ProtoMol: Różnice pomiędzy wersjami

Z KdmWiki
Skocz do: nawigacji, wyszukiwania
Linia 18: Linia 18:
 
*wbudowana pralelizacja wspiera sekwencyjne i zrównoleglone środowisko
 
*wbudowana pralelizacja wspiera sekwencyjne i zrównoleglone środowisko
 
*szybkie algorytmy do obliczeń elektorstatycznych:
 
*szybkie algorytmy do obliczeń elektorstatycznych:
'' Enwald summation O(N^(3/2))''
+
** Enwald summation O(N^(3/2))
'' Particle Mesh EwaldO(N log N)''
+
** Particle Mesh EwaldO(N log N)
'' Multi-grid method O(N)''
+
** Multi-grid method O(N)
 
*wsparcie dla popularnych formatów wejscia i wyjscia
 
*wsparcie dla popularnych formatów wejscia i wyjscia
 
*liczebność atomów w systemie do 10^6
 
*liczebność atomów w systemie do 10^6
 
*wparcie dla platform:
 
*wparcie dla platform:
-Sun/Solaris
+
** Sun/Solaris
-AIX(MPI)
+
** AIX(MPI)
-HP-UX(MPI)
+
** HP-UX(MPI)
-IRIX(MPI)
+
** -IRIX(MPI)
-Linux(MPIch lub LAMMPI)
+
** -Linux(MPIch lub LAMMPI)
-Windows
+
** -Windows
  
  
 
opis wg.
 
opis wg.

Wersja z 12:09, 4 sie 2010

Protomol

Protomol jest zorientowanym obiektowo frameworkiem do przeprowadzania symulacji dynamiki molekularnej. Wspiera pola siłowe CHARMM 19 i 28a2 ,potrafi przetwarzać pliki z rozszerzeniami PDB, PSF, XYZ oraz pliki trajektorii DCD. Korzysta z szybkich algorytmów oceny oddziaływań elektrostatycznych taki jak: algorytm Ewald, PME (Particle Mesh Ewald), MultiGrid. Dłuższych kroków czasowych (timesteps) można użyć, ponieważ aplikakcja stosuje metody takie jak: MOLLY, Langevin Molly oraz pochodne Monte Carlo (hybrydowa), Nose-Hoover i Langevin.

Protomol ver 2.0 jest zintegorowany z silnikiem wizualizacyjnym VMD, natomiast wersja 3.0 współdziała również z Open Source Jave Molecular Viewer.

Aplikacja jest rozpowszechniana na zasadach GPL.

Nowości w ver 3.0:

  • interfejs OpenMM, bibliteki do MD wspierajacej GPU NVIDIA oraz ATI. OpenMM wspiera pola siłowe AMBER
  • wsparcie dla Pythona, CNMA


Cechy głowne:

  • zorientowane obiektowo wysokowydajne środowisko do sumulacji dynamiki molkularnej
  • zaprojektowane dla wysokiej elastyczniści, łatwej skalarności i administracji
  • wbudowana pralelizacja wspiera sekwencyjne i zrównoleglone środowisko
  • szybkie algorytmy do obliczeń elektorstatycznych:
    • Enwald summation O(N^(3/2))
    • Particle Mesh EwaldO(N log N)
    • Multi-grid method O(N)
  • wsparcie dla popularnych formatów wejscia i wyjscia
  • liczebność atomów w systemie do 10^6
  • wparcie dla platform:
    • Sun/Solaris
    • AIX(MPI)
    • HP-UX(MPI)
    • -IRIX(MPI)
    • -Linux(MPIch lub LAMMPI)
    • -Windows


opis wg.