< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe
| ABINIT | |
|---|---|
| Serwer | Wersja |
| Supernova | 6.10.3 6.8.1 6.6.3 6.4.3-seq |
ABINIT - pakiet, który pozwala na wyznaczenie całkowitej energii, gęstości ładunku i struktury elektronowej układów złożonych z elektronów i nukleonów, w oparciu o teorię funkcjonału gęstości (ang. Density Functional Theory, DFT) przy użyciu pseudopotencjałów i funkcji fali płaskiej. ABINIT zawiera również opcje do optymalizacji geometrii według sił i naprężeń DFT, przeprowadzania dynamicznych symulacji molekularnych przy użyciu tych sił lub do generowania dynamicznych macierzy, efektywnych ładunków Borna oraz tensorów dielektrycznych. Stan wzbudzony można oszacować z zależnej od czasu teorii funkcjonału gęstości (dla molekuł) lub z teorii perturbacji wielu ciał (przybliżenie GW). Dodatkowo, pakiet zawiera różne programy narzędziowe.
Spis treści |
Pakiet udostępniany jest na licencji GNU GPL. Autorzy sugerują umieszczenie w publikacji adnotacji o wykorzystaniu pakietu ABINIT do przeprowadzenia obliczeń. Proponowana treść takiej adnotacji jest dostępna w dokumentacji i na stronie pakietu: Acknowledgments.
ABINIT dostępny jest na klastrze Nova w katalogu /usr/local/abinit w wersji:
Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego.
Do wstawiania zadań równoległych do systemu kolejkowego służy polecenie:
> sub-abinit plik.files [kolejka] [liczba_rdzeni] [wielkosc pamieci per rdzeń w MB]
Gdzie:
plik.files - plik z danymi sterującymi dla programu;
kolejka - nazwa kolejki PBS, domyślnie parallel;
liczba_rdzeni - liczba rdzeni, na których ma być uruchomione zadanie, domyślnie 4;
wielkosc pamieci per rdzeń w MB - wielkość pamięci operacyjnej wymagana dla każdego z rdzeni, domyślnie 1800 MB.
Do wstawiania zadań sekwencyjnych (bez MPI) do systemu kolejkowego służy polecenie:
> sub-abinit-seq plik.files [kolejka] [wielkosc pamieci per rdzeń w MB]
Gdzie:
plik.files - plik z danymi sterującymi dla programu;
kolejka - nazwa kolejki PBS, domyślnie normal;
wielkosc pamieci per rdzeń w MB - wielkość pamięci operacyjnej wymagana przez program, domyślnie 1800 MB.
Do wstawiania zadań narzędzia optic służy polecenie:
> sub-optic plik.files [kolejka] [wielkosc pamieci per rdzeń w MB]
Gdzie:
plik.files - plik z danymi sterującymi dla programu;
kolejka - nazwa kolejki PBS, domyślnie normal;
wielkosc pamieci per rdzeń w MB - wielkość pamięci operacyjnej wymagana przez program, domyślnie 1800 MB.
Zobacz też: Jak korzystać z kolejek PBS?
Przed przystąpieniem do korzystania z aplikacji w trybie interaktywnym (konwersacyjnym) należy wstawić zadanie do kolejki interaktywnej, np.:
> qsub -I -q short6h -l select=1:ncpus=1:mem=1800MB
Następnie należy ustawić środowisko programu wykonując polecenie, odpowiednio do wersji, której chcemy użyć:
> module load abinit (dla wersji domyślnej - najnowszej) > module load abinit/6.10.3 > module load abinit/6.8.1 > module load abinit/6.6.3 > module load abinit/6.4.3
Po ustawieniu środowiska dla danej wersji można korzystać z polecenia do uruchamiania programu głównego (oraz szeregu narzędzi do pre i postprocessingu):
> abinit
| Oprogramowanie naukowe |
Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ Accelrys [ MS, DS ] ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS ⋅ ANSYS Fluent ⋅ ANSYS CFX ⋅ APBS ⋅ AutoDock ⋅ AutoDock Vina ⋅ Cfour ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL09 ⋅ Dalton ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ Hmmer ⋅ LAMMPS ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Meep ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ Orca ⋅ Pro/ENGINEER ⋅ R ⋅ SIESTA ⋅ Tripos Sybyl ⋅ TURBOMOLE ⋅ Xaim |
|---|