Molpro: Różnice pomiędzy wersjami
| Linia 27: | Linia 27: | ||
Przykładowe pliki danych i referencyjne wyniki znajdują się na [[Leo]] w katalogu <code>/usr/local/lib/molpro-mpp-Linux-ia64-i8-2006.1/testjobs/</code>. | Przykładowe pliki danych i referencyjne wyniki znajdują się na [[Leo]] w katalogu <code>/usr/local/lib/molpro-mpp-Linux-ia64-i8-2006.1/testjobs/</code>. | ||
| − | |||
;Wstawianie zadań do kolejki | ;Wstawianie zadań do kolejki | ||
Wersja z 11:44, 4 maj 2012
< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe
| Molpro | |
|---|---|
| Plik:molpro.png | |
| Serwer | Wersja |
| Supernova | 2010.1 2009.1 |
| Leo | 2006.1 |
| Kontakt | |
| kdm@wcss.pl | |
MOLPRO jest całościowym pakietem do obliczeń w dziedzinie chemii kwantowej, oferującym zaawansowane jak i podstawowe metody ab initio, ze szczególnym uwzględnieniem metod korelacyjnych. Twórcami pakietu są H.J. Werner, P.J. Knowles i wielu innych, którzy przyczynili się do jego rozwoju.
Informacje ogólne
Główne cechy MOLPRO:
- pełny zakres metod ab initio
- moduły
directilocaldla obliczeń w trybie Direct SCF oraz Localized Moeller-Plesset - obliczenia przeprowadzane z utrzymaniem maksymalnej możliwej precyzji
- możliwość generowania danych wsadowych dla Gaussiana, Moldena, formaty XYZ, i inne
- przyjazna i bardzo elastyczna składnia danych wejściowych (proste słownictwo, wyrażenia, zmienne, pętle, warunki, procedury, itp.)
Pakiet napisany jest głównie w języku Fortran90. Licencjonowaniem MOLPRO zajmuje się University College Cardiff Consultants Limited.
MOLPRO w WCSS
Molpro 2006.1
- system obliczeniowy Leo
- Uruchamianie aplikacji
Do bezpośredniego uruchamiania programu służy polecenie (lokalizacja: /usr/local/bin):
molpro [opcje] plik.inp
Wyniki zapisywane są do pliku plik.out. Można także wyznaczyć bezpośrednio plik wyjściowy podając jego nazwę w opcji -o. Jeżeli nie zostanie podany plik wejściowy, MOLPRO czyta dane ze standardowego wejścia, a rezultaty generuje na standardowe wyjście.
Opcje programu mogą być podane (z malejącym priorytetem) bezpośrednio z linii komend, ustawione w zmiennej środowiskowej MOLPRO lub w plikach ./molpro.rc/ i $HOME/.molprorc. Opcje nie ustawiane podczas wywołania programu przyjmują wartości pobrane ze źródła o aktualnie najwyższym priorytecie.
Przykładowe pliki danych i referencyjne wyniki znajdują się na Leo w katalogu /usr/local/lib/molpro-mpp-Linux-ia64-i8-2006.1/testjobs/.
- Wstawianie zadań do kolejki
Wstawianie zadań do poszczególnych kolejek systemu PBS odbywa się przez wywołanie skryptu (lokalizacja: /usr/local/bin):
sub-molpro-2006 plik.inp [kolejka] [ilosc-procesorow]
Możliwe są obliczenia równoległe. Domyślna wielkość przydzielonej pamięci to 200MW.
Zalecamy uruchamianie dużych zadań na komputerze Leo przy użyciu co najmniej 4 procesorów i 1600MB (200MW) pamięci per procesor (dyrektywa: memory,200,m). Wersja dostępna na Leo umożliwia wykorzystanie do 4000 funkcji bazy.
Molpro 2009.1
- system obliczeniowy: Supernova
Program można uruchomić bezpośrednio po wgraniu odpowiedniego modułu:
module load molpro/2009.1
Następnie można wywoływać Molpro 2009.1 w taki sam sposób jak Molpro 2006.1:
molpro [opcje] plik.inp
Zadania do kolejki wstawia się wywołując
sub-molpro-2009 plik.inp [liczba-wezlow] [liczba-cpu-per-wezel] [wielkosc-pamieci-w-MB] [kolejka]
Domyślnie zadanie zostanie dodane do kolejki normal z przydziałem 1 węzła, 4 CPU per węzeł i 1800MB pamięci dla każdego CPU.
Molpro 2010.1
- system obliczeniowy: Supernova
Zostały zainstalowanie dwie wersje: mpp oraz mppx.
Molpro2010.1 w wersji mppx uruchamia n-samodzielnych (niezależnych) zadań, gdzie n = liczba zadeklarowanych procesorów.
Wersja "mppx" jest znacznie szybsza od wersji "mpp" w zadaniach liczących gradienty i hessiany.
Zadania do kolejki wstawia się wywołując:
sub-molpro_mppx plik.inp [liczba-wezlow] [liczba-cpu-per-wezel] [wielkosc-pamieci-w-MB-per-węzeł] [kolejka]
Molpro2010.1 w wersji mpp uruchamia N procesów, które liczą jedno zadanie, gdzie N = liczba zadeklarowanych procesorów. Zaimplementowane są w niej wszystkie metody dostępne w Molpro2010.1.
Zadania do kolejki wstawia się wywołując:
sub-molpro plik.inp [liczba-wezlow] [liczba-cpu-per-wezel] [wielkosc-pamieci-w-MB-per-węzeł] [kolejka]
Domyślnie zadanie zostanie wstawione do kolejki normal z przydziałem 1 węzła, 4 CPU per węzeł i 1800MB pamięci dla każdego CPU.
Dokumentacja
Dokumentacja i przykładowe zadania dostępne są na Leo w katalogu /usr/local/doc/molpro/ po zalogowaniu się.
- MOLPRO w sieci
Zobacz też: Oprogramowanie KDM
Oprogramowanie
naukowe
Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD: Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k