ADF

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < ADF

ADF
Serwer	Wersja
Supernova	2013.01 i 2014.01
Kontakt
kdm@wcss.pl

Amsterdam Density Functional (ADF) jest oprogramowaniem służącym do obliczeń metodami wywodzącymi się z teorii funkcjonału gęstości (ang. Density Function Theory, DFT). ADF rozwijany jest przez firmę SCM (Scientific Computing & Modelling).

Licencja

Licencja WCSS (typu Academic computing center) obejmuje pakiet ADF i NBO (ang. Natural Bond Orbital):

• ADF
• ADF BAND
• REAXFF
• COSMO-RS
• DFTB
• GENNBO (ponadto WCSS posiada licencję NBO 6).

Informacja o wykorzystaniu

Użytkownicy ADF mają obowiązek zamieszczania w publikacjach cytowania zgodnie z wymaganiami SCM:

• wersja 2013
• wersja 2014

Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):

"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "

"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."

Korzystanie w WCSS

ADF zainstalowany jest na klastrze Supernova. Wszystkie dostępne wersje zainstalowane są w drzewie /usr/local/.

Uruchamianie GUI ADF-a

Użytkownik po połączeniu się z klastrem pracuje na węźle dostępowym, który nie jest przeznaczony do obliczeń. Z tego powodu obliczenia należy uruchamiać poprzez system kolejkowy, do czego służy skrypt sub-adf. Na węźle dostępowym klastra supernova nie można korzstać z aplikacji graficznych (adfinput, adfview i in.) Aby uzyskać dostęp do tych aplikacji należy zalogować się za pomocą protokołu NX na maszynę ui.wcss.pl. Najlepiej wykorzystać do tego klienta NoMachine. Innym sposobem jest uruchomienie aplikacji graficznych w zadaniu interaktywnym

> qsub -I -X
> module load adf
> adfview

Praca z aplikacjami graficznymi w zadaniu interaktywnym jest wolniejsza niż z wykorzystaniem klienta NoMachine.

Uruchamianie zadań w kolejce na Supernova

• na Supernova obliczenia należy startować wyłącznie z dysku /home,
• liczba licencji: nieograniczona,
• możliwe są obliczenia równoległe,
• aby rozpocząć obliczenia używając wcześniej przygotowanych plików danych, np. woda.adf i woda.run, następnie nadać skryptowi prawa wykonania:

> chmod +x woda.run

oraz wstawić zadanie do kolejki poleceniem sub-adf, przykładowo na 4 procesory i 500MB pamięci per procesor w kolejce short6h:

> sub-adf woda.run short6h 4 500

• ogólną składnię wywołania skryptu sub-adf można poznać uruchamiająć skrypt bez żadnych argumentów:

> sub-adf
Sposob uzycia: sub-adf skrypt.run kolejka liczba_procesorow pamiec_w_MB_per_procesor

• pliki *.run, wygenerowane w ADF 2006, mogą nie działać poprawnie w nowszych wersjach pakietu. Dlatego należy wczytać odpowiadające im pliki *.adf do nowego adfinput i ponownie zapisać na dysk;

• wykorzystanie sub-adf spowoduje załadowanie najwyższej zainstalowanej wersji. Jeśli z jakegoś powodu wymagane jest użycie inne wersji, to należy użyć skryptów sub-adf-WERSJA.

Dokumentacja

• Scientific Computing & Modelling
• ADF FAQ
• Prezentacja UJ (w języku polskim)
• Szkolenie ADF
• Szkolenie ADF 2
• Teaching in ADF - BSc exercises

Zobacz też

• Oprogramowanie KDM
• system kolejkowania zadań PBS