ABINIT: Różnice pomiędzy wersjami
| Linia 1: | Linia 1: | ||
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]]</small> | <small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]]</small> | ||
{{zasobytab|logo=|serwery=[[Nova]]}} | {{zasobytab|logo=|serwery=[[Nova]]}} | ||
| − | '''ABINIT''' jest pakietem, którego główny program pozwala na wyznaczenie całkowitej energii, gęstości ładunku i struktury elektronowej układów złożonych z elektronów i nukleonów (molekuł oraz periodyczności sieci) wraz z teorią funkcjonału gęstości (DFT), używając pseudopotencjałów i funkcji fali płaskiej. ABINIT zawiera również opcje do optymalizacji geometrii wg sił i naprężeń DFT lub przeprowadzania dynamicznych symulacji molekularnych używając tych sił lub do generowania dynamicznych macierzy, efektywnych ładunków Borna oraz tensorów dielektrycznych. Stan wzbudzony można oszacować z zależnej od czasu teorii funkcjonału gęstości (dla molekuł) lub z teorii perturbacji wielu ciał (przybliżenie GW). Dodatkowo różne programy narzędziowe | + | '''ABINIT''' jest pakietem, którego główny program pozwala na wyznaczenie całkowitej energii, gęstości ładunku i struktury elektronowej układów złożonych z elektronów i nukleonów (molekuł oraz periodyczności sieci) wraz z teorią funkcjonału gęstości (DFT), używając pseudopotencjałów i funkcji fali płaskiej. ABINIT zawiera również opcje do optymalizacji geometrii wg sił i naprężeń DFT lub przeprowadzania dynamicznych symulacji molekularnych używając tych sił lub do generowania dynamicznych macierzy, efektywnych ładunków Borna oraz tensorów dielektrycznych. Stan wzbudzony można oszacować z zależnej od czasu teorii funkcjonału gęstości (dla molekuł) lub z teorii perturbacji wielu ciał (przybliżenie GW). Dodatkowo pakiet zawiera różne programy narzędziowe. |
== Licencja == | == Licencja == | ||
| Linia 8: | Linia 8: | ||
== Korzystanie w WCSS == | == Korzystanie w WCSS == | ||
| − | ABINIT dostępny jest na klastrze [[Nova]] w katalogu /usr/local/abinit w | + | ABINIT dostępny jest na klastrze [[Nova]] w katalogu /usr/local/abinit w wersji: |
| − | + | * v 6.6.3 (wersja sekwencyjna i równoległa) | |
| − | * v 6. | ||
| − | |||
| − | |||
| − | Polecenia do uruchamiania programu głównego i szeregu narzędzi do pre i postprocessingu znajdują się odpowiednio w | + | Polecenia do uruchamiania programu głównego i szeregu narzędzi do pre i postprocessingu znajdują się odpowiednio w katalogu wersji: |
| − | + | /usr/local/abinit/6.6.3/bin/ | |
| − | |||
| − | |||
| − | |||
| − | /usr/local/abinit/6. | ||
| − | |||
| − | |||
| − | |||
| − | |||
| − | |||
| − | Program główny wersji 6. | + | Program główny wersji 6.6.3 uruchamia się poleceniem: |
| − | /usr/local/abinit/6. | + | /usr/local/abinit/6.6.3/bin/abinit |
| − | + | Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego. | |
| − | |||
Do wstawiania zadań równoległych do systemu kolejkowego służy polecenie sub-abinit. | Do wstawiania zadań równoległych do systemu kolejkowego służy polecenie sub-abinit. | ||
| − | sub-abinit plik.files | + | sub-abinit plik.files [kolejka] [liczba_procesorow] [wielkosc pamieci per CPU w MB] |
| − | |||
| − | |||
| − | |||
| − | |||
== Dokumentacja == | == Dokumentacja == | ||
Wersja z 14:50, 30 maj 2011
< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe
|
ABINIT jest pakietem, którego główny program pozwala na wyznaczenie całkowitej energii, gęstości ładunku i struktury elektronowej układów złożonych z elektronów i nukleonów (molekuł oraz periodyczności sieci) wraz z teorią funkcjonału gęstości (DFT), używając pseudopotencjałów i funkcji fali płaskiej. ABINIT zawiera również opcje do optymalizacji geometrii wg sił i naprężeń DFT lub przeprowadzania dynamicznych symulacji molekularnych używając tych sił lub do generowania dynamicznych macierzy, efektywnych ładunków Borna oraz tensorów dielektrycznych. Stan wzbudzony można oszacować z zależnej od czasu teorii funkcjonału gęstości (dla molekuł) lub z teorii perturbacji wielu ciał (przybliżenie GW). Dodatkowo pakiet zawiera różne programy narzędziowe.
Licencja
Pakiet udostępniany jest na licencji GNU GPL. Autorzy sugerują umieszczenie w publikacji adnotacji o wykorzystaniu pakietu ABINIT do przeprowadzenia obliczeń. Proponowana treść takiej adnotacji jest dostępna w dokumentacji i na stronie pakietu: Acknowledgments.
Korzystanie w WCSS
ABINIT dostępny jest na klastrze Nova w katalogu /usr/local/abinit w wersji:
- v 6.6.3 (wersja sekwencyjna i równoległa)
Polecenia do uruchamiania programu głównego i szeregu narzędzi do pre i postprocessingu znajdują się odpowiednio w katalogu wersji:
/usr/local/abinit/6.6.3/bin/
Program główny wersji 6.6.3 uruchamia się poleceniem:
/usr/local/abinit/6.6.3/bin/abinit
Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego.
Do wstawiania zadań równoległych do systemu kolejkowego służy polecenie sub-abinit.
sub-abinit plik.files [kolejka] [liczba_procesorow] [wielkosc pamieci per CPU w MB]
Dokumentacja
| Oprogramowanie naukowe |
Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD: Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k |
|---|