Materials Studio: Różnice pomiędzy wersjami

Z KdmWiki
Przejdź do nawigacji Przejdź do wyszukiwania
 
(Nie pokazano 55 wersji utworzonych przez 7 użytkowników)
Linia 1: Linia 1:
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < [[Accelrys]]</small>
+
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < [[Biovia]] < Materials Studio</small>
{{aplikacja|nazwa=Materials Studio|serwer=[[Supernova]] (+ Gateway)|wersja=5.5 |serwer2=[[Leo]] |wersja21=4.4 }}
+
{{uwaga2|Przed uruchomieniem aplikacji należy aktywować połączenie VPN z serwerem w WCSS (zobacz [[korzystanie z VPN]]). Połączenie VPN powinno pozostać aktywne przez cały czas korzystania z klienta.}}
'''Materials Studio''' - oprogramowanie chemiczne do modelowania molekularnego firmy [[Accelrys]]. Materials Studio to pełne środowisko do projektowania materiałów, pracujące w architekturze klient serwer. Użytkownik tworzy zadanie obliczeniowe na komputerze klienckim (swoim pececie pracującym pod Windows) i uruchamia obliczenia na komputerze serwera MS.
+
{{aplikacja|logo=[[Plik:Biovia-logo.png]] |nazwa=Materials Studio|serwer=[[Bem]] (+ Gateway)|wersja=8.0 | serwer2=[[Klaster kampusowy]] |wersja21=8.0 | serwer3=Do pobrania |wersja31=7.0 SP1, SP2 |kontakt=}}
 +
'''Materials Studio''' - oprogramowanie chemiczne do modelowania molekularnego firmy [[Biovia]] (dawniej Accelrys). Materials Studio to pełne środowisko do projektowania materiałów, pracujące w architekturze klient serwer. Użytkownik tworzy zadanie obliczeniowe na komputerze klienckim (swoim pececie pracującym pod Windows) i uruchamia obliczenia na komputerze z zainstalowanym serwerem MS (może to być ten sam komputer lub zdalny serwer z uruchomionym Gateway'em).
  
 
== Licencja ==
 
== Licencja ==
WCSS uczestniczy w licencji krajowej koordynowanej przez ICM. W ramach tej [http://www.icm.edu.pl/kdm/Accelrys:_NoweZasady1112 licencji w 2011/2012] r. dostępne są moduły:
+
Obecnie WCSS nie udostępnia licencji użytkownikom. Dopuszczalne jest zakupienie licencji przez użytkownika i udostępnianie jej na serwerze licencji WCSS (tylko uprawnionym osobom).
  
{|
+
=== Informacja o wykorzystaniu ===
|-valign="top"
+
Uprzejmie przypominamy o konieczności zamieszczania w publikacjach informacji o wykorzystaniu krajowej licencji Biovia (d. Accelrys).
|
 
* MS Adsorption Locator
 
* MS Amorphous Cell
 
* MS Blends
 
* MS CASTEP Interface
 
* MS CASTEP Parallel
 
* MS COMPASS Parallel
 
* MS Conformers
 
* MS Discover Parallel
 
* MS DMol3 Interface
 
* MS DMol3-Solid State Parallel
 
* MS Equilibria
 
* MS Forcite Plus
 
|
 
* MS Gaussian Interface
 
* MS GULP Interface
 
* MS GULP Parallel
 
* MS Mesocite
 
* MS MesoDyn
 
* MS MesoDyn Interface
 
* MS Motif
 
* MS Morphology
 
* MS NMR CASTEP Parallel
 
* MS ONETEP
 
* MS ONETEP Interface
 
* MS Polymorph Predictor
 
|
 
* MS Polymorph Predictor Interface
 
* MS QMERA
 
* MS QMERA Interface
 
* MS QSAR Plus
 
* MS Reflex Plus
 
* MS Reflex QPA
 
* MS Sorption
 
* MS Synthia
 
* MS VAMP
 
* MS VAMP Interface
 
* MS Visualizer
 
* MS X-Cell
 
|}
 
  
=== Dodatkowe pola siłowe ===
+
{{Podziękowanie_WCSS}}
Dla modułu MS Discover doinstalowane są dodatkowe pola siłowe (Force Fields) pobrane ze strony ich autora dr. Hendrika Heinza ([http://www.poly-eng.uakron.edu/heinz-downloads.php]). Użytkownicy korzystający z tych dodatkowych pól proszeni są o cytowanie publikacji:
 
''Heinz, H.; Koerner, H.; Anderson, K. L.; Vaia, R. A.; Farmer, B. L. Chem. Mater. 2005, 17, 5658–5669.''
 
