ProtoMol: Różnice pomiędzy wersjami

Z KdmWiki
Skocz do: nawigacji, wyszukiwania
(ProtoMol w WCSS)
 
(Nie pokazano 15 wersji utworzonych przez 2 użytkowników)
Linia 1: Linia 1:
***Protomol
+
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < ProtoMol</small>
  
Protomol jest zorientowanym obiektowo frameworkiem do przeprowadzania symulacji dynamiki molekularnej. Wspiera pola siłowe CHARMM 19 i 28a2 ,potrafi przetwarzać pliki z rozszerzeniami PDB, PSF, XYZ oraz pliki trajektorii DCD.  
+
'''ProtoMol''' - zorientowany obiektowo framework do przeprowadzania symulacji dynamiki molekularnej. Wspiera pola siłowe CHARMM 19 i 28a2, potrafi przetwarzać pliki z rozszerzeniami PDB, PSF, XYZ oraz pliki trajektorii DCD. Korzysta z szybkich algorytmów oceny oddziaływań elektrostatycznych takich jak: algorytm Ewald, PME (''Particle Mesh Ewald'') i MultiGrid. W obliczeniach można użyć dłuższych kroków czasowych (''timesteps''), ponieważ aplikacja stosuje metody takie jak: MOLLY, Langevin Molly oraz pochodne Monte Carlo (hybrydowa), Nose-Hoover i Langevin.
Korzysta z szybkich algorytmów oceny oddziaływań elektrostatycznych taki jak: algorytm Ewald, PME (Particle Mesh Ewald), MultiGrid. Dłuższych kroków czasowych (timesteps) można użyć, ponieważ aplikakcja stosuje metody takie jak: MOLLY, Langevin Molly oraz pochodne Monte Carlo (hybrydowa), Nose-Hoover i Langevin.
+
  
Protomol ver 2.0 jest zintegorowany z silnikiem wizualizacyjnym VMD, natomiast wersja 3.0 współdziała również z Open Source Jave Molecular Viewer.
+
ProtoMol w wersji 2.0 jest zintegrowany z silnikiem wizualizacyjnym VMD, natomiast wersja 3.0 współdziała również z Open Source Jave Molecular Viewer.
  
Aplikacja jest rozpowszechniana na zasadach GPL.
+
Aplikacja jest rozpowszechniana na licencji GPL.
  
Cechy (ver 3.0):
+
=== Nowości w v. 3.0 ===
-interfejs OpenMM, bibliteki do MD wspierajacej GPU NVIDIA oraz ATI. OpenMM wspiera pola siłowe AMBER  
+
* Interfejs OpenMM, biblioteki do MD wspierającej GPU NVIDIA oraz ATI. OpenMM wspiera pola siłowe AMBER
-wsparcie dla Pythona, CNMA
+
* Wsparcie dla Pythona, CNMA.
-
+
  
Cechy głowne
+
=== Cechy główne ===
*zorientowane obiektowo wysokowydajne środowisko do sumulacji dynamiki molkularnej
+
* Zorientowane obiektowo wysokowydajne środowisko do symulacji dynamiki molekularnej;
*zaprojektowane dla wysokiej elastyczniści, łatwej skalarności i administracji  
+
* Zaprojektowane dla wysokiej elastyczności, łatwej skalowalności i administracji;
*wbudowana pralelizacja wspiera sekwencyjne i zrównoleglone środowisko
+
* Posiada wbudowane mechanizmy zrównoleglania (''incremental parallelism'') wspierające sekwencyjne i równoległe środowiska;
*szybkie algorytmy do obliczeń elektorstatycznych:
+
* Szybkie algorytmy do obliczeń elektrostatycznych:
*Enwald summation O(N^(3/2))
+
** ''Enwald summation'', o złożoności obliczeniowej O(N<sup>3/2</sup>),
*Particle Mesh EwaldO(N log N)
+
** ''Particle Mesh Ewald'', o złożoności obliczeniowej O(N log N),
*Multi-grid method O(N)
+
** ''Multi-grid method'', o złożoności obliczeniowej O(N);
*wsparcie dla popularnych formatów wejscia i wyjscia
+
* Wsparcie dla popularnych formatów wejścia i wyjścia;
*liczebność atomów w systemie do 10^6
+
* Liczebność atomów w systemie może dochodzić do 10<sup>6</sup>;
*wparcie dla platform:
+
* Wparcie dla platform:
-Sun/Solaris
+
** Sun/Solaris,
-AIX(MPI)
+
** AIX (MPI),
-HP-UX(MPI)
+
** HP-UX (MPI),
-IRIX(MPI)
+
** IRIX (MPI),
-Linux(MPIch lub LAMMPI)
+
** Linux (MPIch lub LAMMPI),
-Windows
+
** Windows.
  
