ADF
Przejdź do nawigacji
Przejdź do wyszukiwania
< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe
|
Amsterdam Density Functional (ADF) jest oprogramowaniem służącym do obliczeń typu Density function theory (DFT). Informacja o pakiecie w języku polskim na stronie UJ [1].
ADF w WCSS
ADF zainstalowany jest na Leo. Dostępne wersje to 2009.01b i 2008.01 (wersje archiwalne: 2007.01 i 2006.01), wszystkie zainstalowane w drzewie /usr/local/. Licencja obejmuje także NBO.
Szybki start
- Uruchamianie GUI ADF-a
(adfinput, adfview i innych)
GUI należy używać wyłącznie do tworzenia danych i analizy wyników. Uruchamianie zadań obliczeniowych bezpośrednio z GUI jest zabronione. Obliczenia należy uruchamiać wyłącznie w kolejce.
> source /usr/local/adf/env.sh > /usr/local/adf/bin/adfview
- Uruchamianie w kolejce
- ważne - konfiguracja buforów dyskowych - http://www.scm.com/News/iobufmore.html
- możliwe są obliczenia równoległe,
- na Leo obliczenia należy startować z dysku /scratch a nie /home,
- aby rozpocząć obliczenia należy wygenerować używając GUI ADF-a (adfinput, adfview, ...) plik danych i skrypt, np. woda.adf i woda.run,
- następnie należy stworzyć samodzielnie drugi skrypt, np. o nazwie woda.sh, przykład dla obliczeń równoległych na 4 procesorach na Leo:
#!/bin/bash source /usr/local/adf/env.sh export SCM_RESULTDIR=/scratch/$USER/katalog-zadania cd /scratch/$USER/katalog-zadania export NSCM=4 ./woda.run >&woda.wyniki
- nadać prawa wykonywania:
> chmod +x woda.sh > chmod +x woda.run
- wstawić do kolejki PBS
> qsub -N ADF_WODA -q parallel -l mem=8000MB,ncpus=4 ./woda.sh
- Uwagi
- pliki *.run, wygenerowane w ADF 2006, mogą nie działać poprawnie w nowszych wersjach pakietu. Dlatego należy wczytać odpowiadające im pliki *.adf do nowego adfinput i ponownie zapisać na dysk;
- jeśli podczas tworzenia pliku .run podano katalog wyników, to skrypt wstawiany do kolejki należy uzupełnić o wskazanie tego katalogu:
export SCM_RESULTDIR=/scratch/$USER/katalog-zadania
Dokumentacja
ADF w sieci
Zobacz też
- Szkolenie ADF 2
- Oprogramowanie KDM
- system kolejkowania zadań PBS
Oprogramowanie naukowe |
Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD: Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k |
---|