  
 
== Uruchamianie aplikacji ==
 
== Uruchamianie aplikacji ==
 
Użytkownik może korzystać z MS zainstalowanego na serwerach WCSS lub zainstalować ten pakiet na swoim komputerze.  
 
Użytkownik może korzystać z MS zainstalowanego na serwerach WCSS lub zainstalować ten pakiet na swoim komputerze.  
  
Aby uzyskać dostęp do oprogramowania i do licencji należy przesłać adres IP swojego komputera i aktualne dane kontaktowe pod adres Jerzy.Pankiewicz @ pwr.wroc.pl. Dla laptopa można podać dwa adresy IP - w pracy i w domu.  
+
Pakiet składa się z dwóch części: klienta i serwera. Klient jest dostępny na systemy Microsoft Windows, serwer na systemy Microsoft Windows i Unix.
  
Pakiet składa się z dwóch części: klienta i serwera. Klient jest dostępny na systemy Microsoft Windows, serwer na systemy Microsoft Windows i Unix.
+
Pliki instalacyjne aplikacji można pobrać z [[Serwer_FTP|serwera FTP]].
  
=== Klient i obliczenia lokalne ===
+
Środowisko graficzne Materials Studio służące do wizualizacji i projektowania jest dostępne w postaci klienta na system Microsoft Windows. Klient ma możliwość współpracy z serwerem zainstalowanym lokalnie lub na innym komputerze w sieci.
Środowisko graficzne Materials Studio służące do wizualizacji i projektowania jest dostępne tylko w postaci klienta na system Microsoft Windows. Klient ma możliwość współpracy z serwerem zainstalowanym lokalnie lub na innym komputerze w sieci.
 
  
Aby pracować w MS w pełni lokalnie instaluje się klienta wraz z serwerem w wersji na system Windows. Można również, na swoim drugim komputerze w sieci lokalnej z systemem klasy Unix, zainstalować serwer w wersji na Unixa. Są to opcje korzystne, jeśli użytkownik potrzebuje na bieżąco śledzić w interfejsie graficznym przebieg obliczeń.
+
Klient Materials Studio pozwala także na zapisanie plików wejściowych z danymi modelu tak, że po przekopiowaniu ich na serwer można niezależnie zlecić na nim obliczenia. Pozwala również skonfigurować połączenie ze zdalnym serwerem obliczeniowym i bezpośrednio z poziomu klienta zlecać na niego obliczenia.
  
Klient MS pozwala także na zapisanie plików wejściowych z danymi modelu tak, że po przekopiowaniu ich na serwer można niezależnie zlecić na nim obliczenia. Pozwala również skonfigurować połączenie ze zdalnym serwerem i bezpośrednio z poziomu klienta zlecać na niego obliczenia.
+
Po zainstalowaniu oprogramowania należy:
 +
* skonfigurować w kliencie [[Konfiguracja klienta Materials Studio - serwer licencji|serwer licencji krajowej]],
 +
* skonfigurować w systemie [[Korzystanie z VPN|połączenie VPN]], żeby móc ze swojej stacji łączyć się z serwerem licencji. Połączenie VPN należy uruchamiać przed rozpoczęciem pracy z aplikacją. Połączenie VPN powinno pozostać aktywne przez cały czas korzystania z klienta.
  
=== Obliczenia zdalne ===
+
=== Obliczenia zdalne przez Gateway ===
WCSS udostępnia serwery MS na [[Leo]] i klastrze [[Supernova]]. Na klastrze Supernova działa tzw. '''Gateway''', za pośrednictwem którego można zdalnie z poziomu interfejsu klienta zlecać obliczenia do wykonania na serwerach. Aby móc to robić należy pobrać oprogramowanie, zainstalować klienta na swoim komputerze i po uruchomieniu klienta utworzyć nowy projekt i wybrać z menu '''Tools''' polecenie '''Server console'''. Następnie w oknie '''Server console''' należy dodać nowy '''Gateway''' o parametrach:
+
WCSS udostępnia bramę Materials Studio na klastrze [[Bem]]. Dzięki temu można z poziomu interfejsu klienta zlecać obliczenia do wykonania na węzłach obliczeniowych. Wymagana jest do tego odpowiednia konfiguracja: z menu w kliencie Materials Studio należy wybrać '''Tools''', następnie '''Server console'''. W oknie '''Server console''' należy dodać nowy '''Gateway''' o parametrach:
  
