ADF: Różnice pomiędzy wersjami
| Linia 1: | Linia 1: | ||
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < ADF</small> | <small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < ADF</small> | ||
| − | {{aplikacja|nazwa=ADF|logo= |serwer=[[Supernova]] |wersja=2012.01 }} | + | {{aplikacja|nazwa=ADF|logo= |serwer=[[Supernova]] |wersja=2012.01d, 2013.01 }} |
'''Amsterdam Density Functional''' ('''ADF''') jest oprogramowaniem służącym do obliczeń metodami wywodzącymi się z teorii funkcjonału gęstości (ang. ''Density Function Theory'', DFT). ADF rozwijany jest przez firmę SCM (Scientific Computing & Modelling). | '''Amsterdam Density Functional''' ('''ADF''') jest oprogramowaniem służącym do obliczeń metodami wywodzącymi się z teorii funkcjonału gęstości (ang. ''Density Function Theory'', DFT). ADF rozwijany jest przez firmę SCM (Scientific Computing & Modelling). | ||
| Linia 8: | Linia 8: | ||
=== Informacja o wykorzystaniu === | === Informacja o wykorzystaniu === | ||
Użytkownicy ADF mają obowiązek zamieszczania w publikacjach cytowania zgodnie z wymaganiami SCM: | Użytkownicy ADF mają obowiązek zamieszczania w publikacjach cytowania zgodnie z wymaganiami SCM: | ||
| + | * [http://www.scm.com/Doc/Doc2013/Background/References/page1.html wersja 2013] | ||
* [http://www.scm.com/Doc/Doc2012/Background/References/page1.html wersja 2012] | * [http://www.scm.com/Doc/Doc2012/Background/References/page1.html wersja 2012] | ||
| − | |||
{{Podziękowanie_WCSS}} | {{Podziękowanie_WCSS}} | ||
| Linia 37: | Linia 37: | ||
* pliki *.run, wygenerowane w ADF 2006, mogą nie działać poprawnie w nowszych wersjach pakietu. Dlatego należy wczytać odpowiadające im pliki *.adf do nowego adfinput i ponownie zapisać na dysk; | * pliki *.run, wygenerowane w ADF 2006, mogą nie działać poprawnie w nowszych wersjach pakietu. Dlatego należy wczytać odpowiadające im pliki *.adf do nowego adfinput i ponownie zapisać na dysk; | ||
| + | |||
| + | * wykorzystanie '''sub-adf''' spowoduje załadowanie najwyższej zainstalowanej wersji. Jeśli z jakegoś powodu wymagane jest użycie inne wersji, to neleży użyć skryptów '''sub-adf-WERSJA'''. | ||
== Dokumentacja == | == Dokumentacja == | ||
Wersja z 15:40, 18 kwi 2013
< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < ADF
| ADF | |
|---|---|
| Serwer | Wersja |
| Supernova | 2012.01d, 2013.01 |
| Kontakt | |
| kdm@wcss.pl | |
Amsterdam Density Functional (ADF) jest oprogramowaniem służącym do obliczeń metodami wywodzącymi się z teorii funkcjonału gęstości (ang. Density Function Theory, DFT). ADF rozwijany jest przez firmę SCM (Scientific Computing & Modelling).
Licencja
Licencja WCSS (typu Academic computing center) obejmuje pakiet ADF i NBO (ang. Natural Bond Orbital).
Informacja o wykorzystaniu
Użytkownicy ADF mają obowiązek zamieszczania w publikacjach cytowania zgodnie z wymaganiami SCM:
Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):
"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "
"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."
Korzystanie w WCSS
ADF zainstalowany jest na klastrze Supernova. Wszystkie dostępne wersje zainstalowane są w drzewie /usr/local/.
Uruchamianie GUI ADF-a
| ! | Uruchamianie zadań obliczeniowych bezpośrednio z GUI jest zabronione. |
GUI (adfinput, adfview i in.) należy używać wyłącznie do tworzenia danych i analizy wyników. Obliczenia należy uruchamiać wyłącznie w kolejce.
> module load adf > adfview
Uruchamianie zadań w kolejce na Supernova
- na Supernova obliczenia należy startować wyłącznie z dysku /home,
- liczba licencji: 64 procesory,
- limit licencji per użytkownik: 8 procesorów (limit dotyczy uruchomionych zadań, w przypadku wyczerpania limitu zadania będą czekać w kolejce, limit może być zmieniany przez administratorów w zależności od sytuacji w systemie kolejkowym),
- możliwe są obliczenia równoległe,
- aby rozpocząć obliczenia używając wcześniej przygotowanych plików danych, np.
woda.adfiwoda.run, następnie nadać skryptowi prawa wykonania:
> chmod +x woda.run
oraz wstawić zadanie do kolejki poleceniem sub-adf, przykładowo na 4 procesory i 500MB pamięci per procesor w kolejce short6h:
> sub-adf woda.run short6h 4 500
- ogólną składnię wywołania skryptu sub-adf można poznać uruchamiająć skrypt bez żadnych argumentów:
> sub-adf Sposob uzycia: sub-adf skrypt.run kolejka liczba_procesorow pamiec_w_MB_per_procesor
- pliki *.run, wygenerowane w ADF 2006, mogą nie działać poprawnie w nowszych wersjach pakietu. Dlatego należy wczytać odpowiadające im pliki *.adf do nowego adfinput i ponownie zapisać na dysk;
- wykorzystanie sub-adf spowoduje załadowanie najwyższej zainstalowanej wersji. Jeśli z jakegoś powodu wymagane jest użycie inne wersji, to neleży użyć skryptów sub-adf-WERSJA.
Dokumentacja
- Scientific Computing & Modelling
- ADF FAQ
- Prezentacja UJ (w języku polskim)
- Szkolenie ADF
- Szkolenie ADF 2
- Teaching in ADF - BSc exercises
Zobacz też
- Oprogramowanie KDM
- system kolejkowania zadań PBS
| Oprogramowanie naukowe |
Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD: Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k |
|---|