Zastosowania dynamiki molekularnej na przykładach dostępnego oprogramowania - przykłady

Z KdmWiki
Skocz do: nawigacji, wyszukiwania
  • Temat: Zastosowania dynamiki molekularnej na przykładach dostępnego oprogramowania
  • Termin: 30 listopada 2009
  • Wykładowca: dr Bartłomiej Szyja

Zastosowania dynamiki molekularnej na przykładach dostępnego oprogramowania:

  1. SIESTA - metoda a zarazem implementacja pozwalająca na oblieczenia struktury elektronowej i dynamiki molekularnej ab-initio dla cząsteczeki ciał stałych. Dzięki wykorzystaniu numerycznych orbitali możliwa jest symulacja dla układów zawierających nawet kilka tysięce atomów.
  2. CPMD - program wykorzystujący metodę Car-Parrinello do dynamiki molekularnej ab-initio.
  3. GULP - program umożliwiający symulacje dynamiki molekularnej z wieloma potencjałami:
    1. shell model - dla układów jonowych,
    2. embedded atom model - dla metali,
    3. reactive bond-order potential - dla węglowodorów,
    4. wiele innych pól siłowych dla pozostałych układów.
  4. GROMACS - uniwersalny program do dynamiki molekularnej, zaprojektowany głównie do celów biochemicznych, ale używany także do symulacji niebiologicznych układów, np. polimerów.
  5. ReaxFF - program wykorzystujący reaktywne pole siłowe, umożliwiający badania reakcji chemicznych za pomocą dynamiki molekularnej.

Prezentacje można pobrać korzystając z poniższych linków: Wprowadzenie:

  1. http://hera.chem.tue.nl/~sbart/01_MD.pdf

Informacje o poszczególnych kodach:

  1. http://hera.chem.tue.nl/~sbart/02_CPMD.pdf
  2. http://hera.chem.tue.nl/~sbart/03_SIESTA.pdf
  3. http://hera.chem.tue.nl/~sbart/04_GULP.pdf
  4. http://hera.chem.tue.nl/~sbart/05_GROMACS.pdf