  adres: '''nova.wcss.wroc.pl'''
+
  adres: '''bem.wcss.pl'''
 
  port: '''18888'''
 
  port: '''18888'''
 
  połączenie: HTTPS
 
  połączenie: HTTPS
 +
 +
Zobacz też szczegółowe instrukcje:
 +
* [[Konfiguracja klienta Materials Studio | '''Jak sprawdzić prawidłową konfigurację klienta?''']]
 +
* [[Konfiguracja klienta Materials Studio - serwer licencji | '''Jak wskazać serwer licencji?''']]
  
 
Dla tak podłączonego serwera można obejrzeć listę dostępnych modułów.
 
Dla tak podłączonego serwera można obejrzeć listę dostępnych modułów.
  
Aby mieć możliwość zdalnego zlecania zadań przez Gateway, trzeba uzyskać specjalny login i hasło (niezależny od loginu i hasła systemowego). Użytkowników zainteresowanych uzyskaniem dostępu prosimy o skontaktowanie się w tym celu z [[kontakt|administratorami]].
+
Do korzystania z Gatewaya konieczne jest uzyskanie poświadczeń (nazwy użytkownika i hasła) - w tym celu należy skontaktować się z [[Kontakt|administratorami]] prosząc o założenie konta w Gatewayu.
  
Zadania zlecane przez Gateway trafiają do systemu kolejkowego PBS, do kolejki wybranej przed zleceniem obliczeń. Status zadań i ich historię można obserwować przez stronę WWW Gateway'a: https://nova.wcss.wroc.pl:18888/
+
==== Status zadań ====
 +
Zadania zlecane przez Gateway trafiają do systemu kolejkowego PBS. Status zadań i ich historię można obserwować z poziomu klienta lub przez stronę [[https://bem.wcss.pl:18888|WWW]].
  
Zobacz też:
+
==== Zmiana hasła w Gateway'u ====
* [[Konfiguracja klienta Materials Studio | '''Jak sprawdzić prawidłową konfiguracje klienta?''']]
+
Użytkownik może samodzielnie zmienić swoje hasło do Gateway'a. Należy w tym celu:
* [[Konfiguracja klienta Materials Studio - serwer licencji | '''Jak wskazać serwer licencji?''']]
+
* wejść na stronę WWW: https://bem.wcss.pl:18888
 +
* kliknąć w lewym menu pozycję "Password" i zalogować się dotychczasowym loginem i hasłem,
 +
* podać w formularzu stare i nowe hasło.
  
 
=== Obliczenia wsadowe ===
 
=== Obliczenia wsadowe ===
Obliczenia można zlecać także w trybie wsadowym. Po zapisaniu z poziomu interfejsu klienta plików wejściowych, przekopiowaniu ich a serwer w WCSS, można zlecić obliczenia z wykorzystaniem gotowych skryptów sub-moduł (istnieją tylko dla niektórych modułów MS) lub poleceń dostępnych w katalogu instalacji (trzeba pamiętać o wstawieniu ich do jednej z kolejek PBS).  
+
Obliczenia można zlecać także w trybie wsadowym. Po zapisaniu z poziomu interfejsu klienta plików wejściowych, przekopiowaniu ich a serwer w WCSS, można zlecić obliczenia z wykorzystaniem gotowych skryptów <code>sub-moduł</code> (istnieją tylko dla niektórych modułów MS) lub poleceń dostępnych w katalogu instalacji (trzeba pamiętać o wstawieniu ich do jednej z kolejek PBS).  
  
 
;Gotowe skrypty
 
;Gotowe skrypty
W ścieżce /usr/local/bin znajdują się gotowe skrypty wstawiające do kolejek PBS obliczenia niektórych modułów MS:
+
W ścieżce <code>/usr/local/bin</code> znajdują się gotowe skrypty wstawiające do kolejek PBS obliczenia niektórych modułów MS:
  nova> sub-DMol3 nazwa_zadania liczba_rdzeni [pamiec_w_MB_na_rdzen] [kolejka]
+
Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować:
Skrypt zakłada, że w bieżącym katalogu znajduje się plik wejściowy z rozszerzeniem .input oraz wszystkie pozostałe potrzebne pliki wejściowe.
+
 
 +
  > sub-castep-8.0
 +
Usage: /usr/local/bin/sub-castep-8.0 [parameters] name1 [name2] [name3] [...]
 +
Parameters:
 +
-q queue (default - main)
 +
-n nodes (default - 1)
 +
-p cores (per node, default - 1)
 +
-m memory (per node, in MB, default - 2000)
 +
-w walltime (in hours, default - 504)
 +
-i "additional parameters ..."
  
