MOLCAS

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe

Zasoby Leo Nova

Molcas - oprogramowanie kwantowo-chemiczne.

Licencja

WCSS posiada licencję na pakiet w wersji 6 i 7.

Korzystanie w WCSS

Na klastrze Nova dostępna jest wersja 7.4 (sekwenycjna) oraz, na serwerze Leo wersja 6.4 oraz 7.0 (równoległe).

Na klastrze SuperNova uruchomiona została zrównoleglona wersja MOLCAS-a 7.6 (patch 0.74).

Uruchamianie na Leo

Wstawianie zadań do kolejki odbywa się przez wywołanie skryptu sub-molcas (dla wersji 6: sub-molcas64):

$ sub-molcas plik_danych.inp [kolejka] [liczba procesorów]

Jeśli zachodzi potrzeba zwiększenia przydzielonej pamięci (domyślnie 256MB), to wcześniej należy ustawić zmienną MOLCASMEM na wymaganą liczbę megabajtów, np. dla powłoki bash:

$ export MOLCASMEM=2000
$ sub-molcas dane1.inp

Uruchamianie na Nova

Wstawianie zadań do kolejki odbywa się przez wywołanie skryptu sub-molcas

$ sub-molcas plik_danych.inp [kolejka] [pamięć w MB]

Uruchamianie na SuperNova

Zadanie wstawiamy skryptem sub-MOLCAS76.

$ sub-MOLCAS76 plik.inp liczba_rdzeni liczba_wezlow pamiec_w_MB_per_rdzen kolejka
   plik.inp - plik z danymi wejsciowymi, wyniki w plik.log

Uwagi.

Zmienna MOLCASMEM przydzielana jest w te sposób,że stanowi ok.83% zadeklarowanej wartości w systemie PBS. Czyli jeśli podamy 1800mb per węzeł, MOLCASMEM przyjmie wartość 1500mb. Skrypt automatycznie sumuje ilość pamięci na węźle i modfikuje MOLCASMEM.

Dokumentacja

Molcas w sieci

• http://www.teokem.lu.se/molcas/

Zobacz też: Oprogramowanie KDM