ADF: Różnice pomiędzy wersjami
(Nie pokazano 67 wersji utworzonych przez 10 użytkowników) | |||
Linia 1: | Linia 1: | ||
− | <small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]]</small> | + | <small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < ADF</small> |
− | {{aplikacja|nazwa=ADF|logo= |serwer=[[ | + | {{aplikacja|nazwa=ADF|logo=[[Plik:adf.png|text]]<br><font color="gray">Scientific Computing & Modelling</font>|serwer=[[Bem]]|wersja=2014.10|wersja2=2016.108|wersja3=2017.105|wersja4=2018.104|wersja5='''2019.102'''}} |
− | '''Amsterdam Density Functional''' ('''ADF''') jest oprogramowaniem służącym do obliczeń metodami wywodzącymi się z teorii funkcjonału gęstości (ang. ''Density Function Theory'', DFT). | + | '''Amsterdam Density Functional''' ('''ADF''') jest oprogramowaniem służącym do obliczeń metodami wywodzącymi się z teorii funkcjonału gęstości (ang. ''Density Function Theory'', DFT). ADF rozwijany jest przez firmę SCM (Scientific Computing & Modelling). |
− | == | + | == Licencja == |
− | + | Licencja WCSS (typu ''Academic computing center'') pozwala wykorzystać wszystkie pakiety ADF i NBO (ang. ''Natural Bond Orbital''): | |
+ | *ADF | ||
+ | *ADF BAND | ||
+ | *REAXFF | ||
+ | *COSMO-RS | ||
+ | *DFTB | ||
+ | *GENNBO (ponadto WCSS posiada licencję [[NBO]] 6). | ||
− | == | + | === Informacja o wykorzystaniu === |
+ | Użytkownicy ADF mają obowiązek zamieszczania w publikacjach cytowania zgodnie z wymaganiami SCM: | ||
+ | * [http://www.scm.com/Doc/Doc2014/Background/References/page1.html wersja 2014] | ||
+ | {{Podziękowanie_WCSS}} | ||
− | + | == Korzystanie w WCSS == | |
− | + | ADF zainstalowany jest na klastrze [[Bem]] w drzewie <code>/usr/local/adf/</code>. | |
− | GUI | + | === Uruchamianie GUI ADF-a === |
− | + | Aby uzyskać dostęp do aplikacji graficznych (adfinput, adfview i in.) należy zalogować się za pomocą protokołu NX na maszynę ui.wcss.pl. | |
− | + | Służy do tego [[Jak_korzystać_z_NoMachine|klient NoMachine]]. Następnie po uruchomieniu zdalnego pulpitu w terminalu w środowisku graficznym należy wywołać komendy: | |
− | > | + | > module load adf<font color="green">/wybrana_wersja</font> |
− | > / | + | > adfview |
+ | |||
+ | W systemie Linux można także korzystać z logowania z przekierowaniem wyświetlania, potrzebnym do korzystania z interfejsu graficznego aplikacji: | ||
+ | |||
+ | ssh -X nazwa-użytkownika@bem.wcss.pl | ||
+ | |||
+ | Następnie należy uruchomić zadanie interaktywne, np.: | ||
+ | |||
+ | qsub -I -l walltime=6:00:00 -l select=1:ncpus=1:mem=2048MB -l software=ADF_<font color="green">wybrana_wersja</font> | ||
+ | |||
+ | Kolejno załadować moduł i uruchomić program np. adfview. | ||
− | + | module load adf<font color="green">/wybrana_wersja</font> | |
+ | adfview | ||
− | + | '''Zobacz też:''' [[Przekierowanie_wyświetlania|Przekierowanie wyświetlania ]] | |
− | |||
− | + | === Uruchamianie zadań w kolejce na klastrze [[Bem]] === | |
− | |||
* możliwe są obliczenia równoległe, | * możliwe są obliczenia równoległe, | ||
− | * | + | * należy wcześniej przygotować pliki danych np. <code>woda.run</code>, przykładowa struktura pliku: |
− | + | #! /bin/sh | |
− | + | $ADFBIN/adf << eor | |