 +
<!--
 +
=== ProtoMol w WCSS ===
 +
ProtoMol v. 2.1.1 zainstalowany jest na klastrze [[Nova]] w wersji równoległej z wykorzystaniem bibliotek MVAPICH 1.0.1.
  
opis wg.
+
Program dostępny jest w lokalizacji:
 +
nova> /usr/local/protomol/bin/protomol
 +
-->
 +
 
 +
=== Dokumentacja ===
 +
# Opis wg [http://protomol.sourceforge.net/ strony domowej ProtoMol].
 +
# [http://protomol.sourceforge.net/documentation.html Dokumentacja pakietu on-line].
 +
 
 +
 
 +
[[Kategoria:Oprogramowanie obecnie niewspierane]]

Aktualna wersja na dzień 15:08, 2 wrz 2011

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < ProtoMol

ProtoMol - zorientowany obiektowo framework do przeprowadzania symulacji dynamiki molekularnej. Wspiera pola siłowe CHARMM 19 i 28a2, potrafi przetwarzać pliki z rozszerzeniami PDB, PSF, XYZ oraz pliki trajektorii DCD. Korzysta z szybkich algorytmów oceny oddziaływań elektrostatycznych takich jak: algorytm Ewald, PME (Particle Mesh Ewald) i MultiGrid. W obliczeniach można użyć dłuższych kroków czasowych (timesteps), ponieważ aplikacja stosuje metody takie jak: MOLLY, Langevin Molly oraz pochodne Monte Carlo (hybrydowa), Nose-Hoover i Langevin.

ProtoMol w wersji 2.0 jest zintegrowany z silnikiem wizualizacyjnym VMD, natomiast wersja 3.0 współdziała również z Open Source Jave Molecular Viewer.

Aplikacja jest rozpowszechniana na licencji GPL.

Nowości w v. 3.0

  • Interfejs OpenMM, biblioteki do MD wspierającej GPU NVIDIA oraz ATI. OpenMM wspiera pola siłowe AMBER
  • Wsparcie dla Pythona, CNMA.

Cechy główne

  • Zorientowane obiektowo wysokowydajne środowisko do symulacji dynamiki molekularnej;
  • Zaprojektowane dla wysokiej elastyczności, łatwej skalowalności i administracji;
  • Posiada wbudowane mechanizmy zrównoleglania (incremental parallelism) wspierające sekwencyjne i równoległe środowiska;
  • Szybkie algorytmy do obliczeń elektrostatycznych:
    • Enwald summation, o złożoności obliczeniowej O(N3/2),
    • Particle Mesh Ewald, o złożoności obliczeniowej O(N log N),
    • Multi-grid method, o złożoności obliczeniowej O(N);
  • Wsparcie dla popularnych formatów wejścia i wyjścia;
  • Liczebność atomów w systemie może dochodzić do 106;
  • Wparcie dla platform:
    • Sun/Solaris,
    • AIX (MPI),
    • HP-UX (MPI),
    • IRIX (MPI),
    • Linux (MPIch lub LAMMPI),
    • Windows.


Dokumentacja

  1. Opis wg strony domowej ProtoMol.
  2. Dokumentacja pakietu on-line.