DIRAC

Z KdmWiki
Skocz do: nawigacji, wyszukiwania

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < DIRAC

DIRAC
textDIRAC
Serwer Wersja
Bem 18.0
17.0
16.0
Kontakt
kdm@wcss.pl


DIRAC - oprogramowanie do obliczeń kwantowo-chemicznych.

Pełna nazwa to „Program for Atomic and Molecular Direct Iterative Relativistic All-electron Calculations”, w skrócie PAM DIRAC.

Oprogramowanie pozwala obliczać różne właściwości molekularne za pomocą teorii Hartree-Focka , MP2 , teorii funkcjonału gęstości , interakcji konfiguracji i sprzężonych teorii struktury elektronowej klastra. PAM DIRAC wykorzystuje równanie Diraca jako punkt wyjścia.

Licencja

Program jest dostępny w formie kodu źródłowego dla społeczności akademickiej.

Aby pobrać źródła i otrzymać licencję dla wersji 17.0/16.0 wymagana była rejestracja na stronie diracprogram.org.

Licencja przyznana dla WCSS:

  • No. of users: more than 20
  • Licence type: Site
  • Program use: Academic

Dla wersji 18.0 nie jest to wymagane.

Korzystanie w WCSS

DIRAC dostępny jest na klastrze Bem w katalogu /usr/local/dirac/ w wersjach:

  • 16.0 (wersja równoległa)
  • 17.0 (wersja szeregowa)
  • 18.0 (wersja równoległa)

Środowisko

Środowisko programu należy uruchomić wykonując polecenie:

> module load dirac/wybrana_wersja

Jak korzystać

Przykładowe polecenie w zadaniu interaktywnym:

> pam --noarch --inp=file.dirac.inp --mol=file.xyz

gdzie:

--inp=INP_FILE      Dirac input file containing the job directives [*.inp]
--mol=MOL_FILE      file containing the basis set and geometry
--noarch            do not create a tgz archive [default: create it]

Lista dostępnych opcji:

> pam-dirac --help

Przykładowy skrypt PBS

#!/bin/bash
#PBS -q main
#PBS -l walltime=1:00:00
#PBS -l select=4:ncpus=2:mem=2048MB
#PBS -l software=DIRAC_18
#PBS -m be
#PBS -N HF_HI

module load dirac/18.0-gcc7.4.0
export DIRAC_TMPDIR=$TMPDIR
cd $PBS_O_WORKDIR
mpirun -np 4 pam --inp=HF.inp --mol=HI_sorep.mol >& $PBS_JOBNAME.$PBS_JOBID.txt

Po wykonaniu polecenia qsub ./skrypt.sh wyniki będą w katalogu, z którego zostało wysłane zadanie, w tym konkretnym przypadku pod nazwami:

  • HF_HI_sorep.out
  • HF_HI_sorep.tgz
  • HF_HI...achilles.txt

Zobacz też: jak korzystać z kolejek PBS.

Link do tutorialu znajdziesz w sekcji dokumentacja.

Dokumentacja

Linki zewnętrzne:

Tutorial dla początkujących

Forum użytkowników PAM DIRAC

Więcej informacji



Na górę strony