Kompilacja aplikacji równoległych: Różnice pomiędzy wersjami

Z KdmWiki
Przejdź do nawigacji Przejdź do wyszukiwania
 
(Nie pokazano 38 wersji utworzonych przez 2 użytkowników)
Linia 1: Linia 1:
−
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Kompilacja aplikacji równoległych]]</small>
+
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Kompilacja aplikacji na klastrze]] < [[Kompilacja aplikacji równoległych]]</small>
  
−
Znakomita większość oprogramowania na klastrze zainstalowana jest tak, aby korzystała z któregoś z protokołów wymiany informacji między procesami ([[MPI |mpi]],[[OpenMP | OpenMP]],[[PVM | PVM]]).
+
Znakomita większość oprogramowania na klastrze [[Bem]] jest zainstalowana w wersji równoległej tak, aby korzystała z jednego ze sposobów wymiany informacji między procesami (m.in. [[MPI|MPI]], [[OpenMP|OpenMP]], [[PVM|PVM]]). Podczas kompilacji aplikacji równoległych należy odnieść się, odpowiednio [[korzystanie z modułów |konfigurując środowisko systemowe]], do bibliotek wspomnianych wyżej środowisk równoległych.
−
Podczas kompilacji rónoległych aplikacji należy odnieść się, odpowiednio [[korzystanie z modułów | konfigurując srodowisko systemowe]], do bibliotek wspomnianych wyżej protokołów.
 
  
−
Na przykład, linkowanie z bibliotekami mvapich2 (jedna z implementacji standardu [[MPI | mpi]]-2) budowanymi intelowskimi kompilatorami można uczynić na dwa sposoby:
+
=== Przygotowanie środowiska pracy ===
−
*'''przy pomocy wrapera na kompilator'''
+
Przygotowanie środowiska pracy polega na:
−
  module load mvapich2/1.5.1p1
+
* załadowaniu [[korzystanie z modułów|modułu]] dla wybranego kompilatora np.:
−
  mvapich2/1.5.1p1
+
  module load intel/15.0
−
echo $PATH
+
* załadowaniu odpowiednich bibliotek MPI-owych np.:
−
'''/usr/local/mpi/intel/mvapich2-1.5.1p1-intel_composerxe-2011.1.107/bin/'''
+
  module load openmpi/1.10.1-intel15.0
−
which mpif90
+
{{uwaga3|Należy pamiętać, aby biblioteki MPI-owe zostały zbudowane wersją kompilatora, na którą wskazują zmienne środowiskowe}}
−
  '''/usr/local/mpi/intel/mvapich2-1.5.1p1-intel_composerxe-2011.1.107/bin/mpif90'''
+
* załadowanie innych bibliotek wymaganych przez kompilowaną aplikację, na przykład matematycznych:
 +
  module load mkl/15.0
  
−
:Wraper '''mpif90''' odpowiednio ustawia flagi kopmilatora ifort (standard - fortran90), tak aby aplikacja korzystała z komunikacji międzyprocesowej.
+
=== Proces kompilacji ===
−
*'''ręcznie ustawiając odpowiednie flagi'''
 
  
−
Na klastrze [[Nova | Supernova ]] zainstalowano wiele bibliotek implementujących standardy[[MPI | mpi]], [[MPI2 | mpi-2]] oraz [[OpenMP | OpenMP ]] przy użyciu pakietów kompilatorów opensource`owych (gcc) oraz dostarczonych od intela.
+
Najłatwiej skorzystać z wrapera. Wraper to skrypt, który odwołuje się do właściwego kompilatora i ustawia za użytkownika odpowiednie opcje. Opcje związane są m.in. ze sposobem linkowania [http://pl.wikipedia.org/wiki/Biblioteka_wsp%C3%B3%C5%82dzielona współdzielonych_bibliotek] MPI.
  