;Polecenia dostępne na klastrze Nova
+
'''Uwaga'''
  
  '''AmorphousCell''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/AmorphousCell/bin/RunAmorphousCell.sh nazwa_pliku
+
Na klastrze Bem zadania należy zlecać do kolejki main. Jest to kolejka przekierowująca - na podstawie podanego limitu czasu (walltime) zadania będą przenoszone do odpowiednich kolejek (np. normal, infinity).
  '''CASTEP''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/CASTEP/bin/RunCASTEP.sh
+
 
  '''DFTB+''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/DFTB/bin/RunDFTB.sh
+
;Polecenia dostępne na klastrze [[Bem]]
  '''Discover''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/Discover/bin/RunDiscover.sh
+
  '''AmorphousCell''' /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/AmorphousCell/bin/RunAmorphousCell.sh
  '''Dmol3''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/DMol3/bin/RunDMol3.sh
+
  '''CASTEP'''       /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/CASTEP/bin/RunCASTEP.sh
  '''DPD''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/DPD/bin/RunDPD.sh
+
  '''DFTB+'''         /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/DFTB/bin/RunDFTB.sh
'''Equilibria''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/Equilibria/bin/RunEquilibria.sh
+
  '''DFTBpara'''     /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/DFTBpara/bin/RunDFTBpara.sh
'''GULP''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/GULP/bin/RunGULP.sh  
+
  '''Dmol3'''         /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/DMol3/bin/RunDMol3.sh
  '''Kinetixas''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/Kinetix/bin/RunKinetix.sh  
+
  '''GULP'''         /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/GULP/bin/RunGULP.sh  
  '''MatServer''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/MatServer/bin/RunMatServer.sh
+
  '''Kinetix'''       /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/Kinetix/bin/RunKinetix.sh  
'''MesoDyn''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/MesoDyn/bin/RunMesoDyn.sh  
+
  '''MesoDyn'''       /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/MesoDyn/bin/RunMesoDyn.sh  
  '''Mesotek''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/Mesotek/bin/RunMesotek.sh
+
  '''ONETEP'''       /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/ONETEP/bin/RunONETEP.sh  
'''ONETEP''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/ONETEP/bin/RunONETEP.sh  
+
  '''QMERA'''         /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/QMERA/bin/RunQMERA.sh  
  '''QMERA''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/QMERA/bin/RunQMERA.sh  
+
  '''VAMP'''         /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/VAMP/bin/RunVAMP.sh
  '''VAMP''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/VAMP/bin/RunVAMP.sh
 
  
  
 
;Przykład  
 
;Przykład  
Obliczenia można uruchomić poleceniem (przykład dla modułu QMERA):
+
Obliczenia można uruchomić poleceniem (przykład dla modułu VAMP):
  
  nova> echo "cd /home/$USER/<katalog_z_plikami_zadania>; /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/QMERA/bin/RunQMERA.sh <plik_wejsciowy>" | qsub -N <qmera_nazwa_zadania>
+
  > /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/VAMP/bin/RunVAMP.sh -q main filename.input
  
 
gdzie:
 
gdzie:
* <code>plik_wejsciowy</code> to plik z danymi do obliczeń (bez rozszerzenia, domyślne rozszerzenie to .csin),
+
* <code>filename.input</code> to plik z danymi do obliczeń,
* <code>/home/$USER/katalog_z_plikami_zadania</code> to katalog, w którym leży plik wejściowy i pozostałe pliki potrzebne do obliczeń,
+
* <code>-q main</code> to nazwa kolejki (należy podawać main)
* <code>qmera_nazwa_zadania</code> to nazwa zadania w systemie kolejkowym (można ustawić dowolną, ale prosimy o zawarcie w niej nazwy modułu, np. qmera, castep itp. do celów statystycznych).
 
