ProtoMol

Z KdmWiki
Skocz do: nawigacji, wyszukiwania

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < ProtoMol

ProtoMol - zorientowany obiektowo framework do przeprowadzania symulacji dynamiki molekularnej. Wspiera pola siłowe CHARMM 19 i 28a2, potrafi przetwarzać pliki z rozszerzeniami PDB, PSF, XYZ oraz pliki trajektorii DCD. Korzysta z szybkich algorytmów oceny oddziaływań elektrostatycznych takich jak: algorytm Ewald, PME (Particle Mesh Ewald) i MultiGrid. W obliczeniach można użyć dłuższych kroków czasowych (timesteps), ponieważ aplikacja stosuje metody takie jak: MOLLY, Langevin Molly oraz pochodne Monte Carlo (hybrydowa), Nose-Hoover i Langevin.

ProtoMol w wersji 2.0 jest zintegrowany z silnikiem wizualizacyjnym VMD, natomiast wersja 3.0 współdziała również z Open Source Jave Molecular Viewer.

Aplikacja jest rozpowszechniana na licencji GPL.

Nowości w v. 3.0

  • Interfejs OpenMM, biblioteki do MD wspierającej GPU NVIDIA oraz ATI. OpenMM wspiera pola siłowe AMBER
  • Wsparcie dla Pythona, CNMA.

Cechy główne

  • Zorientowane obiektowo wysokowydajne środowisko do symulacji dynamiki molekularnej;
  • Zaprojektowane dla wysokiej elastyczności, łatwej skalowalności i administracji;
  • Posiada wbudowane mechanizmy zrównoleglania (incremental parallelism) wspierające sekwencyjne i równoległe środowiska;
  • Szybkie algorytmy do obliczeń elektrostatycznych:
    • Enwald summation, o złożoności obliczeniowej O(N3/2),
    • Particle Mesh Ewald, o złożoności obliczeniowej O(N log N),
    • Multi-grid method, o złożoności obliczeniowej O(N);
  • Wsparcie dla popularnych formatów wejścia i wyjścia;
  • Liczebność atomów w systemie może dochodzić do 106;
  • Wparcie dla platform:
    • Sun/Solaris,
    • AIX (MPI),
    • HP-UX (MPI),
    • IRIX (MPI),
    • Linux (MPIch lub LAMMPI),
    • Windows.


Dokumentacja

  1. Opis wg strony domowej ProtoMol.
  2. Dokumentacja pakietu on-line.