Hmmer: Różnice pomiędzy wersjami

Z KdmWiki
Przejdź do nawigacji Przejdź do wyszukiwania
Linia 5: Linia 5:
 
W porównaniu do BLAST, FASTA oraz innych starszych metod bazujących na archaicznych systemach liczenia punktów za dopasowanie(alligment score), HMMR wydaje się być bardziej dokładny, zdolny do wykrycia sekwencji homologicznych białek u organizmów będących w dość znacznym dystansie filogenetycznym.  
 
W porównaniu do BLAST, FASTA oraz innych starszych metod bazujących na archaicznych systemach liczenia punktów za dopasowanie(alligment score), HMMR wydaje się być bardziej dokładny, zdolny do wykrycia sekwencji homologicznych białek u organizmów będących w dość znacznym dystansie filogenetycznym.  
  
Wersja 3.0, w przeciwieństwie do starszych, wolniejszych wersji, cechuje sie wydajnościa porównywalną z metodą BLAST.
+
Wersja 3.0, w przeciwieństwie do starszych, wolniejszych wersji, cechuje sie wydajnościa porównywalną z algorytmem BLAST.
  
 
Opis wg.[http://hmmer.janelia.org/ strony domowej HMMER]
 
Opis wg.[http://hmmer.janelia.org/ strony domowej HMMER]

Wersja z 10:37, 4 sie 2010

HMMR 3.0

HMMR - aplikacja do skanowanie bibliotek białek w poszukiwaniu homologów, porównywania i nakładania sekwencji aminokwasowych. Zaimplementowano w niej dyskretny model Markownikowa.

W porównaniu do BLAST, FASTA oraz innych starszych metod bazujących na archaicznych systemach liczenia punktów za dopasowanie(alligment score), HMMR wydaje się być bardziej dokładny, zdolny do wykrycia sekwencji homologicznych białek u organizmów będących w dość znacznym dystansie filogenetycznym.

Wersja 3.0, w przeciwieństwie do starszych, wolniejszych wersji, cechuje sie wydajnościa porównywalną z algorytmem BLAST.

Opis wg.strony domowej HMMER