CASTEP: Różnice pomiędzy wersjami

Z KdmWiki
Skocz do: nawigacji, wyszukiwania
(Literatura)
Linia 1: Linia 1:
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < [[Accelrys]] < [[Materials Studio]]</small>
+
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < [[Accelrys]] < [[Materials Studio]] < CASTEP</small>
{{zasobytab|logo=|serwery=[[Leo]]}}
+
{{aplikacja|logo=[[Plik:Accelrys_logo.gif|133px]] |nazwa=CASTEP (Materials Studio)|serwer=[[Supernova]] (+ Gateway)|wersja=6.0 |serwer2=[[Leo]] |wersja21=4.4}}
'''CASTEP''' jest dostępny na [[Leo]] w ramach pakietu [[Materials Studio]] i licencji krajowej POLAND COUNTRYWIDE LICENSE.
+
'''CASTEP''' jest dostępny na [[Leo]] i [[Supernova]] w ramach pakietu [[Materials Studio]] i licencji krajowej.
  
Przykladowe uruchomienie zadania wsadowego w programie CASTEP. Skrypt zostal wygenerowany automatycznie przy użyciu klienta windows. Pliki z danymi zostały umieszczone w katalogu /scratch/$USER/zadanie1 .  
+
;Przykładowe uruchomienie zadania wsadowego w programie CASTEP na Leo.  
 +
 
 +
* Skrypt może zostać wygenerowany automatycznie przy użyciu klienta (v.4.4) pod Windows.
 +
* Pliki z danymi zostały umieszczone w katalogu <code>/scratch/$USER/zadanie1</code>.  
 
<pre>
 
<pre>
 
#!/bin/sh -f
 
#!/bin/sh -f
  
  if [ -f /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio4.0/share/license/data/lic_setup.sh ]; then
+
  if [ -f /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio44/share/bin/ms_setup.sh ]; then
  eval `/usr/local/Accelrys/MaterialsStudio4.0/share/license/data/lic_setup.sh \
+
   eval `/usr/local/Accelrys/MaterialsStudio44/share/bin/ms_setup.sh \
        /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio4.0/ -s sh`
+
         /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio44/ -s sh`
fi
+
if [ -f /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio4.0/share/bin/ms_setup.sh ]; then
+
   eval `/usr/local/Accelrys/MaterialsStudio4.0/share/bin/ms_setup.sh \
+
         /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio4.0/ -s sh`
+
 
  fi
 
  fi
  
Linia 22: Linia 21:
 
cd $JOB_SCRATCH
 
cd $JOB_SCRATCH
 
mkdir -p $TMPDIR
 
mkdir -p $TMPDIR
/usr/local/Accelrys/MaterialsStudio4.0/CASTEP/bin/castepexe.exe zadanie1 2> std_err.txt
+
 
 +
/usr/local/Accelrys/MaterialsStudio44/etc/CASTEP/bin/RunCASTEP.sh zadanie1 2> std_err.txt
 
</pre>
 
</pre>
Skrypt nalezy zapisac w pliku (np. skrypt.sh) i wstawić do kolejki poleceniem
+
 
 +
Skrypt należy zapisać w pliku (np. skrypt.sh) i wstawić do kolejki poleceniem:
 
<pre>qsub -V -N ''nazwa_zadania'' -q ''nazwa_kolejki'' skrypt.sh</pre>
 
<pre>qsub -V -N ''nazwa_zadania'' -q ''nazwa_kolejki'' skrypt.sh</pre>
Pliki wejsciowe, czyli ''zadanie1.cell'' oraz ''zadanie1.param'' nalezy umiescic w katalogu /scratch/$USER/zadanie1
+
Pliki wejściowe, czyli <code>zadanie1.cell</code> oraz <code>zadanie1.param</code> należy umieścić w katalogu <code>/scratch/$USER/zadanie1</code>.
Zadania z pakietu Accelrys nalezy wstawiac na [[Leo]] do kolejki accelrys
+
 
 +
Zadania z pakietu Accelrys należy wstawiać na [[Leo]] do kolejki <code>accelrys</code>.
  
 
== Literatura ==
 
== Literatura ==
*[http://www.atypon-link.com/OLD/doi/abs/10.1524/zkri.220.5.567.65075 First principles methods using CASTEP]
+
*[http://www.oldenbourg-link.com/doi/abs/10.1524/zkri.220.5.567.65075 First principles methods using CASTEP]
  
  
 
{{accelrys}}
 
{{accelrys}}
 
+
{{oprogramowanie}}
 
[[Kategoria:Oprogramowanie]]
 
[[Kategoria:Oprogramowanie]]

Wersja z 10:52, 19 lip 2012

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie naukowe < Accelrys < Materials Studio < CASTEP

CASTEP (Materials Studio)
Accelrys logo.gif
Serwer Wersja
Supernova (+ Gateway) 6.0
Leo 4.4
Kontakt
kdm@wcss.pl

CASTEP jest dostępny na Leo i Supernova w ramach pakietu Materials Studio i licencji krajowej.

Przykładowe uruchomienie zadania wsadowego w programie CASTEP na Leo.
  • Skrypt może zostać wygenerowany automatycznie przy użyciu klienta (v.4.4) pod Windows.
  • Pliki z danymi zostały umieszczone w katalogu /scratch/$USER/zadanie1.
#!/bin/sh -f

 if [ -f /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio44/share/bin/ms_setup.sh ]; then
   eval `/usr/local/Accelrys/MaterialsStudio44/share/bin/ms_setup.sh \
         /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio44/ -s sh`
 fi

JOB_SCRATCH=/scratch/$USER/zadanie1
PBS_TMPDIR="$TMPDIR"
TMPDIR="$JOB_SCRATCH/tmp"
export PBS_TMPDIR TMPDIR 
cd $JOB_SCRATCH
mkdir -p $TMPDIR

/usr/local/Accelrys/MaterialsStudio44/etc/CASTEP/bin/RunCASTEP.sh zadanie1 2> std_err.txt

Skrypt należy zapisać w pliku (np. skrypt.sh) i wstawić do kolejki poleceniem:

qsub -V -N ''nazwa_zadania'' -q ''nazwa_kolejki'' skrypt.sh

Pliki wejściowe, czyli zadanie1.cell oraz zadanie1.param należy umieścić w katalogu /scratch/$USER/zadanie1.

Zadania z pakietu Accelrys należy wstawiać na Leo do kolejki accelrys.

Literatura