Molpro: Różnice pomiędzy wersjami
| Linia 18: | Linia 18: | ||
* system obliczeniowy: [[Supernova]] | * system obliczeniowy: [[Supernova]] | ||
| − | + | Testowe uruchomienia programu powinny być wykonywane jako [[PBS#Zadania_interaktywne|zadanie interaktywne]]: | |
| + | qsub -I -l software=Molpro | ||
| + | |||
| + | Następnie program można uruchomić po wgraniu odpowiedniego [[modules|modułu]]: | ||
module load molpro/2009.1 | module load molpro/2009.1 | ||
| − | + | Program można wywoływać poleceniem: | |
molpro [opcje] plik.inp | molpro [opcje] plik.inp | ||
| − | Zadania do kolejki | + | Zadania obliczeniowe wstawia się do kolejki wywołując: |
sub-molpro-2009 plik.inp [liczba-wezlow] [liczba-cpu-per-wezel] [wielkosc-pamieci-w-MB] [kolejka] | sub-molpro-2009 plik.inp [liczba-wezlow] [liczba-cpu-per-wezel] [wielkosc-pamieci-w-MB] [kolejka] | ||
| Linia 34: | Linia 37: | ||
Zostały zainstalowanie dwie wersje: mpp oraz mppx. | Zostały zainstalowanie dwie wersje: mpp oraz mppx. | ||
| − | Molpro2010.1 w wersji mppx uruchamia n-samodzielnych (niezależnych) zadań, gdzie n = liczba zadeklarowanych procesorów. | + | Molpro2010.1 w wersji '''mppx''' uruchamia n-samodzielnych (niezależnych) zadań, gdzie n = liczba zadeklarowanych procesorów. |
Wersja "mppx" jest znacznie szybsza od wersji "mpp" w zadaniach liczących gradienty i hessiany. | Wersja "mppx" jest znacznie szybsza od wersji "mpp" w zadaniach liczących gradienty i hessiany. | ||
| − | Zadania do kolejki | + | Zadania obliczeniowe wstawia się do kolejki wywołując: |
sub-molpro_mppx plik.inp [liczba-wezlow] [liczba-cpu-per-wezel] [wielkosc-pamieci-w-MB-per-węzeł] [kolejka] | sub-molpro_mppx plik.inp [liczba-wezlow] [liczba-cpu-per-wezel] [wielkosc-pamieci-w-MB-per-węzeł] [kolejka] | ||
| − | Molpro2010.1 w wersji mpp uruchamia N procesów, które liczą jedno zadanie, gdzie N = liczba zadeklarowanych procesorów. Zaimplementowane są w niej wszystkie metody dostępne w Molpro2010.1. | + | Molpro2010.1 w wersji '''mpp''' uruchamia N procesów, które liczą jedno zadanie, gdzie N = liczba zadeklarowanych procesorów. Zaimplementowane są w niej wszystkie metody dostępne w Molpro2010.1. |
Zadania do kolejki wstawia się wywołując: | Zadania do kolejki wstawia się wywołując: | ||
Wersja z 10:44, 27 lis 2012
< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < Molpro
| Molpro | |
|---|---|
| Plik:molpro.png | |
| Serwer | Wersja |
| Supernova | 2010.1 2009.1 |
| Kontakt | |
| kdm@wcss.pl | |
MOLPRO jest całościowym pakietem do obliczeń w dziedzinie chemii kwantowej, oferującym zaawansowane jak i podstawowe metody ab initio, ze szczególnym uwzględnieniem metod korelacyjnych. Twórcami pakietu są H.J. Werner, P.J. Knowles i wielu innych, którzy przyczynili się do jego rozwoju.
Informacje ogólne
Główne cechy MOLPRO:
- pełny zakres metod ab initio
- moduły
directilocaldla obliczeń w trybie Direct SCF oraz Localized Moeller-Plesset - obliczenia przeprowadzane z utrzymaniem maksymalnej możliwej precyzji
- możliwość generowania danych wsadowych dla Gaussiana, Moldena, formaty XYZ, i inne
- przyjazna i bardzo elastyczna składnia danych wejściowych (proste słownictwo, wyrażenia, zmienne, pętle, warunki, procedury, itp.)
Pakiet napisany jest głównie w języku Fortran90. Licencjonowaniem MOLPRO zajmuje się University College Cardiff Consultants Limited.
MOLPRO w WCSS
Molpro 2009.1
- system obliczeniowy: Supernova
Testowe uruchomienia programu powinny być wykonywane jako zadanie interaktywne:
qsub -I -l software=Molpro
Następnie program można uruchomić po wgraniu odpowiedniego modułu:
module load molpro/2009.1
Program można wywoływać poleceniem:
molpro [opcje] plik.inp
Zadania obliczeniowe wstawia się do kolejki wywołując:
sub-molpro-2009 plik.inp [liczba-wezlow] [liczba-cpu-per-wezel] [wielkosc-pamieci-w-MB] [kolejka]
Domyślnie zadanie zostanie dodane do kolejki normal z przydziałem 1 węzła, 4 CPU per węzeł i 1800MB pamięci dla każdego CPU.
Molpro 2010.1
- system obliczeniowy: Supernova
Zostały zainstalowanie dwie wersje: mpp oraz mppx.
Molpro2010.1 w wersji mppx uruchamia n-samodzielnych (niezależnych) zadań, gdzie n = liczba zadeklarowanych procesorów. Wersja "mppx" jest znacznie szybsza od wersji "mpp" w zadaniach liczących gradienty i hessiany.
Zadania obliczeniowe wstawia się do kolejki wywołując:
sub-molpro_mppx plik.inp [liczba-wezlow] [liczba-cpu-per-wezel] [wielkosc-pamieci-w-MB-per-węzeł] [kolejka]
Molpro2010.1 w wersji mpp uruchamia N procesów, które liczą jedno zadanie, gdzie N = liczba zadeklarowanych procesorów. Zaimplementowane są w niej wszystkie metody dostępne w Molpro2010.1.
Zadania do kolejki wstawia się wywołując:
sub-molpro plik.inp [liczba-wezlow] [liczba-cpu-per-wezel] [wielkosc-pamieci-w-MB-per-węzeł] [kolejka]
Domyślnie zadanie zostanie wstawione do kolejki normal z przydziałem 1 węzła, 4 CPU per węzeł i 1800MB pamięci dla każdego CPU.
Dokumentacja
Zobacz też: Oprogramowanie KDM
| Oprogramowanie naukowe |
Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD: Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k |
|---|