  
 
'''Zobacz też''': [[CASTEP]]
 
'''Zobacz też''': [[CASTEP]]
 +
 +
=== Obliczenia na infrastrukturze PLATON-U3 ===
 +
Na infrastrukturze PLATON-U3 ([[klaster kampusowy]]) dostępna jest pełna instalacja Materials Studio (klient i lokalny gateway). W celu skorzystania z aplikacji należy zarejestrować się jako użytkownik Platon-U3 w WCSS na stronie usługi (https://wcss.cloud.pionier.net.pl) i następnie założyć rezerwację na maszynę wirtualną z Materials Studio. Po uzyskaniu dostępu do maszyny wirtualnej i uruchomieniu aplikacji można zlecać obliczenia na maszynę wirtualną przez lokalny gateway lub na klaster [[Bem]] przez gateway bem.wcss.pl.
 +
 +
Sposób rezerwacji i korzystania z aplikacji na klastrze kampusowym jest opisany na stronie [https://wcss.cloud.pionier.net.pl/index.php?page=faq infrastruktury PLATON U3].
  
 
== Dokumentacja ==
 
== Dokumentacja ==
 
* Tutoriale dostępne są z poziomu aplikacji klienta.
 
* Tutoriale dostępne są z poziomu aplikacji klienta.
* [http://accelrys.com/products/materials-studio/ Strona pakietu w serwisie Accelrys]
+
* [http://accelrys.com/products/materials-studio/ Strona pakietu w serwisie Biovia]
 
 
  
{{accelrys}}
 
  
 +
{{biovia}}
  
 
{{oprogramowanie}}
 
{{oprogramowanie}}

Aktualna wersja na dzień 12:23, 15 paź 2021

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < Biovia < Materials Studio

Materials Studio
Biovia-logo.png
Serwer Wersja
Bem (+ Gateway) 8.0
Klaster kampusowy 8.0
Do pobrania 7.0 SP1, SP2
Kontakt
kdm@wcss.pl

Materials Studio - oprogramowanie chemiczne do modelowania molekularnego firmy Biovia (dawniej Accelrys). Materials Studio to pełne środowisko do projektowania materiałów, pracujące w architekturze klient serwer. Użytkownik tworzy zadanie obliczeniowe na komputerze klienckim (swoim pececie pracującym pod Windows) i uruchamia obliczenia na komputerze z zainstalowanym serwerem MS (może to być ten sam komputer lub zdalny serwer z uruchomionym Gateway'em).

Licencja

Obecnie WCSS nie udostępnia licencji użytkownikom. Dopuszczalne jest zakupienie licencji przez użytkownika i udostępnianie jej na serwerze licencji WCSS (tylko uprawnionym osobom).

Informacja o wykorzystaniu

Uprzejmie przypominamy o konieczności zamieszczania w publikacjach informacji o wykorzystaniu krajowej licencji Biovia (d. Accelrys).

Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):

"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "

"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."

Uruchamianie aplikacji

Użytkownik może korzystać z MS zainstalowanego na serwerach WCSS lub zainstalować ten pakiet na swoim komputerze.

Pakiet składa się z dwóch części: klienta i serwera. Klient jest dostępny na systemy Microsoft Windows, serwer na systemy Microsoft Windows i Unix.

Pliki instalacyjne aplikacji można pobrać z serwera FTP.

Środowisko graficzne Materials Studio służące do wizualizacji i projektowania jest dostępne w postaci klienta na system Microsoft Windows. Klient ma możliwość współpracy z serwerem zainstalowanym lokalnie lub na innym komputerze w sieci.

Klient Materials Studio pozwala także na zapisanie plików wejściowych z danymi modelu tak, że po przekopiowaniu ich na serwer można niezależnie zlecić na nim obliczenia. Pozwala również skonfigurować połączenie ze zdalnym serwerem obliczeniowym i bezpośrednio z poziomu klienta zlecać na niego obliczenia.

Po zainstalowaniu oprogramowania należy:

  • skonfigurować w kliencie serwer licencji krajowej,
  • skonfigurować w systemie połączenie VPN, żeby móc ze swojej stacji łączyć się z serwerem licencji. Połączenie VPN należy uruchamiać przed rozpoczęciem pracy z aplikacją. Połączenie VPN powinno pozostać aktywne przez cały czas korzystania z klienta.

