ADF

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe

ADF
Serwer	Wersja
Supernova	2012.01
Leo	2010.01 2009.01b 2008.01
Kontakt
kdm@wcss.pl

Amsterdam Density Functional (ADF) jest oprogramowaniem służącym do obliczeń metodami wywodzącymi się z teorii funkcjonału gęstości (ang. Density Function Theory, DFT).

Licencja

Licencja WCSS obejmuje pakiet ADF i NBO (ang. Natural Bond Orbital).

Informacja o wykorzystaniu

Użytkownicy ADF mają obowiązek zamieszczania w publikacjach cytowania zgodnie z wymaganiami SCM:

• wersja 2012
• wersja 2009.01

Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):

"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "

"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."

ADF w WCSS

ADF zainstalowany jest na klastrze Supernova oraz na Leo. Wszystkie dostępne wersje zainstalowane są w drzewie /usr/local/.

Uruchamianie GUI ADF-a

!	Uruchamianie zadań obliczeniowych bezpośrednio z GUI jest zabronione.

GUI (adfinput, adfview i in.) należy używać wyłącznie do tworzenia danych i analizy wyników. Obliczenia należy uruchamiać wyłącznie w kolejce.

• Na Leo:

> source /usr/local/adf/env.sh
> /usr/local/adf/bin/adfview 

• Na Supernova:

> module load adf
> adfview

Uruchamianie zadań w kolejce na Leo

• na Leo obliczenia należy startować z dysku /scratch a nie /home,
• konfiguracja buforów dyskowych na Leo - http://www.scm.com/News/iobufmore.html
• możliwe są obliczenia równoległe,
• aby rozpocząć obliczenia należy wygenerować używając GUI ADF-a (adfinput, adfview, ...) plik danych i skrypt, np. woda.adf i woda.run,
• następnie należy samodzielnie stworzyć drugi skrypt, np. o nazwie woda.sh, poniżej przykład dla obliczeń równoległych na 4 procesorach:

#!/bin/bash
source /usr/local/adf/env.sh
export SCM_RESULTDIR=/scratch/$USER/katalog-zadania
cd /scratch/$USER/katalog-zadania
export NSCM=4
./woda.run >&woda.wyniki

• nadać prawa wykonywania dla skryptów:

> chmod +x woda.sh woda.run

• wstawić zadanie do kolejki PBS, pamiętając o zadeklarowaniu takiej samej liczby procesorów jak w skrypcie woda.sh:

> qsub -N ADF_WODA -q parallel -l mem=8000MB,ncpus=4 ./woda.sh

Uruchamianie zadań w kolejce na Supernova

• na Supernova obliczenia należy startować wyłącznie z dysku /home,
• liczba licencji: 64 procesory,
• limit licencji per użytkownik: 8 procesorów (limit dotyczy uruchomionych zadań, w przypadku wyczerpania limitu zadania będą czekać w kolejce, limit może być zmieniany przez administratorów w zależności od sytuacji w systemie kolejkowym),
• możliwe są obliczenia równoległe,
• aby rozpocząć obliczenia używając wcześniej przygotowanych plików danych, np. woda.adf i woda.run, należy wstawić zadanie do kolejki poleceniem sub-adf, przykładowo na 4 procesory i 500MB pamięci per procesor w kolejce short6h:

> sub-adf woda.run short6h 4 500

• ogólną składnię wywołania skryptu sub-adf można poznać uruchamiająć skrypt bez żadnych argumentów:

> sub-adf
Sposob uzycia: sub-adf skrypt.run kolejka liczba_procesorow pamiec_w_MB_per_procesor

Uwagi

• pliki *.run, wygenerowane w ADF 2006, mogą nie działać poprawnie w nowszych wersjach pakietu. Dlatego należy wczytać odpowiadające im pliki *.adf do nowego adfinput i ponownie zapisać na dysk;
• jeśli podczas tworzenia pliku .run na Leo podano katalog wyników, to skrypt wstawiany do kolejki należy uzupełnić o wskazanie tego katalogu:

export SCM_RESULTDIR=/scratch/$USER/katalog-zadania

Dokumentacja

ADF w sieci

• Scientific Computing & Modelling
  • ADF FAQ
• Prezentacja UJ (w języku polskim)

Materiały dydaktyczne

W latach 2006 i 2008 w tajniki ADF wprowadzał nas prof. Artur Michalak z UJ:

• Szkolenie ADF
• Szkolenie ADF 2

Zobacz też

• Oprogramowanie KDM
• system kolejkowania zadań PBS