walltime=06:00:00 -l software=Siesta_WERSJA | |
| − | + | ||
| + | Środowisko programu inicjalizowane jest w powłoce przez polecenie: | ||
| + | > module load siesta (dla wersji domyślnej - najnowszej) | ||
| + | > module load siesta/3.2-intel15.0 | ||
=== Dokumentacja === | === Dokumentacja === | ||
Wersja z 14:05, 29 lut 2016
< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < Siesta
| SIESTA | |
|---|---|
 | |
| Serwer | Wersja |
| Bem | 3.2 |
| Kontakt | |
| kdm@wcss.pl | |
SIESTA (Spanish Initiative for Electronic Simulations with Thousands of Atoms)
Wydajna aplikacja do przeprowadzania obliczeń DFT. Implementacją autorskiej metody pozwala na licznie b.dużych układów w rozsądnym czasie. Stosowana tam, gdzie kosztowne, liczące funkcje falowe wszystkich elektronów, metody byłyby nieefektywne.
Algorytm SIESTY liczy tylko walencyjne gęstości elektronowe, reszta(rdzeń) przybliżany jest psudopotencjałem. Ze względu na użyte metody SIESTA daje wiarygodne wyniki w przypadku stanów podstawowych, np: szukanie optymalnej geometrii, ścieżka reakcji, MD. Nie radzi sobie natomiast ze stanami wzbudzonymi oraz, ponieważ korzysta z aproksymacji pseudopotencjałami, z właściwości wynikających ze stanów elektronów rdzenia atomowego (np. gradient elektronowy).
Szybkość SIESTY bierze się z zastosowanych przybliżeń (pseudopotencjały) oraz z alternatywnego algorytmu liczenia, który skaluje się liniowo (N-order method). SIESTA może przełączać się między standardowym i alternatywny algorytmem (domyślnie przełączenie ustawione jest na 100 atomów), aby zapewnić maksymalną efektywność.
Wg. "SIESTA cominando" A.Postnikov
Licencja
WCSS posiada licencję dla centrum obliczeniowego ([1]). Niezależnie od tego, każdy użytkownik, który chce prowadzić obliczania musi wystąpić do autorów i uzyskać [2]licencję indywidualną. WCSS nie może wykonać tego kroku w imieniu użytkownika.
W celu uzyskania dostępu do systemowej instalacji Siesty, prosimy o zgłoszenie takiego zapotrzebowania do administratorów, pamiętając o wcześniejszym zapoznaniu się z warunkami licencji: licencja Siesta.
Korzystanie w WCSS
Program Siesta zainstalowany jest na klastrze Bem w drzewie /usr/local/siesta.
Praca z pakietem w trybie interaktywnym jest możliwa po uruchomieniu zadania interaktywnego, np:
> qsub -I -l -l walltime=06:00:00 -l software=Siesta_WERSJA
Środowisko programu inicjalizowane jest w powłoce przez polecenie:
> module load siesta (dla wersji domyślnej - najnowszej) > module load siesta/3.2-intel15.0
Dokumentacja
| Oprogramowanie naukowe |
Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD: Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k |
|---|