CASTEP: Różnice pomiędzy wersjami

Z KdmWiki
Skocz do: nawigacji, wyszukiwania
m (Literatura: linkfix)
m
Linia 28: Linia 28:
 
Skrypt należy zapisać w pliku (np. skrypt.sh) i wstawić do kolejki poleceniem:
 
Skrypt należy zapisać w pliku (np. skrypt.sh) i wstawić do kolejki poleceniem:
 
<pre>qsub -V -N ''nazwa_zadania'' -q ''nazwa_kolejki'' skrypt.sh</pre>
 
<pre>qsub -V -N ''nazwa_zadania'' -q ''nazwa_kolejki'' skrypt.sh</pre>
Pliki wejściowe, czyli <code>zadanie1.cell</code> oraz <code>zadanie1.param</code> należy umieścić w katalogu <code>/scratch/$USER/zadanie1</code>.
+
Pliki wejściowe, czyli <code>zadanie1.cell</code> oraz <code>zadanie1.param</code> należy umieścić w katalogu <code>/lustre/scratch/$USER/zadanie1</code>.
  
  

Wersja z 09:29, 14 sty 2014

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie naukowe < Accelrys < Materials Studio < CASTEP

CASTEP (Materials Studio)
Accelrys logo.gif
Serwer Wersja
Supernova (+ Gateway) 6.0
Kontakt
kdm@wcss.pl

CASTEP jest dostępny na klastrze Supernova w ramach licencji krajowej na pakiet Materials Studio.

Uruchamiane aplikacji

Przykładowe uruchomienie zadania wsadowego w programie CASTEP
  • Skrypt może zostać wygenerowany automatycznie przy użyciu klienta (np. v.4.4) pod Windows.
  • Pliki z danymi zostały umieszczone w katalogu /lustre/scratch/$USER/zadanie1.
#!/bin/sh -f

 if [ -f /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio44/share/bin/ms_setup.sh ]; then
   eval `/usr/local/Accelrys/MaterialsStudio44/share/bin/ms_setup.sh \
         /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio44/ -s sh`
 fi

JOB_SCRATCH=/lustre/scratch/$USER/zadanie1
PBS_TMPDIR="$TMPDIR"
TMPDIR="$JOB_SCRATCH/tmp"
export PBS_TMPDIR TMPDIR 
cd $JOB_SCRATCH
mkdir -p $TMPDIR

/usr/local/Accelrys/MaterialsStudio44/etc/CASTEP/bin/RunCASTEP.sh zadanie1 2> std_err.txt

Skrypt należy zapisać w pliku (np. skrypt.sh) i wstawić do kolejki poleceniem:

qsub -V -N ''nazwa_zadania'' -q ''nazwa_kolejki'' skrypt.sh

Pliki wejściowe, czyli zadanie1.cell oraz zadanie1.param należy umieścić w katalogu /lustre/scratch/$USER/zadanie1.


Literatura