−
Na przykład.
+
{| class="wikitable" style="text-align:right"
−
* openmpi/1.4.3
+
|+ Nazwy kompilatorów w pakiecie [http://software.intel.com/en-us/articles/intel-composer-xe/ Intel Composer XE 2011] i odpowiadających im wraperów z openmpi dostępnych na klastrze [[Bem]].  
−
* openmpi/1.4.3-intel_10.1
+
! nazwa kompilatora
−
* openmpi/1.4.3_gcc412
+
! polecenie kompilatora
−
* openmpi/1.4.3_gcc453
+
! nazwa wrapera
−
* mvapich2/1.5.1p1
+
|-
−
* mvapich2/1.6
+
| kompilator C
−
* mvapich2/1.6_gcc
+
| icc
 +
| mpicc
 +
|-
 +
| kompilator C++
 +
| icpc
 +
| mpic++
 +
|-
 +
| kompilator FORTRAN77
 +
| ifort
 +
| mpif77
 +
|-
 +
| kompilator FORTRAN90
 +
| ifort
 +
| mpif90
 +
|}
 +
Czasami, gdy nie można, z różnych powodów użyć wrapera, należy ustawić flagi ręcznie. Jest to rozwiązanie zalecane dla zaawansowanych użytkowników, którzy mają pełną świadomość ustawianych opcji.
  
−
Odpowiednie ustawienie środowiska pracy polaga na:
+
'''Zobacz też:'''
−
* załadowaniu modułu dla wybranego kompilatora np.
+
* [[Korzystanie z modułów]]
−
module load intel/12.0
+
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]
−
intel/12.0 load complete
 
−
* załadowaniu odpowiednich bibiliotek mpi-owych np.
 
−
  module load mvapich2/1.5.1p1
 
−
  mvapich2/1.5.1p1 load complete
 
−
'''Należy pamiętać, aby biblioteki mpi-owe zbudowane zostały tą samą wersją kompilatora z załadowana.'''
 

Aktualna wersja na dzień 11:38, 22 lut 2016

< Podręcznik użytkownika KDM < Kompilacja aplikacji na klastrze < Kompilacja aplikacji równoległych

Znakomita większość oprogramowania na klastrze Bem jest zainstalowana w wersji równoległej tak, aby korzystała z jednego ze sposobów wymiany informacji między procesami (m.in. MPI, OpenMP, PVM). Podczas kompilacji aplikacji równoległych należy odnieść się, odpowiednio konfigurując środowisko systemowe, do bibliotek wspomnianych wyżej środowisk równoległych.

Przygotowanie środowiska pracy

Przygotowanie środowiska pracy polega na:

  • załadowaniu modułu dla wybranego kompilatora np.:
module load intel/15.0
  • załadowaniu odpowiednich bibliotek MPI-owych np.:
module load openmpi/1.10.1-intel15.0

 ! Należy pamiętać, aby biblioteki MPI-owe zostały zbudowane wersją kompilatora, na którą wskazują zmienne środowiskowe

  • załadowanie innych bibliotek wymaganych przez kompilowaną aplikację, na przykład matematycznych:
module load mkl/15.0

Proces kompilacji

Najłatwiej skorzystać z wrapera. Wraper to skrypt, który odwołuje się do właściwego kompilatora i ustawia za użytkownika odpowiednie opcje. Opcje związane są m.in. ze sposobem linkowania współdzielonych_bibliotek MPI.

Nazwy kompilatorów w pakiecie Intel Composer XE 2011 i odpowiadających im wraperów z openmpi dostępnych na klastrze Bem.
nazwa kompilatora polecenie kompilatora nazwa wrapera
kompilator C icc mpicc
kompilator C++ icpc mpic++
kompilator FORTRAN77 ifort mpif77
kompilator FORTRAN90 ifort mpif90

Czasami, gdy nie można, z różnych powodów użyć wrapera, należy ustawić flagi ręcznie. Jest to rozwiązanie zalecane dla zaawansowanych użytkowników, którzy mają pełną świadomość ustawianych opcji.

Zobacz też:

Źródło: „https://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Kompilacja_aplikacji_równoległych&oldid=5345”