Siesta: Różnice pomiędzy wersjami

Z KdmWiki
Przejdź do nawigacji Przejdź do wyszukiwania
 
(Nie pokazano 19 wersji utworzonych przez 5 użytkowników)
Linia 1: Linia 1:
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]]</small>
+
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < Siesta</small>
{{zasobytab|logo=|serwery=[[Nova]]}}
+
{{aplikacja|nazwa=SIESTA|logo=[[Plik:siesta.png|noframe|center]]|serwer=[[Bem]]|wersja='''3.2'''|wersja2='''4.0,4.1-b4'''}}
 
'''SIESTA (Spanish Initiative for Electronic Simulations with Thousands of Atoms)'''   
 
'''SIESTA (Spanish Initiative for Electronic Simulations with Thousands of Atoms)'''   
  
 
Wydajna aplikacja do przeprowadzania obliczeń DFT. Implementacją autorskiej metody pozwala na licznie b.dużych układów w  
 
Wydajna aplikacja do przeprowadzania obliczeń DFT. Implementacją autorskiej metody pozwala na licznie b.dużych układów w  
rozsądnym czasie. Stosowana tam, gdzie kosztowne, liczące fukcje falowe wszystkich elektronów, metody byłyby nieefektywne.  
+
rozsądnym czasie. Stosowana tam, gdzie kosztowne, liczące funkcje falowe wszystkich elektronów, metody byłyby nieefektywne.  
  
Algorytm SIESTY liczy tylko walencyjne gęstosci elektronowe, reszta(rdzeń) przybliżany jest psudopotencjałem.
+
Algorytm SIESTY liczy tylko walencyjne gęstości elektronowe, reszta(rdzeń) przybliżany jest psudopotencjałem.
 
Ze względu na użyte metody SIESTA daje wiarygodne wyniki w przypadku stanów podstawowych, np: szukanie optymalnej  
 
Ze względu na użyte metody SIESTA daje wiarygodne wyniki w przypadku stanów podstawowych, np: szukanie optymalnej  
 
geometrii, ścieżka reakcji, MD. Nie radzi sobie natomiast ze stanami wzbudzonymi oraz, ponieważ korzysta z aproksymacji  
 
geometrii, ścieżka reakcji, MD. Nie radzi sobie natomiast ze stanami wzbudzonymi oraz, ponieważ korzysta z aproksymacji  
Linia 17: Linia 17:
 
Wg. "SIESTA cominando" A.Postnikov
 
Wg. "SIESTA cominando" A.Postnikov
  
=== Licencja ===
+
=== Korzystanie w WCSS ===
WCSS posiada licencję dla centrum obliczeniowego ([http://www.icmab.es/siesta/Terms-Conditions-for-groups Academic License for Computing Centers]). Niezależnie od tego, każdy użytkownik, który chce prowadzić obliczania musi wystąpić do autorów i uzyskać [http://www.icmab.es/siesta/termsconditions licencję indywidualną]. WCSS nie może wykonać tego kroku w imieniu użytkownika. 
+
Program Siesta zainstalowany jest na klastrze [[Bem]]
  
W celu uzyskania dostępu do systemowej instalacji Siesty, prosimy o zgłoszenie takiego zapotrzebowania do [[kontakt|administratorów]], pamiętając o wcześniejszym uzyskaniu licencji indywidualnej. Tylko posiadaczom takiej licencji WCSS może umożliwić dostęp.
+
Praca z pakietem w trybie interaktywnym jest możliwa po uruchomieniu zadania interaktywnego, np.:
 +
qsub -I -l walltime=06:00:00 -l software=Siesta_4.1-b4-intel-2018b
  
=== Korzystanie w WCSS ===
+
Środowisko programu inicjalizowane jest w powłoce przez polecenie, np.:
Siesta oraz Transiesta w ver.3.0-rc2 dostępne są w WCSS na klastrze [[SuperNova]].
+
module load Siesta/4.1-b4-intel-2018b
  
/usr/local/bin/sub-siesta-3.0-rc2
 
Sposob uzycia: sub-siesta-3.0-rc2 plik_danych.fdf kolejka liczba_procesorow_per_wezel 
 
pamiec_w_MB_per_wezel liczba_wezlow
 
 
=== Dokumentacja ===
 
=== Dokumentacja ===
* [http://www.icmab.es/siesta Strona domowa pakietu]
+
* [http://departments.icmab.es/leem/siesta Strona domowa pakietu]
 
+
* [https://departments.icmab.es/leem/SIESTA_MATERIAL/Docs/Manuals/siesta-4.1-b4.pdf Dokumentacja Siesta 4.1-b4 (PDF)]
  
 
{{Oprogramowanie}}
 
{{Oprogramowanie}}
 
[[Kategoria:Oprogramowanie]]
 
[[Kategoria:Oprogramowanie]]

Aktualna wersja na dzień 12:48, 22 lip 2020

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < Siesta

SIESTA
noframe
Serwer Wersja
Bem 3.2
4.0,4.1-b4
Kontakt
kdm@wcss.pl

SIESTA (Spanish Initiative for Electronic Simulations with Thousands of Atoms)

Wydajna aplikacja do przeprowadzania obliczeń DFT. Implementacją autorskiej metody pozwala na licznie b.dużych układów w rozsądnym czasie. Stosowana tam, gdzie kosztowne, liczące funkcje falowe wszystkich elektronów, metody byłyby nieefektywne.

Algorytm SIESTY liczy tylko walencyjne gęstości elektronowe, reszta(rdzeń) przybliżany jest psudopotencjałem. Ze względu na użyte metody SIESTA daje wiarygodne wyniki w przypadku stanów podstawowych, np: szukanie optymalnej geometrii, ścieżka reakcji, MD. Nie radzi sobie natomiast ze stanami wzbudzonymi oraz, ponieważ korzysta z aproksymacji pseudopotencjałami, z właściwości wynikających ze stanów elektronów rdzenia atomowego (np. gradient elektronowy).

Szybkość SIESTY bierze się z zastosowanych przybliżeń (pseudopotencjały) oraz z alternatywnego algorytmu liczenia, który skaluje się liniowo (N-order method). SIESTA może przełączać się między standardowym i alternatywny algorytmem (domyślnie przełączenie ustawione jest na 100 atomów), aby zapewnić maksymalną efektywność.

Wg. "SIESTA cominando" A.Postnikov

Korzystanie w WCSS

Program Siesta zainstalowany jest na klastrze Bem

Praca z pakietem w trybie interaktywnym jest możliwa po uruchomieniu zadania interaktywnego, np.:

qsub -I -l walltime=06:00:00 -l software=Siesta_4.1-b4-intel-2018b

Środowisko programu inicjalizowane jest w powłoce przez polecenie, np.:

module load Siesta/4.1-b4-intel-2018b

Dokumentacja