Bem: Różnice pomiędzy wersjami

Z KdmWiki
Skocz do: nawigacji, wyszukiwania
m
(Oprogramowanie)
 
(Nie pokazano 19 wersji utworzonych przez 6 użytkowników)
Linia 1: Linia 1:
 
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Maszyny obliczeniowe]] < Bem</small>
 
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Maszyny obliczeniowe]] < Bem</small>
{{note|Klaster jest w trakcie przygotowania do udostępnienia użytkownikom WCSS}}
+
<!--{{note|Przerwa serwisowa klastra: 17 sierpnia - 21 sierpnia 2015}}-->
 
{{serwer
 
{{serwer
 
|nazwa=Bem
 
|nazwa=Bem
Linia 6: Linia 6:
 
|admini=kdm@wcss.pl
 
|admini=kdm@wcss.pl
 
}}
 
}}
'''Bem''' - klaster zainstalowany w [[WCSS]] w marcu 2015 r. Architektura wszystkich komputerów to x86_64 z procesorami Intel Xeon E5-2670v3 (mikroarchitektura Haswell).
+
'''Bem''' - klaster zainstalowany w [[WCSS]] w marcu 2015 r. Architektura wszystkich komputerów to x86_64 z procesorami Intel Xeon (mikroarchitektura Haswell).
  
 
=== Parametry klastra ===
 
=== Parametry klastra ===
  
* węzeł dostępowy: '''bem.wcss.pl''',
+
* węzeł dostępowy dla użytkowników lokalnych KDM WCSS: '''bem.wcss.pl''',
* 720 węzłów obliczeniowych (po 2 procesory 12 rdzeniowe),  
+
* węzeł dostępowy dla użytkowników PL-Grid: '''ui.wcss.pl''',
* 17 280 rdzeni obliczeniowych,
+
* 688 węzłów obliczeniowych 24-rdzeniowych z 64 GB pamięci oper. (Intel Xeon E5-2670 v3 2.3 GHz, Haswell),
* 47 TB pamięci RAM (64 GB/węzeł, 32 węzły po 128GB/węzeł),
+
* 32 węzły obliczeniowe 24-rdzeniowe ze 128 GB pamięci oper. (Intel Xeon E5-2670 v3 2.3 GHz, Haswell),
* przestrzeń na katalogi domowe użytkowników: 11 TB NFS /home,  
+
* 182 węzły obliczeniowe 28-rdzeniowe ze 128 GB pamięci oper. (Intel Xeon E5-2697 v3 2.6 GHz, Haswell),
 +
* 10 węzłów obliczeniowych 28-rdzeniowych z 512 GB pamięci oper. (Intel Xeon E5-2697 v3 2.6 GHz, Haswell),
 +
* 22 656 rdzeni obliczeniowych,
 +
* 74,6 TB pamięci RAM,
 +
* przestrzeń na katalogi domowe użytkowników: 50 TB NFS,
 
* przestrzeń tymczasowa: 1,1 PB Lustre,
 
* przestrzeń tymczasowa: 1,1 PB Lustre,
* sieć obliczeniowa: Infiniband FDR, przepływność 56 Gbps (współczynnik blokowania 3:1),
+
* sieć obliczeniowa: Infiniband FDR, przepływność 56 Gbps (topologia fat-tree, współczynnik blokowania 3:1),
* sieć zarządzania: gigabit Ethernet 1G/10G.
+
* sieć zarządzania: Ethernet 1G/10G,
* system operacyjny: ScientificLinux 6.6,
+
* system operacyjny: Linux CentOS 6,
* moc obliczeniowa: 640 TFLOPS.
+
* moc obliczeniowa: 860 TFLOPS.
 +
 
 +
Pamięć operacyjna dostępna dla zadań obliczeniowych jest mniejsza niż pamięć zainstalowana fizycznie i wynosi:
 +
* dla węzłów z zainstalowanymi 64 GB pamięci fiz. - 60000 MB,
 +
* dla węzłów z zainstalowanymi 128 GB pamięci fiz. - 125000 MB,
 +
* dla węzłów z zainstalowanymi 512 GB pamięci fiz. - 500000 MB.
  
 
=== Oprogramowanie ===
 
=== Oprogramowanie ===
 
;Aplikacje
 
;Aplikacje
[[Abaqus]], [[ADF]], [[ANSYS CFX]], [[ANSYS Fluent]], [[CRYSTAL09]], [[Dalton]], [[Gaussian]], [[Gromacs]], [[Mathematica]], [[Matlab]], [[Molpro]], [[NWChem]], [[R]], [[Siesta]], [[TURBOMOLE]], aplikacje własne użytkowników.
+
[[Abaqus]], [[ABINIT]], [[ADF]], [[Amber]], [[ANSYS CFX]], [[ANSYS Fluent]], [[Cfour]], [[Comsol]], [[CP2K]], [[CPMD]], [[CRYSTAL09]], [[Dalton]], [[DIRAC]], [[FDS-SMV]], [[GAMESS]], [[Gaussian]], [[Gromacs]], [[LAMMPS]], [[Lumerical]] [&nbsp;[[Lumerical FDTD|FDTD]], [[Lumerical MODE|MODE]]&nbsp;], [[Mathematica]], [[Matlab]], [[Molcas]], [[Molpro]], [[NWChem]], [[Orca]], [[R]], [[Siesta]], [[TensorFlow]], [[TURBOMOLE]] i [[Oprogramowanie_naukowe|inne]] oraz aplikacje własne użytkowników.
  
