OpenBabel

Z KdmWiki
Skocz do: nawigacji, wyszukiwania

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < OpenBabel

OpenBabel - zbiór aplikacji do modelowania molekularnego. W skład pakietu wchodzą narzędzia:

  1. babel
  2. obchiral
  3. obconformer
  4. obenergy
  5. obfit
  6. obgen
  7. obgrep
  8. obminimize
  9. obprobe
  10. obrotamer
  11. obrotate

Babel - konwerter plików, lista formatów

Obchiral - wyświetla informacje na temat chiralności cząsteczki

  obchiral filename 

Obconformer -generuje niskoenergetyczne konformery

  obconformer <# of test conformers> <# of optimization steps> filename 

Obenergy- oblicza energię cząsteczki

  obenergy [-h] [-ff forcefield] [-v] [filename] 

Obfit - nakłada cząsteczki na sibie wg. wzoru SMARTS

  obfit SMARTS-pattern fixed-file outfile

Obgen - wylicza wspołrzędne kartezjańskie cząsteczki, a następnie liczy jej energię stosując zadane pole siłowe oraz wybiera optymalny konformer (o najniższej energii) wg. metody Monte Carlo.

  obgen filename 

Obgrep - narzędzie do przeszukiwania wieloczasteczkowych plików (SMILES,SDF) lub baz danych

  obgrep [OPTIONS] SMARTS-pattern filename 

Obminimize - minimalizuję energię, optymalizuję geomtrię molekuły

  obminimize [OPTIONS] filename 

Obprobe - generuje siatkę powinowactwa atomu o zadanym typie i ładunku względem molekuły, w ten sposób, że liczy energię odziaływań elektrostatycznych miedzy atomem (typ, ładunek), a czasteczką. Korzysta z pola siłowego MMFF94.

  obprobe [OPTIONS] atom type partial charge filename

Obprop - wyświetla podstawowe informacje o czasteczce (masa, ładunek, liczba wiązań itd.)

przykładowy output

  name [Name]
  formula [Formula]
  mol_weight [Molecular Weight]
  exact_mass [Isotopic Mass]
  canonical_SMILES [String]
  num_atoms [Number]
  num_bonds [Number]
  num_residues [Number]
  sequence [Residue Sequence]
  num_rings [Number of Rings (by SSSR)]
  logP [Number (octanol-water partition)]
  PSA [Number (topological polar surface area)]
  MR [Number (molar refractivity)]

Obrotamer - generuje współrzędne konformerów/rotamerów

  obrotamer filename

Obrotate - podobnie jak obrotamer, z tą różnicą, że można zafixować cześć kątów dwusciennych. W ten sposób można generować rotamery/konformery fragmentów molekuły.

  obrotate SMARTS-pattern filename atom1 atom2 atom3 atom4 angle

Dokumentacja

  1. Opis wg podręcznika OpenBabel.