TURBOMOLE

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe

Zasoby Nova

TURBOMOLE - pakiet do obliczeń chemicznych metodami ab initio, implementuje wiele algorytmów z zakresu chemii kwantowej.

Korzystanie z Turbomole w WCSS

Pakiet TURBOMOLE zainstalowany jest na klastrze Nova.

Sposób użycia

Należy wejść do katalogu z plikami wejściowymi, wydać polecenie:

sub-turbomole <nazwa_programu> <pamięć> <kolejka> <liczba cpu>

gdzie:

• <nazwa_programu> to coś z:

aoforce     eigerf      moloch      ricc2_mpi   sdg         
atbandbta   escf        mpgrad      riccprep    statpt
bsseenergy  freeh       mpgrad_mpi  ridft       tm2molden
cosmoprep   frog        mpshift     ridft_mpi   uff
define      grad        rdgrad      rimp2       vibration
dscf        grad_mpi    rdgrad_mpi  rimp2prep   jobex
dscf_mpi    intense     relax       ruecker     
egrad       mdprep      ricc2       sammler     

• <pamięć> to pamięć przydzielona zadaniu (sumarycznie).
• <kolejka> to np. parallel
• <liczba cpu> to liczba procesorów przydzielonych zadaniu

Po wykonaniu programu w katalogu pojawi się plik z wynikiem działania o nazwie TURBO_<nazwa_programu>.o*

Pliki tymczasowe. TURBOMOLE tworzy niektóre pliki tymczasowe np. twoint1 w katalogu domowym. Zapis do katalogu domowego jest kilkukrotnie wolniejszy niż do scratch. Dlatego ważne jest, aby zmienić odpowiednie ścieżki w pliku control. np. twoint1 na /scratch/nazwa_uzytkownika/twoint1.

Dokumentacja

• Strona domowa pakietu TURBOMOLE
• Forum użytkowników TURBOMOLE

Zobacz też: Oprogramowanie KDM