NAMD

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < NAMD

NAMD
Serwer	Wersja
Supernova	2.8 2.7b1
Kontakt
kdm@wcss.pl

NAMD

NAMD (NAnoscale Molecular Dynamics) - kod przeprowadzający wysoko-jakościową symulacje dużych, biologicznych systemów. Bazuje on na równolegle zorientowanym języku programowania Charm++. Program NAMD jest kompatybilny z programem VMD, w którym możemy zwizualizować oraz przeanalizować trajektorie symulowanego systemu.

Korzystanie w WCSS

NAMD w wersji 2.7b1 z 23 marca 2009 zainstalowany jest na klastrze Nova, w wersji równoległej, wykorzystującej do 8-miu CPU w obrębie jednego węzła. Zlokalizowany jest w katalogu:

/usr/local/namd2

Licencja

Aby móc korzystać z NAMD należy zapoznać się z licencją, która znajduje się w katalogu domowym NAMD w pliku license.txt (/usr/local/namd2/license.txt).

• W publikacjach powstałych z wykorzystaniem tego programu należy zamieścić tekst:

NAMD was developed by the Theoretical and Computational Biophysics Group in
the Beckman Institute for Advanced Science and Technology at the University
of Illinois at Urbana-Champaign.

• oraz podać w bibliografii:

James C. Phillips, Rosemary Braun, Wei Wang, James Gumbart,
Emad Tajkhorshid, Elizabeth Villa, Christophe Chipot, Robert D. Skeel,
Laxmikant Kale, and Klaus Schulten. Scalable molecular dynamics with NAMD.
Journal of Computational Chemistry, 26:1781-1802, 2005.

Dokumentacja

• Strona domowa pakietu
• Podręcznik użytkownika