Discovery Studio

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < Accelrys < Discovery Studio

!	We wrześniu 2013* organizowane są przez Accelrys szkolenia on-line z oprogramowania Doscovery Studio. Zapraszamy!*

Discovery Studio

Serwer	Wersja
Klaster kampusowy	3.5
Do samodzielnej instalacji	3.5
Kontakt
kdm@wcss.pl

Discovery Studio - oprogramowanie firmy Accelrys.

Licencja

WCSS uczestniczy w licencji krajowej 2012/2013 koordynowanej przez ICM (zobacz: Accelrys). Pakiet zawiera moduły:

DS ADMET
DS TOPKAT
DS QSAR+ Bundle
DS Library Design
DS NNet Component
DS Catalyst DB Build
DS Catalyst DB Search
DS Catalyst Hypothesis
DS Catalyst SBP
DS Catalyst Score
DS Catalyst Shape
DS De Novo Ligand Builder
DS Catalyst Conformation

DS CFF
DS De Novo Evolution
DS Flexible Docking
DS LibDock
DS LigandFit
DS LigandScore
DS Ludi
DS Analysis
DS Biopolymer
DS CHARMm
DS Protein Refine
DS MODELER
DS Protein Families

DS Protein Health
DS Sequence Analysis
DS Standalone
DS Client
DS Vamp Descriptors Component
DS DMOL3 Descriptors Component
DS MMFF
DS DMOL3 Molecular
DS Quantum
DS Protein Docking
DS MCSS

Informacja o wykorzystaniu

Uprzejmie przypominamy o konieczności zamieszczania w publikacjach informacji o wykorzystaniu krajowej licencji Accelrys.

Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):

"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "

"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."

Uruchamianie aplikacji

Instalacja na swoim komputerze

Użytkownicy KDM mają możliwość zainstalowania i korzystania z pakietu na swoim komputerze. Aby uzyskać dostęp do licencji i wersji instalacyjnej oprogramowania należy zarejestrować się jako użytkownik KDM WCSS, przesłać adres IP swojego komputera i aktualne dane kontaktowe pod adres kdm @ wcss.pl. Można podać dwa adresy IP - w pracy i w domu, przy czym muszą to być adresy statyczne.

!	Serwer Discovery Studio jest instalowany i zarządzany poprzez instalator środowiska Pipeline Pilot. W celu zainstalowania pełnej wersji DS (klient+serwer) należy skorzystać z instalatora środowiska PP v. 8.5.

Infrastruktura PLATON-U3

Na infrastrukturze PLATON-U3 (klaster kampusowy) dostępna jest pełna instalacja Discovery Studio (środowisko PP, klient DS, serwer DS) oraz dodatkowe biblioteki: PDB, Swiss-Pro, UniRef90 i NRDB.

Sposób korzystania z aplikacji na klastrze kampusowym jest opisany na stronie infrastruktury PLATON U3.

Dokumentacja

Strona pakietu w serwisie Accelrys
Webinaria z DS
Tutorials - tutoriale dostępne on-line do każdego z modułów DS, z praktycznymi przykładami. Wymagają wcześniejszego założenia konta w portalu Accelrysa i zalogowania się na to konto.

Oprogramowanie naukowe	Biovia	Discovery Studio ⋅ Materials Studio [ CASTEP ]

Oprogramowanie
naukowe

Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD: Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k