Siesta: Różnice pomiędzy wersjami

Z KdmWiki
Przejdź do nawigacji Przejdź do wyszukiwania
(Utworzył nową stronę „<small>< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe</small> {{zasobytab|logo=|serwery=Nova}} '''Siesta''' === Licencj...”)
 
 
(Nie pokazano 21 wersji utworzonych przez 6 użytkowników)
Linia 1: Linia 1:
−
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]]</small>
+
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < Siesta</small>
−
{{zasobytab|logo=|serwery=[[Nova]]}}
+
{{aplikacja|nazwa=SIESTA|logo=[[Plik:siesta.png|noframe|center]]|serwer=[[Bem]]|wersja='''3.2'''|wersja2='''4.0,4.1-b4'''}}
−
'''Siesta'''   
+
'''SIESTA (Spanish Initiative for Electronic Simulations with Thousands of Atoms)'''   
  
−
=== Licencja ===
+
Wydajna aplikacja do przeprowadzania obliczeń DFT. Implementacją autorskiej metody pozwala na licznie b.dużych układów w
−
WCSS posiada licencję dla centrum obliczeniowego ([http://www.icmab.es/siesta/Terms-Conditions-for-groups Academic License for Computing Centers]). Niezależnie od tego, każdy użytkownik, który chce prowadzić obliczania musi wystąpić do autorów i uzyskać [http://www.icmab.es/siesta/termsconditions licencję indywidualną]. WCSS nie może wykonać tego kroku w imieniu użytkownika.
+
rozsądnym czasie. Stosowana tam, gdzie kosztowne, liczące funkcje falowe wszystkich elektronów, metody byłyby nieefektywne.  
  
−
W celu uzyskania dostępu do systemowej instalacji Siesty, prosimy o zgłoszenie takiego zapotrzebowania do [[kontakt|administratorów]], pamiętając o wcześniejszym uzyskaniu licencji indywidualnej. Tylko posiadaczom takiej licencji WCSS może umożliwić dostęp.
+
Algorytm SIESTY liczy tylko walencyjne gęstości elektronowe, reszta(rdzeń) przybliżany jest psudopotencjałem.
 +
Ze względu na użyte metody SIESTA daje wiarygodne wyniki w przypadku stanów podstawowych, np: szukanie optymalnej
 +
geometrii, ścieżka reakcji, MD. Nie radzi sobie natomiast ze stanami wzbudzonymi oraz, ponieważ korzysta z aproksymacji
 +
pseudopotencjałami, z właściwości wynikających ze stanów elektronów rdzenia atomowego (np. gradient elektronowy).
 +
 
 +
Szybkość SIESTY bierze się z zastosowanych przybliżeń (pseudopotencjały) oraz z alternatywnego algorytmu liczenia, który
 +
skaluje się liniowo (N-order method). SIESTA może przełączać się między standardowym i alternatywny algorytmem (domyślnie
 +
przełączenie ustawione jest na 100 atomów), aby zapewnić maksymalną efektywność.
 +
 
 +
Wg. "SIESTA cominando" A.Postnikov
  
 
=== Korzystanie w WCSS ===
 
=== Korzystanie w WCSS ===
−
Siesta dostępna jest w WCSS na klastrze [[Nova]].
+
Program Siesta zainstalowany jest na klastrze [[Bem]]
 +
 
 +
Praca z pakietem w trybie interaktywnym jest możliwa po uruchomieniu zadania interaktywnego, np.:
 +
qsub -I -l walltime=06:00:00 -l software=Siesta_4.1-b4-intel-2018b
 +
 
 +
Środowisko programu inicjalizowane jest w powłoce przez polecenie, np.:
 +
module load Siesta/4.1-b4-intel-2018b
  
 
=== Dokumentacja ===
 
=== Dokumentacja ===
−
* [http://www.icmab.es/siesta Strona domowa pakietu]
+
* [http://departments.icmab.es/leem/siesta Strona domowa pakietu]
−
 
+
* [https://departments.icmab.es/leem/SIESTA_MATERIAL/Docs/Manuals/siesta-4.1-b4.pdf Dokumentacja Siesta 4.1-b4 (PDF)]
  
 
{{Oprogramowanie}}
 
{{Oprogramowanie}}
 
[[Kategoria:Oprogramowanie]]
 
[[Kategoria:Oprogramowanie]]

Aktualna wersja na dzień 12:48, 22 lip 2020

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < Siesta

SIESTA
noframe
Serwer Wersja
Bem 3.2
4.0,4.1-b4
Kontakt
kdm@wcss.pl

SIESTA (Spanish Initiative for Electronic Simulations with Thousands of Atoms)

Wydajna aplikacja do przeprowadzania obliczeń DFT. Implementacją autorskiej metody pozwala na licznie b.dużych układów w rozsądnym czasie. Stosowana tam, gdzie kosztowne, liczące funkcje falowe wszystkich elektronów, metody byłyby nieefektywne.

Algorytm SIESTY liczy tylko walencyjne gęstości elektronowe, reszta(rdzeń) przybliżany jest psudopotencjałem. Ze względu na użyte metody SIESTA daje wiarygodne wyniki w przypadku stanów podstawowych, np: szukanie optymalnej geometrii, ścieżka reakcji, MD. Nie radzi sobie natomiast ze stanami wzbudzonymi oraz, ponieważ korzysta z aproksymacji pseudopotencjałami, z właściwości wynikających ze stanów elektronów rdzenia atomowego (np. gradient elektronowy).

Szybkość SIESTY bierze się z zastosowanych przybliżeń (pseudopotencjały) oraz z alternatywnego algorytmu liczenia, który skaluje się liniowo (N-order method). SIESTA może przełączać się między standardowym i alternatywny algorytmem (domyślnie przełączenie ustawione jest na 100 atomów), aby zapewnić maksymalną efektywność.

Wg. "SIESTA cominando" A.Postnikov

Korzystanie w WCSS

Program Siesta zainstalowany jest na klastrze Bem

Praca z pakietem w trybie interaktywnym jest możliwa po uruchomieniu zadania interaktywnego, np.: 

qsub -I -l walltime=06:00:00 -l software=Siesta_4.1-b4-intel-2018b

Środowisko programu inicjalizowane jest w powłoce przez polecenie, np.: 

module load Siesta/4.1-b4-intel-2018b

Dokumentacja

Oprogramowanie
naukowe 		Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD:  Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k


Źródło: „https://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Siesta&oldid=6111”