 
;Kompilatory
 
;Kompilatory
[[GNU GCC]], [[Intel]], [[PGI]].
+
[[GNU GCC]], [[Intel]], [[PGI]] i [[Oprogramowanie_systemowe_i_narzędziowe|inne]].
  
 
;Biblioteki i narzędzia
 
;Biblioteki i narzędzia
Linia 32: Linia 41:
 
* HDF, HDF5,
 
* HDF, HDF5,
 
* NetCDF,
 
* NetCDF,
* Python + SciPy + NumPy.
+
* Python + SciPy + NumPy,
 +
* [[Oprogramowanie_systemowe_i_narzędziowe|pozostałe]].
  
 
;System kolejkowania  
 
;System kolejkowania  
 
[[PBSPro]].
 
[[PBSPro]].
 +
 +
===Zalecenia===
 +
 +
Na dysku /home wprowadzone są kwoty dyskowe: domyślny limit wynosi 50 GB. Sprawdzenie stanu:
 +
quota -s -f /home
 +
 +
Podręcznik systemowy dla polecenia quota:
 +
man quota
  
 
===Zobacz też===
 
===Zobacz też===

Aktualna wersja na dzień 14:20, 28 maj 2019

< Podręcznik użytkownika KDM < Maszyny obliczeniowe < Bem

Bem
noframe
Kontakt
kdm@wcss.pl

Bem - klaster zainstalowany w WCSS w marcu 2015 r. Architektura wszystkich komputerów to x86_64 z procesorami Intel Xeon (mikroarchitektura Haswell).

Parametry klastra

  • węzeł dostępowy dla użytkowników lokalnych KDM WCSS: bem.wcss.pl,
  • węzeł dostępowy dla użytkowników PL-Grid: ui.wcss.pl,
  • 688 węzłów obliczeniowych 24-rdzeniowych z 64 GB pamięci oper. (Intel Xeon E5-2670 v3 2.3 GHz, Haswell),
  • 32 węzły obliczeniowe 24-rdzeniowe ze 128 GB pamięci oper. (Intel Xeon E5-2670 v3 2.3 GHz, Haswell),
  • 182 węzły obliczeniowe 28-rdzeniowe ze 128 GB pamięci oper. (Intel Xeon E5-2697 v3 2.6 GHz, Haswell),
  • 10 węzłów obliczeniowych 28-rdzeniowych z 512 GB pamięci oper. (Intel Xeon E5-2697 v3 2.6 GHz, Haswell),
  • 22 656 rdzeni obliczeniowych,
  • 74,6 TB pamięci RAM,
  • przestrzeń na katalogi domowe użytkowników: 50 TB NFS,
  • przestrzeń tymczasowa: 1,1 PB Lustre,
  • sieć obliczeniowa: Infiniband FDR, przepływność 56 Gbps (topologia fat-tree, współczynnik blokowania 3:1),
  • sieć zarządzania: Ethernet 1G/10G,
  • system operacyjny: Linux CentOS 6,
  • moc obliczeniowa: 860 TFLOPS.

Pamięć operacyjna dostępna dla zadań obliczeniowych jest mniejsza niż pamięć zainstalowana fizycznie i wynosi:

  • dla węzłów z zainstalowanymi 64 GB pamięci fiz. - 60000 MB,
  • dla węzłów z zainstalowanymi 128 GB pamięci fiz. - 125000 MB,
  • dla węzłów z zainstalowanymi 512 GB pamięci fiz. - 500000 MB.

Oprogramowanie

Aplikacje

Abaqus, ABINIT, ADF, Amber, ANSYS CFX, ANSYS Fluent, Cfour, Comsol, CP2K, CPMD, CRYSTAL09, Dalton, DIRAC, FDS-SMV, GAMESS, Gaussian, Gromacs, LAMMPS, LumericalFDTD, MODE ], Mathematica, Matlab, Molcas, Molpro, NWChem, Orca, R, Siesta, TensorFlow, TURBOMOLE i inne oraz aplikacje własne użytkowników.

Kompilatory

GNU GCC, Intel, PGI i inne.

Biblioteki i narzędzia
  • OpenMPI,
  • HDF, HDF5,
  • NetCDF,
  • Python + SciPy + NumPy,
  • pozostałe.
System kolejkowania

PBSPro.

Zalecenia

Na dysku /home wprowadzone są kwoty dyskowe: domyślny limit wynosi 50 GB. Sprawdzenie stanu:

quota -s -f /home

Podręcznik systemowy dla polecenia quota:

man quota

Zobacz też