Obliczenia zdalne przez Gateway

WCSS udostępnia bramę Materials Studio na klastrze Bem. Dzięki temu można z poziomu interfejsu klienta zlecać obliczenia do wykonania na węzłach obliczeniowych. Wymagana jest do tego odpowiednia konfiguracja: z menu w kliencie Materials Studio należy wybrać Tools, następnie Server console. W oknie Server console należy dodać nowy Gateway o parametrach:

adres: bem.wcss.pl
port: 18888
połączenie: HTTPS

Zobacz też szczegółowe instrukcje:

Dla tak podłączonego serwera można obejrzeć listę dostępnych modułów.

Do korzystania z Gatewaya konieczne jest uzyskanie poświadczeń (nazwy użytkownika i hasła) - w tym celu należy skontaktować się z administratorami prosząc o założenie konta w Gatewayu.

Status zadań

Zadania zlecane przez Gateway trafiają do systemu kolejkowego PBS. Status zadań i ich historię można obserwować z poziomu klienta lub przez stronę [[1]].

Zmiana hasła w Gateway'u

Użytkownik może samodzielnie zmienić swoje hasło do Gateway'a. Należy w tym celu:

  • wejść na stronę WWW: https://bem.wcss.pl:18888
  • kliknąć w lewym menu pozycję "Password" i zalogować się dotychczasowym loginem i hasłem,
  • podać w formularzu stare i nowe hasło.

Obliczenia wsadowe

Obliczenia można zlecać także w trybie wsadowym. Po zapisaniu z poziomu interfejsu klienta plików wejściowych, przekopiowaniu ich a serwer w WCSS, można zlecić obliczenia z wykorzystaniem gotowych skryptów sub-moduł (istnieją tylko dla niektórych modułów MS) lub poleceń dostępnych w katalogu instalacji (trzeba pamiętać o wstawieniu ich do jednej z kolejek PBS).

Gotowe skrypty

W ścieżce /usr/local/bin znajdują się gotowe skrypty wstawiające do kolejek PBS obliczenia niektórych modułów MS: Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować:

> sub-castep-8.0
Usage: /usr/local/bin/sub-castep-8.0 [parameters] name1 [name2] [name3] [...]
Parameters:
-q queue (default - main)
-n nodes (default - 1)
-p cores (per node, default - 1)
-m memory (per node, in MB, default - 2000)
-w walltime (in hours, default - 504)
-i "additional parameters ..."

Uwaga

Na klastrze Bem zadania należy zlecać do kolejki main. Jest to kolejka przekierowująca - na podstawie podanego limitu czasu (walltime) zadania będą przenoszone do odpowiednich kolejek (np. normal, infinity).

Polecenia dostępne na klastrze Bem
AmorphousCell /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/AmorphousCell/bin/RunAmorphousCell.sh
CASTEP        /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/CASTEP/bin/RunCASTEP.sh
DFTB+         /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/DFTB/bin/RunDFTB.sh
DFTBpara      /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/DFTBpara/bin/RunDFTBpara.sh
Dmol3         /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/DMol3/bin/RunDMol3.sh
GULP          /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/GULP/bin/RunGULP.sh 
Kinetix       /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/Kinetix/bin/RunKinetix.sh 
MesoDyn       /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/MesoDyn/bin/RunMesoDyn.sh 
ONETEP        /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/ONETEP/bin/RunONETEP.sh 
QMERA         /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/QMERA/bin/RunQMERA.sh 
VAMP          /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/VAMP/bin/RunVAMP.sh


Przykład

Obliczenia można uruchomić poleceniem (przykład dla modułu VAMP):

> /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/VAMP/bin/RunVAMP.sh -q main filename.input

gdzie:

  • filename.input to plik z danymi do obliczeń,
  • -q main to nazwa kolejki (należy podawać main)

Zobacz też: CASTEP

Obliczenia na infrastrukturze PLATON-U3

Na infrastrukturze PLATON-U3 (klaster kampusowy) dostępna jest pełna instalacja Materials Studio (klient i lokalny gateway). W celu skorzystania z aplikacji należy zarejestrować się jako użytkownik Platon-U3 w WCSS na stronie usługi (https://wcss.cloud.pionier.net.pl) i następnie założyć rezerwację na maszynę wirtualną z Materials Studio. Po uzyskaniu dostępu do maszyny wirtualnej i uruchomieniu aplikacji można zlecać obliczenia na maszynę wirtualną przez lokalny gateway lub na klaster Bem przez gateway bem.wcss.pl.

Sposób rezerwacji i korzystania z aplikacji na klastrze kampusowym jest opisany na stronie infrastruktury PLATON U3.

Dokumentacja