Oprogramowanie KDM

Z KdmWiki

< Podręcznik użytkownika KDM

Na Komputerach Dużej Mocy WCSS udostępniany jest szereg programów wspomagających kadrę naukową uczelni wrocławskich w prowadzeniu pracy naukowej w efektywny i nowoczesny sposób. W przypadku dużego zapotrzebowania użytkowników na specjalistyczne oprogramowanie o przeznaczeniu naukowym, WCSS może podjąć się jego zakupu. Poza gotowymi produktami, serwery wyposażone są także w środowiska programistyczne umożliwiające użytkownikom pisanie i kompilowanie własnych programów.

Abaqus ABINIT Accelrys [ MS, DS ] ADF Amber ANSYS ANSYS Fluent ANSYS CFX APBS AutoDock AutoDock Vina Cfour CPMD CRYSTAL09 Dalton FDS-SMV GAMESS Gaussian Gromacs Lumerical [ FDTD, MODE ] Mathematica Matlab Meep Molcas Molden Molpro MOPAC MPB NAMD NWChem OpenFOAM Orca Pro/ENGINEER R SIESTA Tripos Sybyl TURBOMOLE VMD Xaim

Zalecania ogólne, czyli co gdzie liczyć w WCSS

  • Zadania duże - o dużych wymaganiach pamięciowych (>16 GB RAM) i dyskowych (kilkadziesiąt GB) najlepiej liczyć na Leo
  • Zadania średnie i małe - do 16 GB RAM i kilkadziesiąt GB dysków najlepiej liczyć na klastrze Nova

Najwięcej problemów sprawiają zadania wymagające dużo dysku. Jeśli zadanie generuje kilkadziesiąt (lub więcej) GB danych, to wyszukanie np. wartości całki w takim pliku może zająć więcej czasu niż jej doliczenie na szybkiej maszynie. Wtedy, w programach kwantowo-chemicznych należy używać trybu direct. Dodatkowo, silne obciążenie podsystemu dyskowego komputera spowalnia całą maszynę i opóźnia realizację zadań innych użytkowników. Oczywiście zadania, których nie można uruchomić w trybie bezpośrednim (direct), ciągle można liczyć w WCSS. Należy jednak pamiętać, że jeśli zagrozi to przepełnieniem przestrzeni /scratch i przerwaniem działania innych zadań, to zadanie takie zostanie zabite bez ostrzeżenia.

Linki
PRACE Tier-1
Osobiste