Hmmer

Z KdmWiki
Skocz do: nawigacji, wyszukiwania

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < Hmmer

HMMER - aplikacja przeznaczona do skanowania bibliotek białek w poszukiwaniu homologów oraz porównywania i nakładania sekwencji aminokwasowych. Zaimplementowano w niej dyskretny model Markownikowa.

W porównaniu do BLAST (Basic Local Alignment Search Tool), FASTA oraz innych starszych metod bazujących na systemach liczenia punktów za dopasowanie (alligment score), HMMR wydaje się być bardziej dokładny, zdolny do wykrycia sekwencji homologicznych białek u organizmów będących w dość znacznym dystansie filogenetycznym.

Wersja 3.0, w przeciwieństwie do starszych, wolniejszych wersji, cechuje się wydajnością porównywalną z algorytmem BLAST.

HMMER jest udostępniany na licencji GNU GPL v3.

Dokumentacja

  1. Opis wg strony domowej HMMER.
  2. Podręcznik użytkownika v.3.0 (PDF).