ADF: Różnice pomiędzy wersjami
Linia 12: | Linia 12: | ||
{{Podziękowanie_WCSS}} | {{Podziękowanie_WCSS}} | ||
− | == | + | == Korzystanie w WCSS == |
ADF zainstalowany jest na klastrze [[Supernova]] oraz na [[Leo]]. Wszystkie dostępne wersje zainstalowane są w drzewie <code>/usr/local/</code>. | ADF zainstalowany jest na klastrze [[Supernova]] oraz na [[Leo]]. Wszystkie dostępne wersje zainstalowane są w drzewie <code>/usr/local/</code>. | ||
Wersja z 12:20, 19 lip 2012
< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < ADF
ADF | |
---|---|
Serwer | Wersja |
Supernova | 2012.01 |
Leo | 2010.01 2009.01b 2008.01 |
Kontakt | |
kdm@wcss.pl |
Amsterdam Density Functional (ADF) jest oprogramowaniem służącym do obliczeń metodami wywodzącymi się z teorii funkcjonału gęstości (ang. Density Function Theory, DFT). ADF rozwijany jest przez firmę SCM (Scientific Computing & Modelling).
Licencja
Licencja WCSS (typu Academic computing center) obejmuje pakiet ADF i NBO (ang. Natural Bond Orbital).
Informacja o wykorzystaniu
Użytkownicy ADF mają obowiązek zamieszczania w publikacjach cytowania zgodnie z wymaganiami SCM:
Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):
"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "
"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."
Korzystanie w WCSS
ADF zainstalowany jest na klastrze Supernova oraz na Leo. Wszystkie dostępne wersje zainstalowane są w drzewie /usr/local/
.
Uruchamianie GUI ADF-a
! | Uruchamianie zadań obliczeniowych bezpośrednio z GUI jest zabronione. |
GUI (adfinput, adfview i in.) należy używać wyłącznie do tworzenia danych i analizy wyników. Obliczenia należy uruchamiać wyłącznie w kolejce.
- Na Leo:
> source /usr/local/adf/env.sh > /usr/local/adf/bin/adfview
- Na Supernova:
> module load adf > adfview
Uruchamianie zadań w kolejce na Leo
- na Leo obliczenia należy startować z dysku /scratch a nie /home,
- konfiguracja buforów dyskowych na Leo - http://www.scm.com/News/iobufmore.html
- możliwe są obliczenia równoległe,
- aby rozpocząć obliczenia należy wygenerować używając GUI ADF-a (adfinput, adfview, ...) plik danych i skrypt, np.
woda.adf
iwoda.run
, - następnie należy samodzielnie stworzyć drugi skrypt, np. o nazwie
woda.sh
, poniżej przykład dla obliczeń równoległych na 4 procesorach:
#!/bin/bash source /usr/local/adf/env.sh export SCM_RESULTDIR=/scratch/$USER/katalog-zadania cd /scratch/$USER/katalog-zadania export NSCM=4 ./woda.run >&woda.wyniki
- nadać prawa wykonywania dla skryptów:
> chmod +x woda.sh woda.run
- wstawić zadanie do kolejki PBS, pamiętając o zadeklarowaniu takiej samej liczby procesorów jak w skrypcie
woda.sh
:
> qsub -N ADF_WODA -q parallel -l mem=8000MB,ncpus=4 ./woda.sh
Uruchamianie zadań w kolejce na Supernova
- na Supernova obliczenia należy startować wyłącznie z dysku /home,
- liczba licencji: 64 procesory,
- limit licencji per użytkownik: 8 procesorów (limit dotyczy uruchomionych zadań, w przypadku wyczerpania limitu zadania będą czekać w kolejce, limit może być zmieniany przez administratorów w zależności od sytuacji w systemie kolejkowym),
- możliwe są obliczenia równoległe,
- aby rozpocząć obliczenia używając wcześniej przygotowanych plików danych, np.
woda.adf
iwoda.run
, należy wstawić zadanie do kolejki poleceniem sub-adf, przykładowo na 4 procesory i 500MB pamięci per procesor w kolejce short6h:
> sub-adf woda.run short6h 4 500
- ogólną składnię wywołania skryptu sub-adf można poznać uruchamiająć skrypt bez żadnych argumentów:
> sub-adf Sposob uzycia: sub-adf skrypt.run kolejka liczba_procesorow pamiec_w_MB_per_procesor
Uwagi
- pliki *.run, wygenerowane w ADF 2006, mogą nie działać poprawnie w nowszych wersjach pakietu. Dlatego należy wczytać odpowiadające im pliki *.adf do nowego adfinput i ponownie zapisać na dysk;
- jeśli podczas tworzenia pliku .run na Leo podano katalog wyników, to skrypt wstawiany do kolejki należy uzupełnić o wskazanie tego katalogu:
export SCM_RESULTDIR=/scratch/$USER/katalog-zadania
Dokumentacja
ADF w sieci
Materiały dydaktyczne
W latach 2006 i 2008 w tajniki ADF wprowadzał nas prof. Artur Michalak z UJ:
Zobacz też
- Oprogramowanie KDM
- system kolejkowania zadań PBS
Oprogramowanie naukowe |
Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD: Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k |
---|