ADF: Różnice pomiędzy wersjami
Linia 30: | Linia 30: | ||
=== Uruchamianie zadań w kolejce na [[Supernova]] === | === Uruchamianie zadań w kolejce na [[Supernova]] === | ||
* '''na Supernova obliczenia należy startować wyłącznie z dysku /home,''' | * '''na Supernova obliczenia należy startować wyłącznie z dysku /home,''' | ||
− | * liczba licencji: | + | * liczba licencji: 128 rdzeni, |
* limit licencji per użytkownik: 8 procesorów (limit dotyczy uruchomionych zadań, w przypadku wyczerpania limitu zadania będą czekać w kolejce, limit może być zmieniany przez administratorów w zależności od sytuacji w systemie kolejkowym), | * limit licencji per użytkownik: 8 procesorów (limit dotyczy uruchomionych zadań, w przypadku wyczerpania limitu zadania będą czekać w kolejce, limit może być zmieniany przez administratorów w zależności od sytuacji w systemie kolejkowym), | ||
* możliwe są obliczenia równoległe, | * możliwe są obliczenia równoległe, | ||
Linia 45: | Linia 45: | ||
* wykorzystanie '''sub-adf''' spowoduje załadowanie najwyższej zainstalowanej wersji. Jeśli z jakegoś powodu wymagane jest użycie inne wersji, to neleży użyć skryptów '''sub-adf-WERSJA'''. | * wykorzystanie '''sub-adf''' spowoduje załadowanie najwyższej zainstalowanej wersji. Jeśli z jakegoś powodu wymagane jest użycie inne wersji, to neleży użyć skryptów '''sub-adf-WERSJA'''. | ||
− | |||
== Dokumentacja == | == Dokumentacja == |
Wersja z 09:51, 29 paź 2013
< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < ADF
ADF | |
---|---|
Serwer | Wersja |
Supernova | 2013.01 |
Kontakt | |
kdm@wcss.pl |
Amsterdam Density Functional (ADF) jest oprogramowaniem służącym do obliczeń metodami wywodzącymi się z teorii funkcjonału gęstości (ang. Density Function Theory, DFT). ADF rozwijany jest przez firmę SCM (Scientific Computing & Modelling).
Licencja
Licencja WCSS (typu Academic computing center) obejmuje pakiet ADF i NBO (ang. Natural Bond Orbital):
- ADF
- ADF BAND
- REAXFF
- COSMO-RS
- DFTB
- GENNBO (ponadto WCSS posiada licencję NBO 6).
Informacja o wykorzystaniu
Użytkownicy ADF mają obowiązek zamieszczania w publikacjach cytowania zgodnie z wymaganiami SCM:
Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):
"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "
"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."
Korzystanie w WCSS
ADF zainstalowany jest na klastrze Supernova. Wszystkie dostępne wersje zainstalowane są w drzewie /usr/local/
.
Uruchamianie GUI ADF-a
! | Uruchamianie zadań obliczeniowych bezpośrednio z GUI jest zabronione. |
GUI (adfinput, adfview i in.) należy używać wyłącznie do tworzenia danych i analizy wyników. Obliczenia należy uruchamiać wyłącznie w kolejce.
> module load adf > adfview
Uruchamianie zadań w kolejce na Supernova
- na Supernova obliczenia należy startować wyłącznie z dysku /home,
- liczba licencji: 128 rdzeni,
- limit licencji per użytkownik: 8 procesorów (limit dotyczy uruchomionych zadań, w przypadku wyczerpania limitu zadania będą czekać w kolejce, limit może być zmieniany przez administratorów w zależności od sytuacji w systemie kolejkowym),
- możliwe są obliczenia równoległe,
- aby rozpocząć obliczenia używając wcześniej przygotowanych plików danych, np.
woda.adf
iwoda.run
, następnie nadać skryptowi prawa wykonania:
> chmod +x woda.run
oraz wstawić zadanie do kolejki poleceniem sub-adf, przykładowo na 4 procesory i 500MB pamięci per procesor w kolejce short6h:
> sub-adf woda.run short6h 4 500
- ogólną składnię wywołania skryptu sub-adf można poznać uruchamiająć skrypt bez żadnych argumentów:
> sub-adf Sposob uzycia: sub-adf skrypt.run kolejka liczba_procesorow pamiec_w_MB_per_procesor
- pliki *.run, wygenerowane w ADF 2006, mogą nie działać poprawnie w nowszych wersjach pakietu. Dlatego należy wczytać odpowiadające im pliki *.adf do nowego adfinput i ponownie zapisać na dysk;
- wykorzystanie sub-adf spowoduje załadowanie najwyższej zainstalowanej wersji. Jeśli z jakegoś powodu wymagane jest użycie inne wersji, to neleży użyć skryptów sub-adf-WERSJA.
Dokumentacja
- Scientific Computing & Modelling
- ADF FAQ
- Prezentacja UJ (w języku polskim)
- Szkolenie ADF
- Szkolenie ADF 2
- Teaching in ADF - BSc exercises
Zobacz też
- Oprogramowanie KDM
- system kolejkowania zadań PBS
Oprogramowanie naukowe |
Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD: Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k |
---|