CRYSTAL: Różnice pomiędzy wersjami

Z KdmWiki
Przejdź do nawigacji Przejdź do wyszukiwania
Linia 1: Linia 1:
 
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < CRYSTAL09</small>
 
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < CRYSTAL09</small>
{{aplikacja|nazwa=Crystal09|logo=[[Plik:crystal09.png|noframe|center]] |serwer=[[Supernova]]|wersja=2.0.1}}
+
{{aplikacja|nazwa=Crystal09|logo=[[Plik:crystal09.png|noframe|center]] |serwer=[[Bem]]|wersja=2.0.1}}
'''CRYSTAL09''' - program do przewidywania właściwości kryształów. Od wypuszczenia na rynek w 1988 roku ukazało się sześć wersji: CRYSTAL92,  CRYSTAL95, CRYSTAL98, CRYSTAL03, CRYSTAL06 oraz CRYSTAL09. Najnowsza wersja programu zainstalowana jest w WCSS na klastrze [[Supernova]].
+
'''CRYSTAL09''' - program do przewidywania właściwości kryształów. Od wypuszczenia na rynek w 1988 roku ukazało się sześć wersji: CRYSTAL92,  CRYSTAL95, CRYSTAL98, CRYSTAL03, CRYSTAL06 oraz CRYSTAL09. Najnowsza wersja programu zainstalowana jest w WCSS na klastrze [[Bem]].
  
 
Aplikacja pozwala na wyznaczenie struktury elektronowej układów periodycznych takimi metodami jak: metoda Hartree-Fock`a, metody wychodzące poza przybliżenie cząstek niezależnych (projekt CRYSCOR- MP2) oraz metodami bazującymi na teorii funkcjonału gęstości (DFT).
 
Aplikacja pozwala na wyznaczenie struktury elektronowej układów periodycznych takimi metodami jak: metoda Hartree-Fock`a, metody wychodzące poza przybliżenie cząstek niezależnych (projekt CRYSCOR- MP2) oraz metodami bazującymi na teorii funkcjonału gęstości (DFT).
Linia 11: Linia 11:
 
* właściwości dielektryczne.
 
* właściwości dielektryczne.
  
'''Uruchamianie na klastrze [[Supernova]]'''
+
'''Uruchamianie na klastrze [[Bem]]'''
  
Zaleca się korzystanie z wersji zrównoleglonej PCRYSTAL09:
+
Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego.
sub-PCRYSTAL09 plik_danych liczba_rdzeni pamiec_w_MB_na_rdzen [kolejka]
 
  
Gdzie:
+
Do wstawiania zadań równoległych do systemu kolejkowego służy polecenie sub-crystal09 (uruchamia domyślną wersję programu)
* <code>plik_danych</code> - prosimy podawać plik danych bez rozszerzenia;
+
 
* <code>pamiec_w_MB_na_rdzen</code> - ilość pamięci na rdzeń, ale nie więcej niż 1800 MB
+
Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować:
* <code>kolejka</code> - jedna z kolejek systemu kolejkowego PBS
+
 
 +
> sub-crystal09
 +
Usage: /usr/local/bin/sub-crystal09 input_file [parameters]
 +
Parameters:
 +
-q queue (default - main)
 +
-n nodes (default - 1)
 +
-p cores (per node, default - 1)
 +
-m memory (per node, in MB, default - 2000)
 +
-w walltime (in hours, default - 504)
 +
 +
Na przykład
 +
 
 +
> sub-crystal09 test.inp -q main -n 1 -p 2 -m 4000 -w 2
 +
 
 +
Zadanie uruchomione zostanie na 2 rdzeniach (w obrębie jednego węzła), wymaga 4000 MB RAM  (po 2000 MB na proces), walltime zadania jest równy 2 godziny.
  
 
'''Informacje o wykorzystaniu'''
 
'''Informacje o wykorzystaniu'''

Wersja z 15:00, 22 lut 2016

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < CRYSTAL09

Crystal09
noframe
Serwer Wersja
Bem 2.0.1
Kontakt
kdm@wcss.pl

CRYSTAL09 - program do przewidywania właściwości kryształów. Od wypuszczenia na rynek w 1988 roku ukazało się sześć wersji: CRYSTAL92, CRYSTAL95, CRYSTAL98, CRYSTAL03, CRYSTAL06 oraz CRYSTAL09. Najnowsza wersja programu zainstalowana jest w WCSS na klastrze Bem.

Aplikacja pozwala na wyznaczenie struktury elektronowej układów periodycznych takimi metodami jak: metoda Hartree-Fock`a, metody wychodzące poza przybliżenie cząstek niezależnych (projekt CRYSCOR- MP2) oraz metodami bazującymi na teorii funkcjonału gęstości (DFT).

CRYSTAL przewiduje właściwości cząsteczek, polimerów, powierzchni oraz kryształów. Liczy m.in.:

  • widma wibracyjne,
  • strukturę elektronową,
  • właściwości magnetyczne,
  • właściwości dielektryczne.

Uruchamianie na klastrze Bem

Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego.

Do wstawiania zadań równoległych do systemu kolejkowego służy polecenie sub-crystal09 (uruchamia domyślną wersję programu)

Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować:

> sub-crystal09
Usage: /usr/local/bin/sub-crystal09 input_file [parameters]
Parameters:
-q queue (default - main)
-n nodes (default - 1)
-p cores (per node, default - 1)
-m memory (per node, in MB, default - 2000)
-w walltime (in hours, default - 504)

Na przykład

> sub-crystal09 test.inp -q main -n 1 -p 2 -m 4000 -w 2 

Zadanie uruchomione zostanie na 2 rdzeniach (w obrębie jednego węzła), wymaga 4000 MB RAM (po 2000 MB na proces), walltime zadania jest równy 2 godziny.

Informacje o wykorzystaniu

Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):

"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "

"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."

Zobacz też