− | + | ATOMS | |
− | #!/bin/ | + | O 0 0 0 |
− | + | H 1 1 0 | |
− | + | H -1 1 0 | |
− | + | End | |
− | + | Basis | |
− | + | End | |
− | * | + | Geometry |
− | + | End | |
+ | eor | ||
+ | |||
+ | * aby rozpocząć obliczenia należy nadać skryptowi prawa wykonania: | ||
> chmod +x woda.run | > chmod +x woda.run | ||
− | + | oraz wstawić zadanie do kolejki poleceniem '''sub-adf''', przykładowo na 4 węzły po 2 rdzenie i 500MB pamięci per węzeł w kolejce main: | |
− | + | > sub-adf woda.run -q main -n 4 -p 2 -m 500 -w 6 | |
− | + | ||
− | > sub-adf woda.run | + | * ogólną składnię wywołania skryptu '''sub-adf''' można poznać uruchamiając skrypt bez żadnych argumentów: |
− | |||
> sub-adf | > sub-adf | ||
− | + | Usage: /usr/local//bin/sub-adf input_file [parameters] | |
− | + | Parameters: | |
− | ; | + | -q queue (default - main) |
+ | -n nodes (default - 1) | ||
+ | -p cores (per node, default - 1) | ||
+ | -m memory (per node, in MB, default - 2000) | ||
+ | -w walltime (in hours, default - 504) | ||
+ | |||
+ | '''Uwaga''' | ||
+ | |||
+ | * na klastrze Bem zadania należy zlecać do kolejki main. Jest to kolejka przekierowująca - na podstawie podanego limitu czasu (walltime) zadania będą przenoszone do odpowiednich kolejek (np. normal, infinity); | ||
* pliki *.run, wygenerowane w ADF 2006, mogą nie działać poprawnie w nowszych wersjach pakietu. Dlatego należy wczytać odpowiadające im pliki *.adf do nowego adfinput i ponownie zapisać na dysk; | * pliki *.run, wygenerowane w ADF 2006, mogą nie działać poprawnie w nowszych wersjach pakietu. Dlatego należy wczytać odpowiadające im pliki *.adf do nowego adfinput i ponownie zapisać na dysk; | ||
− | |||
− | |||
− | + | * wykorzystanie '''sub-adf''' spowoduje załadowanie najwyższej zainstalowanej wersji modułu. Jeśli z jakiegoś powodu wymagane jest użycie innej wersji, to należy użyć skryptów '''sub-adf-WERSJA'''. | |
− | |||
− | |||
== Dokumentacja == | == Dokumentacja == | ||
− | + | * [https://www.scm.com/doc/ADF/_downloads/ADF.pdf What’s new in ADF 2018] | |
* [http://www.scm.com/ Scientific Computing & Modelling] | * [http://www.scm.com/ Scientific Computing & Modelling] | ||
− | + | * [http://www.scm.com/Support/Faq/Welcome.html ADF FAQ] | |
* [http://www.chemia.uj.edu.pl/~mazur/mm/prezentacje_studentow/adf.pdf Prezentacja UJ (w języku polskim)] | * [http://www.chemia.uj.edu.pl/~mazur/mm/prezentacje_studentow/adf.pdf Prezentacja UJ (w języku polskim)] | ||
− | |||
− | |||
− | |||
* [[Szkolenie ADF]] | * [[Szkolenie ADF]] | ||
* [[Szkolenie ADF 2]] | * [[Szkolenie ADF 2]] | ||
+ | * [http://www.scm.com/Doc/Teaching/BSc/page1.html Teaching in ADF - BSc exercises] | ||
== Zobacz też == | == Zobacz też == |
Aktualna wersja na dzień 06:21, 30 cze 2020
< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < ADF
ADF | |
---|---|
Scientific Computing & Modelling | |
Serwer | Wersja |
Bem | 2014.10 2016.108 2017.105 2018.104 2019.102 |
Kontakt | |
kdm@wcss.pl |
Amsterdam Density Functional (ADF) jest oprogramowaniem służącym do obliczeń metodami wywodzącymi się z teorii funkcjonału gęstości (ang. Density Function Theory, DFT). ADF rozwijany jest przez firmę SCM (Scientific Computing & Modelling).
