Materials Studio

Z KdmWiki
Przejdź do nawigacji Przejdź do wyszukiwania

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < Accelrys

Materials Studio - oprogramowanie chemiczne do modelowania molekularnego firmy Accelrys. Materials Studio to pełne środowisko do projektowania materiałów, pracujące w architekturze klient serwer. Użytkownik tworzy zadanie obliczeniowe na komputerze klienckim (swoim pececie pracującym pod Windows) i uruchamia obliczenia na komputerze serwera MS.

Licencja

WCSS uczestniczy w licencji krajowej koordynowanej przez ICM. W ramach tej licencji w 2009/2010 r. dostępne są moduły:

  • MS Adsorption Locator
  • MS Amorphous Cell
  • MS Blends
  • MS CASTEP Interface
  • MS CASTEP Parallel
  • MS COMPASS Parallel
  • MS Conformers
  • MS Discover Parallel
  • MS DMol3 Interface
  • MS DMol3-Solid State Parallel
  • MS Equilibria
  • MS Forcite Plus
  • MS Gaussian Interface
  • MS GULP Interface
  • MS GULP Parallel
  • MS Mesocite
  • MS MesoDyn
  • MS MesoDyn Interface
  • MS Motif
  • MS Morphology
  • MS NMR CASTEP Parallel
  • MS ONETEP
  • MS ONETEP Interface
  • MS Polymorph Predictor
  • MS Polymorph Predictor Interface
  • MS QMERA
  • MS QMERA Interface
  • MS QSAR Plus
  • MS Reflex Plus
  • MS Reflex QPA
  • MS Sorption
  • MS Synthia
  • MS VAMP
  • MS VAMP Interface
  • MS Visualizer
  • MS X-Cell

Uruchamianie aplikacji

Użytkownik może korzystać z MS zainstalowanego na serwerach WCSS lub zainstalować ten pakiet na swoim komputerze. Aby uzyskać dostęp do oprogramowania i do licencji należy przesłać adres IP swojego komputera i aktualne dane kontaktowe pod adres Jerzy.Pankiewicz @ pwr.wroc.pl. Dla laptopa można podać dwa adresy IP - w pracy i w domu.

Pakiet składa się z dwóch części: klienta i serwera. Serwer jest dostępny na systemy Microsoft Windows i Unix, klient tylko na systemy Microsoft Windows.

Klient i obliczenia lokalne

Środowisko graficzne Materials Studio służące do wizualizacji i projektowania jest dostępne tylko w postaci klienta na system Microsoft Windows. MS pozwala na zapisanie plików wejściowych z danymi modelu tak, że po przekopiowaniu ich na serwer można niezależnie zlecić na nim obliczenia.

Można zainstalować razem z klientem również serwer w wersji na system Windows i pracować w MS w pełni lokalnie. Można również na swoim drugim komputerze w sieci lokalnej z systemem klasy Unix zainstalować serwer w wersji na Unixa. Są to opcje korzystne, jeśli użytkownik potrzebuje na bieżąco śledzić w interfejsie graficznym przebieg obliczeń.

Obliczenia zdalne

WCSS udostępnia MS na Leo i klastrze Nova i na nich obydwu działa tzw. Gateway, za pośrednictwem którego można zdalnie z poziomu interfejsu klienta zlecać obliczenia do wykonania na serwerach. Aby móc to robić należy pobrać oprogramowanie, zainstalować klienta na swoim komputerze i po uruchomieniu klienta utworzyć nowy projekt i wybrać z menu Tools polecenie Server console. Następnie w oknie Server console należy dodać nowy Gateway o parametrach:

adres: leo.wcss.wroc.pl
port: 18888

lub

adres: nova.wcss.wroc.pl
port: 18888
połączenie: HTTPS

Dla każdego z tak podłączonych serwerów można obejrzeć listę dostępnych modułów. Ze względu na specyficzną architekturę Leo, jest na nim dostępnych o wiele mniej modułów niż na klastrze Nova.

Aby mieć możliwość zdalnego zlecania zadań na któryś z powyższych serwerów, trzeba uzyskać dostęp do danego Gatewey'a, czyli login i hasło (niezależny od loginu i hasła systemowego). Użytkowników zainteresowanych uzyskaniem dostępu prosimy o skontaktowanie się w tym celu z administratorami.

Zadania zlecane przez Gateway trafiają do systemu kolejkowego PBS, do kolejki wybranej przed zleceniem obliczeń.

Obliczenia wsadowe

Obliczenia można zlecać także w trybie wsadowym. Pliki wejściowe można wcześniej zapisać z poziomu interfejsu klienta i, po przekopiowaniu na serwer w WCSS, zlecić obliczenia z wykorzystaniem poleceń (trzeba pamiętać o wstawieniu ich do jednej z kolejek PBS):

AmorphousCell /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio50/etc/AmorphousCell/bin/RunAmorphousCell.sh nazwa_pliku
CASTEP /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio50/etc/CASTEP/bin/RunCASTEP.sh
DFTB+ /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio50/etc/DFTB/bin/RunDFTB.sh
Discover /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio50/etc/Discover/bin/RunDiscover.sh
Dmol3 /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio50/etc/DMol3/bin/RunDMol3.sh
DPD /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio50/etc/DPD/bin/RunDPD.sh 
Equilibria /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio50/etc/Equilibria/bin/RunEquilibria.sh 
GULP /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio50/etc/GULP/bin/RunGULP.sh 
Kinetixas /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio50/etc/Kinetix/bin/RunKinetix.sh 
MatServer /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio50/etc/MatServer/bin/RunMatServer.sh 
MesoDyn /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio50/etc/MesoDyn/bin/RunMesoDyn.sh 
Mesotek /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio50/etc/Mesotek/bin/RunMesotek.sh
ONETEP /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio50/etc/ONETEP/bin/RunONETEP.sh 
QMERA /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio50/etc/QMERA/bin/RunQMERA.sh 
VAMP /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio50/etc/VAMP/bin/RunVAMP.sh


Zobacz też: CASTEP

Dokumentacja