ABINIT: Różnice pomiędzy wersjami

Z KdmWiki
Przejdź do nawigacji Przejdź do wyszukiwania
Linia 18: Linia 18:
 
Po ustawieniu środowiska dla danej wersji można korzystać z polecenia do uruchamiania programu głównego (oraz szeregu narzędzi do pre i postprocessingu):
 
Po ustawieniu środowiska dla danej wersji można korzystać z polecenia do uruchamiania programu głównego (oraz szeregu narzędzi do pre i postprocessingu):
 
  > abinit
 
  > abinit
 +
 +
; Wstawianie zadań do kolejki
  
 
Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego.
 
Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego.
Linia 23: Linia 25:
 
Do wstawiania zadań równoległych do systemu kolejkowego służy polecenie:
 
Do wstawiania zadań równoległych do systemu kolejkowego służy polecenie:
 
  > sub-abinit plik.files [kolejka] [liczba_procesorow] [wielkosc pamieci per CPU w MB]
 
  > sub-abinit plik.files [kolejka] [liczba_procesorow] [wielkosc pamieci per CPU w MB]
 +
 +
Gdzie:
 +
* Parametry w nawiasach <nowiki>[]</nowiki> są opcjonalne;
 +
* <code>plik.files</code> - plik z danymi sterującymi dla programu;
 +
* <code>kolejka</code> - nazwa kolejki PBS, domyślnie <code>parallel</code>;
 +
* <code>liczba_procesorow</code> - liczba procesorów (właściwie rdzeni), na których ma być uruchomione zadanie, domyślnie 4;
 +
* <code>wielkosc pamieci per CPU w MB</code> - wielkość pamięci operacyjnej wymagana dla każdego z procesorów, domyślnie 1800 MB.
  
 
Do wstawiania zadań sekwencyjnych do systemu kolejkowego służy polecenie:
 
Do wstawiania zadań sekwencyjnych do systemu kolejkowego służy polecenie:
 
  > sub-abinit-seq plik.files [kolejka] [wielkosc pamieci per CPU w MB]
 
  > sub-abinit-seq plik.files [kolejka] [wielkosc pamieci per CPU w MB]
 +
 +
Gdzie:
 +
* Program uruchamiany jest domyślnie na 1 CPU;
 +
* Parametry w nawiasach <nowiki>[]</nowiki> są opcjonalne;
 +
* <code>plik.files</code> - plik z danymi sterującymi dla programu;
 +
* <code>kolejka</code> - nazwa kolejki PBS, domyślnie <code>normal</code>;
 +
* <code>wielkosc pamieci per CPU w MB</code> - wielkość pamięci operacyjnej wymagana przez program, domyślnie 1800 MB.
  
 
'''Zobacz też:''' [[Jak korzystać z kolejek PBS]]?
 
'''Zobacz też:''' [[Jak korzystać z kolejek PBS]]?

Wersja z 14:07, 9 cze 2011

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe

ABINIT - pakiet, który pozwala na wyznaczenie całkowitej energii, gęstości ładunku i struktury elektronowej układów złożonych z elektronów i nukleonów w oparciu o teorię funkcjonału gęstości (ang. Density Functional Theory, DFT), używając pseudopotencjałów i funkcji fali płaskiej. ABINIT zawiera również opcje do optymalizacji geometrii według sił i naprężeń DFT, przeprowadzania dynamicznych symulacji molekularnych używając tych sił lub do generowania dynamicznych macierzy, efektywnych ładunków Borna oraz tensorów dielektrycznych. Stan wzbudzony można oszacować z zależnej od czasu teorii funkcjonału gęstości (dla molekuł) lub z teorii perturbacji wielu ciał (przybliżenie GW). Dodatkowo pakiet zawiera różne programy narzędziowe.

Licencja

Pakiet udostępniany jest na licencji GNU GPL. Autorzy sugerują umieszczenie w publikacji adnotacji o wykorzystaniu pakietu ABINIT do przeprowadzenia obliczeń. Proponowana treść takiej adnotacji jest dostępna w dokumentacji i na stronie pakietu: Acknowledgments.

Korzystanie w WCSS

ABINIT dostępny jest na klastrze Nova w katalogu /usr/local/abinit w wersji:

  • 6.4.3-seq (wersja sekwencyjna)
  • 6.6.3 (wersja równoległa)

Przed przystąpieniem do korzystania należy ustawić środowisko programu wykonując polecenie (odpowiednio do wersji):

> module load abinit (dla wersji domyślnej - najnowszej)
> module load abinit/6.6.3
> module load abinit/6.4.3

Po ustawieniu środowiska dla danej wersji można korzystać z polecenia do uruchamiania programu głównego (oraz szeregu narzędzi do pre i postprocessingu):

> abinit
Wstawianie zadań do kolejki

Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego.

Do wstawiania zadań równoległych do systemu kolejkowego służy polecenie:

> sub-abinit plik.files [kolejka] [liczba_procesorow] [wielkosc pamieci per CPU w MB]

Gdzie:

  • Parametry w nawiasach [] są opcjonalne;
  • plik.files - plik z danymi sterującymi dla programu;
  • kolejka - nazwa kolejki PBS, domyślnie parallel;
  • liczba_procesorow - liczba procesorów (właściwie rdzeni), na których ma być uruchomione zadanie, domyślnie 4;
  • wielkosc pamieci per CPU w MB - wielkość pamięci operacyjnej wymagana dla każdego z procesorów, domyślnie 1800 MB.

Do wstawiania zadań sekwencyjnych do systemu kolejkowego służy polecenie:

> sub-abinit-seq plik.files [kolejka] [wielkosc pamieci per CPU w MB]

Gdzie:

  • Program uruchamiany jest domyślnie na 1 CPU;
  • Parametry w nawiasach [] są opcjonalne;
  • plik.files - plik z danymi sterującymi dla programu;
  • kolejka - nazwa kolejki PBS, domyślnie normal;
  • wielkosc pamieci per CPU w MB - wielkość pamięci operacyjnej wymagana przez program, domyślnie 1800 MB.

Zobacz też: Jak korzystać z kolejek PBS?

Dokumentacja