Molpro

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe

Zasoby Leo Nova

MOLPRO jest całościowym pakietem do obliczeń w dziedzinie chemii kwantowej, oferującym zaawansowane jak i podstawowe metody ab initio, ze szczególnym uwzględnieniem metod korelacyjnych. Twórcami pakietu są H.J. Werner, P.J. Knowles i wielu innych, którzy przyczynili się do jego rozwoju.

Spis treści 1 Informacje ogólne 2 MOLPRO w WCSS 2.1 Molpro 2006.1 2.2 Molpro 2009.1 2.3 Molpro 2010.1 3 Dokumentacja

Informacje ogólne

Główne cechy MOLPRO:

• pełny zakres metod ab initio
• moduły direct i local dla obliczeń w trybie Direct SCF oraz Localized Moeller-Plesset
• obliczenia przeprowadzane z utrzymaniem maksymalnej możliwej precyzji
• możliwość generowania danych wsadowych dla Gaussiana, Moldena, formaty XYZ, i inne
• przyjazna i bardzo elastyczna składnia danych wejściowych (proste słownictwo, wyrażenia, zmienne, pętle, warunki, procedury, itp.)

Pakiet napisany jest głównie w języku Fortran90. Licencjonowaniem MOLPRO zajmuje się University College Cardiff Consultants Limited.

MOLPRO w WCSS

Molpro 2006.1

• systemy obliczeniowe Leo, Nova

Uruchamianie aplikacji

Do bezpośredniego uruchamiania programu służy polecenie (lokalizacja: /usr/local/bin):

molpro [opcje] plik.inp

Wyniki zapisywane są do pliku plik.out. Można także wyznaczyć bezpośrednio plik wyjściowy podając jego nazwę w opcji -o. Jeżeli nie zostanie podany plik wejściowy, MOLPRO czyta dane ze standardowego wejścia a rezultaty generuje na standardowe wyjście.

Opcje programu mogą być podane (z malejącym priorytetem) bezpośrednio z linii komend, ustawione w zmiennej środowiskowej MOLPRO lub w plikach ./molpro.rc/<code> i <code>$HOME/.molprorc. Opcje nie ustawiane podczas wywołania programu przyjmują wartości pobrane ze źródła o aktualnie najwyższym priorytecie.

Przykładowe pliki danych i referencyjne wyniki znajdują się na Leo w katalogu /usr/local/lib/molpro-mpp-Linux-ia64-i8-2006.1/testjobs/.

Wstawianie zadań do kolejki

Wstawianie zadań do poszczególnych kolejek systemu PBS odbywa się przez wywołanie skryptu (lokalizacja: /usr/local/bin):

sub-molpro-2006 plik.inp [kolejka] [ilosc-procesorow]

Możliwe są obliczenia równoległe (na Nova na maksymalnie 8 procesorach). Domyślna wielkość przydzielonej pamięci to 200MW.

Zalecamy uruchamianie dużych zadań na komputerze Leo przy użyciu co najmniej 4 procesorów i 1600MB (200MW) pamięci per procesor (dyrektywa: memory,200,m). Wersja dostępna na Leo umożliwia wykorzystanie do 4000 funkcji bazy.

Na klastrze Nova najlepiej jest używać 4 lub 8 procesorów węzła obliczeniowego i odpowiednio 7500 lub 15000 MB pamięci.

Molpro 2009.1

• systemy obliczeniowe Nova

Program można uruchomić bezpośrednio po zainicjowaniu aplikacji Modules i wgraniu odpowiedniego modułu. Dla domyślnej powłoki systemowej na Nova wygląda wystarczy użyć poleceń(spacja po kropce w pierwszym wierszu jest ważna):

. /usr/local/Modules/3.2.7/init/bash
module load molpro/2009.1

Następnie można wywoływać molpro 2009.1 w taki sam sposób jak molpro 2006.1:

molpro [opcje] plik.inp

Aby przywrócić poprzedni stan systemu z działającą wersją molpro 2006 należy usunąć moduł:

module unload molpro/2009.1

Zadania do kolejki wstawia się wywołując

sub-molpro plik.inp [liczba-wezlow] [liczba-cpu-per-wezel] [wielkosc-pamieci-w-MB] [kolejka] 

Domyślnie zadanie zostanie dodane do klejki normal z przydziałem 1 węzła, 4 CPU per węzeł i 1800MB pamięci dla każdego CPU.

Molpro 2010.1

• systemy obliczeniowe Supernova (12 CPU i 24 GB per węzeł)

Zostały zainstalowanie dwie wersje: mpp oraz mppx.

Molpro2010.1 w wersji mppx odpala n-samodzielnych (niezależnych) zadań, gdzie n = liczba zadeklarowanych procesorów. Wersja "mppx" jest znacznie szybsza od wersji "mpp" w zadaniach liczących gradienty i hessiany.

Zadania do kolejki wstawia się wywołując

sub-molpro_mppx plik.inp [liczba-wezlow] [liczba-cpu-per-wezel] [wielkosc-pamieci-w-MB-per-węzeł] [kolejka] 

Molpro2010.1 w wersji mpp odpala n-procesów, które liczą jedno zadanie, gdzie n = liczba zadeklarowanych procesorów. Zaimplementowane sa w niej wszystkie metody dostępne w Molpro2010.1.

Zadania do kolejki wstawia się wywołując

sub-molpro plik.inp [liczba-wezlow] [liczba-cpu-per-wezel] [wielkosc-pamieci-w-MB-per-węzeł] [kolejka] 

Domyślnie zadanie zostanie dodane do klejki normal z przydziałem 1 węzła, 4 CPU per węzeł i 1800MB pamięci dla każdego CPU.

Dokumentacja

Dokumentacja i przykładowe zadania dostępne są w katalogu /usr/local/doc/molpro/ po zalogowaniu się.

MOLPRO w sieci

• Strona główna MOLPRO

Zobacz też: Oprogramowanie KDM

Oprogramowanie naukowe	Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ Accelrys [ MS, DS ] ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS ⋅ ANSYS Fluent ⋅ ANSYS CFX ⋅ APBS ⋅ AutoDock ⋅ AutoDock Vina ⋅ Cfour ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL09 ⋅ Dalton ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ Hmmer ⋅ LAMMPS ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Meep ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ Orca ⋅ Pro/ENGINEER ⋅ R ⋅ SIESTA ⋅ Tripos Sybyl ⋅ TURBOMOLE ⋅ Xaim