ADF: Różnice pomiędzy wersjami

Wersja z 11:46, 19 lip 2012

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe

ADF

Serwer	Wersja
Supernova	2012.01
Leo	2010.01 2009.01b 2008.01
Kontakt
kdm@wcss.pl

Amsterdam Density Functional (ADF) jest oprogramowaniem służącym do obliczeń metodami wywodzącymi się z teorii funkcjonału gęstości (ang. Density Function Theory, DFT).

Licencja

Licencja WCSS obejmuje pakiet ADF i NBO (ang. Natural Bond Orbital).

Informacja o wykorzystaniu

Użytkownicy ADF mają obowiązek zamieszczania w publikacjach cytowania zgodnie z wymaganiami SCM:

Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):

"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "

"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."

ADF w WCSS

ADF zainstalowany jest na klastrze Supernova oraz na Leo. Wszystkie dostępne wersje zainstalowane są w drzewie /usr/local/.

Uruchamianie GUI ADF-a

GUI (adfinput, adfview i in.) należy używać wyłącznie do tworzenia danych i analizy wyników. Obliczenia należy uruchamiać wyłącznie w kolejce.

!	Uruchamianie zadań obliczeniowych bezpośrednio z GUI jest zabronione.

Na Leo:

> source /usr/local/adf/env.sh
> /usr/local/adf/bin/adfview

Na Supernova:

> module load adf
> adfview

Uruchamianie zadań w kolejce na Leo

na Leo obliczenia należy startować z dysku /scratch a nie /home,
konfiguracja buforów dyskowych na Leo - http://www.scm.com/News/iobufmore.html
możliwe są obliczenia równoległe,
aby rozpocząć obliczenia należy wygenerować używając GUI ADF-a (adfinput, adfview, ...) plik danych i skrypt, np. woda.adf i woda.run,
następnie należy samodzielnie stworzyć drugi skrypt, np. o nazwie woda.sh, poniżej przykład dla obliczeń równoległych na 4 procesorach:

#!/bin/bash
source /usr/local/adf/env.sh
export SCM_RESULTDIR=/scratch/$USER/katalog-zadania
cd /scratch/$USER/katalog-zadania
export NSCM=4
./woda.run >&woda.wyniki

nadać prawa wykonywania dla skryptów:

> chmod +x woda.sh woda.run

wstawić zadanie do kolejki PBS, pamiętając o zadeklarowaniu takiej samej liczby procesorów jak w skrypcie woda.sh:

> qsub -N ADF_WODA -q parallel -l mem=8000MB,ncpus=4 ./woda.sh

Uruchamianie zadań w kolejce na Supernova

na Supernova obliczenia należy startować wyłącznie z dysku /home,
liczba licencji: 64 procesory,
limit licencji per użytkownik: 8 procesorów (limit dotyczy uruchomionych zadań, w przypadku wyczerpania limitu zadania będą czekać w kolejce, limit może być zmieniany przez administratorów w zależności od sytuacji w systemie kolejkowym),
możliwe są obliczenia równoległe,
aby rozpocząć obliczenia używając wcześniej przygotowanych plików danych, np. woda.adf i woda.run, należy wstawić zadanie do kolejki poleceniem sub-adf, przykładowo na 4 procesory i 500MB pamięci per procesor w kolejce short6h:

> sub-adf woda.run short6h 4 500

ogólną składnię wywołania skryptu sub-adf można poznać uruchamiająć skrypt bez żadnych argumentów:

> sub-adf
Sposob uzycia: sub-adf skrypt.run kolejka liczba_procesorow pamiec_w_MB_per_procesor

Uwagi

pliki *.run, wygenerowane w ADF 2006, mogą nie działać poprawnie w nowszych wersjach pakietu. Dlatego należy wczytać odpowiadające im pliki *.adf do nowego adfinput i ponownie zapisać na dysk;
jeśli podczas tworzenia pliku .run na Leo podano katalog wyników, to skrypt wstawiany do kolejki należy uzupełnić o wskazanie tego katalogu:

export SCM_RESULTDIR=/scratch/$USER/katalog-zadania

Dokumentacja

ADF w sieci

Materiały dydaktyczne

W latach 2006 i 2008 w tajniki ADF wprowadzał nas prof. Artur Michalak z UJ:

Zobacz też

Oprogramowanie KDM
system kolejkowania zadań PBS

Oprogramowanie
naukowe

Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD: Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k

@@ Linia 15: / Linia 15: @@
 ADF zainstalowany jest na klastrze [[Supernova]] oraz na [[Leo]]. Wszystkie dostępne wersje zainstalowane są w drzewie <code>/usr/local/</code>.
-===== Uruchamianie GUI ADF-a =====
+=== Uruchamianie GUI ADF-a ===
 GUI (adfinput, adfview i in.) należy używać wyłącznie do tworzenia danych i analizy wyników. Obliczenia należy uruchamiać wyłącznie w kolejce.
 {{uwaga2|Uruchamianie zadań obliczeniowych bezpośrednio z GUI jest '''zabronione'''.}}
@@ Linia 29: / Linia 29: @@
   > adfview
-===== Uruchamianie zadań w kolejce na [[Leo]] =====
+=== Uruchamianie zadań w kolejce na [[Leo]] ===
 * '''na Leo obliczenia należy startować z dysku /scratch a nie /home,'''
 * konfiguracja buforów dyskowych '''na Leo''' - http://www.scm.com/News/iobufmore.html
@@ Linia 46: / Linia 46: @@
   > qsub -N ADF_WODA -q parallel -l mem=8000MB,ncpus=4 ./woda.sh
-===== Uruchamianie zadań w kolejce na [[Supernova]] =====
+=== Uruchamianie zadań w kolejce na [[Supernova]] ===
 * '''na Supernova obliczenia należy startować wyłącznie z dysku /home,'''
 * liczba licencji: 64 procesory,
@@ Linia 58: / Linia 58: @@
   Sposob uzycia: sub-adf skrypt.run kolejka liczba_procesorow pamiec_w_MB_per_procesor
-===== Uwagi =====
+=== Uwagi ===
 * pliki *.run, wygenerowane w ADF 2006, mogą nie działać poprawnie w nowszych wersjach pakietu. Dlatego należy wczytać odpowiadające im pliki *.adf do nowego adfinput i ponownie zapisać na dysk;
 * jeśli podczas tworzenia pliku .run '''na Leo''' podano katalog wyników, to skrypt wstawiany do kolejki należy uzupełnić o wskazanie tego katalogu: