MOLCAS: Różnice pomiędzy wersjami
m |
|||
| Linia 1: | Linia 1: | ||
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < Molcas</small> | <small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < Molcas</small> | ||
| + | {{note|Licencja WCSS wygasła z dniem 2 grudnia 2013 r. Z programu mogą korzystać użytkownicy i zespoły posiadające własną licencję}} | ||
{{aplikacja|nazwa=Molcas|logo=[[Plik:Molcas.jpg|120px]]|serwer=[[Supernova]]|wersja=7.6 i 7.8}} | {{aplikacja|nazwa=Molcas|logo=[[Plik:Molcas.jpg|120px]]|serwer=[[Supernova]]|wersja=7.6 i 7.8}} | ||
'''Molcas''' - oprogramowanie kwantowo-chemiczne. | '''Molcas''' - oprogramowanie kwantowo-chemiczne. | ||
| − | |||
| − | |||
== Korzystanie w WCSS == | == Korzystanie w WCSS == | ||
Na klastrze [[Supernova]] dostępna jest wersja '''7.6''' i '''7.8'''. Wersja starsza zostanie wycofana, gdyż działa niestabilnie. | Na klastrze [[Supernova]] dostępna jest wersja '''7.6''' i '''7.8'''. Wersja starsza zostanie wycofana, gdyż działa niestabilnie. | ||
| − | ;Uruchamianie zadań | + | ; Instalacja własnej licencji |
| + | Jeśli użytkownik posiada własną licencję może skonfigurować środowisko na klastrze do korzystania z niej. Należy skopiować plik licencji na klaster, następnie założyć w swoim katalogu domowym na klastrze katalog <code>.Molcas</code> (z kropką na początku) i skopiować do niego plik licencji <code>license.dat</code>. | ||
| + | > cd | ||
| + | > mkdir .Molcas | ||
| + | > cp license.dat .Molcas/ | ||
| + | |||
| + | ; Uruchamianie zadań | ||
| + | Zadanie wstawiamy skryptem '''/usr/local/bin/old/sub-molcas''' (skrypt uruchamia wersję 7.8), aby poznać składnię należy wywołać skrypt bez argumentów: | ||
| + | > /usr/local/bin/old/sub-molcas | ||
| + | Sposob uzycia: /usr/local/bin/old/sub-molcas plik.inp liczba_procesorow pamiec_w_MB_per_procesor kolejka | ||
| + | plik.inp - plik z danymi wejsciowymi, wyniki w plik.log | ||
| + | |||
| + | ;Uwaga: | ||
| + | Zmienna MOLCASMEM przydzielana jest w ten sposób, że stanowi ok. 75% pamięci zadeklarowanej w kolejce. Przykładowo: jeśli wstawimy zadanie do kolejki na 1000MB per rdzeń, to zmienna MOLCASMEM zostanie ustawiona na 750MB. Przeszacowanie pamięci spowoduje, że zadanie będzie dłużej czekać w kolejce oraz MOLCAS będzie działał wolniej. | ||
| + | <!-- | ||
* Zadanie wstawiamy skryptem '''sub-molcas''', aby poznać składnię wywołaj skrypt bez argumentów: | * Zadanie wstawiamy skryptem '''sub-molcas''', aby poznać składnię wywołaj skrypt bez argumentów: | ||
| Linia 21: | Linia 34: | ||
Sposob uzycia: /usr/local/bin/sub-molcas-7.8-bigmem plik.inp liczba_rdzeni pamiec_w_MB_per_cale_zadanie | Sposob uzycia: /usr/local/bin/sub-molcas-7.8-bigmem plik.inp liczba_rdzeni pamiec_w_MB_per_cale_zadanie | ||
plik.inp - plik z danymi wejsciowymi, wyniki w plik.log | plik.inp - plik z danymi wejsciowymi, wyniki w plik.log | ||
| − | + | --> | |
| − | |||
| − | |||
| − | |||
| − | |||
== Dokumentacja == | == Dokumentacja == | ||
;Molcas w sieci | ;Molcas w sieci | ||
Wersja z 10:53, 12 lut 2014
< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < Molcas
| ! | Licencja WCSS wygasła z dniem 2 grudnia 2013 r. Z programu mogą korzystać użytkownicy i zespoły posiadające własną licencję |
| Molcas | |
|---|---|
| |
| Serwer | Wersja |
| Supernova | 7.6 i 7.8 |
| Kontakt | |
| kdm@wcss.pl | |
Molcas - oprogramowanie kwantowo-chemiczne.
Korzystanie w WCSS
Na klastrze Supernova dostępna jest wersja 7.6 i 7.8. Wersja starsza zostanie wycofana, gdyż działa niestabilnie.
- Instalacja własnej licencji
Jeśli użytkownik posiada własną licencję może skonfigurować środowisko na klastrze do korzystania z niej. Należy skopiować plik licencji na klaster, następnie założyć w swoim katalogu domowym na klastrze katalog .Molcas (z kropką na początku) i skopiować do niego plik licencji license.dat.
> cd > mkdir .Molcas > cp license.dat .Molcas/
- Uruchamianie zadań
Zadanie wstawiamy skryptem /usr/local/bin/old/sub-molcas (skrypt uruchamia wersję 7.8), aby poznać składnię należy wywołać skrypt bez argumentów:
> /usr/local/bin/old/sub-molcas Sposob uzycia: /usr/local/bin/old/sub-molcas plik.inp liczba_procesorow pamiec_w_MB_per_procesor kolejka plik.inp - plik z danymi wejsciowymi, wyniki w plik.log
- Uwaga
Zmienna MOLCASMEM przydzielana jest w ten sposób, że stanowi ok. 75% pamięci zadeklarowanej w kolejce. Przykładowo: jeśli wstawimy zadanie do kolejki na 1000MB per rdzeń, to zmienna MOLCASMEM zostanie ustawiona na 750MB. Przeszacowanie pamięci spowoduje, że zadanie będzie dłużej czekać w kolejce oraz MOLCAS będzie działał wolniej.
Dokumentacja
- Molcas w sieci
Zobacz też: Oprogramowanie KDM
| Oprogramowanie naukowe |
Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD: Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k |
|---|