Charmm: Różnice pomiędzy wersjami

Z KdmWiki
Przejdź do nawigacji Przejdź do wyszukiwania
 
Linia 1: Linia 1:
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < [[Accelrys]] < Charmm</small>
+
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < Charmm</small>
<!-- {{zasobytab|logo=|serwery=[[Tezro]]}} -->
 
  
'''Charmm''' ('''C'''hemistry at '''HAR'''ward '''M'''acromolecular '''M'''echanics) - oprogramowanie chemiczne dystrybuowane przez firmę [[Accelrys]].  
+
'''Charmm''' ('''C'''hemistry at '''HAR'''ward '''M'''acromolecular '''M'''echanics) - oprogramowanie chemiczne dystrybuowane kiedyś jako osobny pakiet przez firmę [[Accelrys]]. Obecnie funkcjonalności przeniesione są do modułu '''DS CHARMm''' w [[Discovery Studio]].  
  
WCSS udostępnia funkcjonalności Charmm w [[Discovery Studio]] (DS CHARMm) w ramach licencji krajowej Accelrys. Zespół naukowy może zakupić licencję od prof. Martina Karplusa [http://www.charmm.org/package/license.html].
+
Zespół naukowy może zakupić licencję od prof. Martina Karplusa niezależnie rozwijającego pakiet ([http://www.charmm.org/package/license.html licencja]).
<!--
 
====Uruchamianie aplikacji====
 
Obliczenia testowe należy wstawiać do kolejki shortMSI lub short. Poszczególne programy uruchamia się używając jednej z komend (lokalizacja: /usr/local/bin):
 
  
> '''---'''          (domyślnie najnowsza wersja pakietu)
 
> '''---''' 
 
 
====Wstawianie zadań do kolejki====
 
Wszystkie pakiety Accelrys mają wspólne kolejki [[LSF]] na Tezro: MSI i shortMSI. Zadania należy uruchamiać posługując się poleceniem '''bsub''', bliżej omówionym w artykule [[System kolejkowy|System kolejkowania]].
 
-->
 
 
====Dynamika Langevina pod DS====
 
====Dynamika Langevina pod DS====
  
Nie da się stworzyć inputu spod interfejsu DS. Należy zrobić częściowy, potem ręcznie do wygenerowanego pliku dodać linijkę odpowiedzialną za dynamikę Langevina  i uruchomić obliczenia.
+
Nie da się stworzyć gotowego inputu dla Charmm'a spod interfejsu DS. Należy zrobić częściowy, potem ręcznie do wygenerowanego pliku dodać linijkę odpowiedzialną za dynamikę Langevina  i uruchomić obliczenia.
  
 
==== Charmm w sieci ====
 
==== Charmm w sieci ====
* [http://www.accelrys.com/products/charmm/ Charmm w Accelrys]
 
 
* [http://www.charmm.org/ Charmm Development Project]
 
* [http://www.charmm.org/ Charmm Development Project]
 
* [http://www.ch.embnet.org/MD_tutorial/ Tutorial]
 
* [http://www.ch.embnet.org/MD_tutorial/ Tutorial]
  
'''Zobacz też''' : [[Accelrys|Licencja i żetony]]
+
[[Kategoria:Oprogramowanie obecnie niewspierane]]
 
 
{{accelrys}}
 
{{oprogramowanie}}
 
 
 
[[Kategoria:Oprogramowanie]]
 
 
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]
 
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

Aktualna wersja na dzień 08:16, 15 lis 2012

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < Charmm

Charmm (Chemistry at HARward Macromolecular Mechanics) - oprogramowanie chemiczne dystrybuowane kiedyś jako osobny pakiet przez firmę Accelrys. Obecnie funkcjonalności przeniesione są do modułu DS CHARMm w Discovery Studio.

Zespół naukowy może zakupić licencję od prof. Martina Karplusa niezależnie rozwijającego pakiet (licencja).

Dynamika Langevina pod DS

Nie da się stworzyć gotowego inputu dla Charmm'a spod interfejsu DS. Należy zrobić częściowy, potem ręcznie do wygenerowanego pliku dodać linijkę odpowiedzialną za dynamikę Langevina i uruchomić obliczenia.

Charmm w sieci