Licencja
Licencja WCSS (typu Academic computing center) pozwala wykorzystać wszystkie pakiety ADF i NBO (ang. Natural Bond Orbital):
- ADF
- ADF BAND
- REAXFF
- COSMO-RS
- DFTB
- GENNBO (ponadto WCSS posiada licencję NBO 6).
Informacja o wykorzystaniu
Użytkownicy ADF mają obowiązek zamieszczania w publikacjach cytowania zgodnie z wymaganiami SCM:
Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):
"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "
"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."
Korzystanie w WCSS
ADF zainstalowany jest na klastrze Bem w drzewie /usr/local/adf/
.
Uruchamianie GUI ADF-a
Aby uzyskać dostęp do aplikacji graficznych (adfinput, adfview i in.) należy zalogować się za pomocą protokołu NX na maszynę ui.wcss.pl.
Służy do tego klient NoMachine. Następnie po uruchomieniu zdalnego pulpitu w terminalu w środowisku graficznym należy wywołać komendy:
> module load adf/wybrana_wersja > adfview
W systemie Linux można także korzystać z logowania z przekierowaniem wyświetlania, potrzebnym do korzystania z interfejsu graficznego aplikacji:
ssh -X nazwa-użytkownika@bem.wcss.pl
Następnie należy uruchomić zadanie interaktywne, np.:
qsub -I -l walltime=6:00:00 -l select=1:ncpus=1:mem=2048MB -l software=ADF_wybrana_wersja
Kolejno załadować moduł i uruchomić program np. adfview.
module load adf/wybrana_wersja adfview
Zobacz też: Przekierowanie wyświetlania
Uruchamianie zadań w kolejce na klastrze Bem
- możliwe są obliczenia równoległe,
- należy wcześniej przygotować pliki danych np.
woda.run
, przykładowa struktura pliku:
#! /bin/sh $ADFBIN/adf << eor ATOMS O 0 0 0 H 1 1 0 H -1 1 0 End Basis End Geometry End eor
- aby rozpocząć obliczenia należy nadać skryptowi prawa wykonania:
> chmod +x woda.run
oraz wstawić zadanie do kolejki poleceniem sub-adf, przykładowo na 4 węzły po 2 rdzenie i 500MB pamięci per węzeł w kolejce main:
> sub-adf woda.run -q main -n 4 -p 2 -m 500 -w 6
- ogólną składnię wywołania skryptu sub-adf można poznać uruchamiając skrypt bez żadnych argumentów:
> sub-adf Usage: /usr/local//bin/sub-adf input_file [parameters] Parameters: -q queue (default - main) -n nodes (default - 1) -p cores (per node, default - 1) -m memory (per node, in MB, default - 2000) -w walltime (in hours, default - 504)
Uwaga
- na klastrze Bem zadania należy zlecać do kolejki main. Jest to kolejka przekierowująca - na podstawie podanego limitu czasu (walltime) zadania będą przenoszone do odpowiednich kolejek (np. normal, infinity);
- pliki *.run, wygenerowane w ADF 2006, mogą nie działać poprawnie w nowszych wersjach pakietu. Dlatego należy wczytać odpowiadające im pliki *.adf do nowego adfinput i ponownie zapisać na dysk;
- wykorzystanie sub-adf spowoduje załadowanie najwyższej zainstalowanej wersji modułu. Jeśli z jakiegoś powodu wymagane jest użycie innej wersji, to należy użyć skryptów sub-adf-WERSJA.
Dokumentacja
- What’s new in ADF 2018
- Scientific Computing & Modelling
- ADF FAQ
- Prezentacja UJ (w języku polskim)
- Szkolenie ADF
- Szkolenie ADF 2
- Teaching in ADF - BSc exercises
Zobacz też
- Oprogramowanie KDM
- system kolejkowania zadań PBS
Oprogramowanie naukowe |
Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD: Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k |
---|