ABINIT: Różnice pomiędzy wersjami

Z KdmWiki
Skocz do: nawigacji, wyszukiwania
Linia 1: Linia 1:
 
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < ABINIT</small>
 
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < ABINIT</small>
{{aplikacja|nazwa=ABINIT|logo=[[Plik:Abinit logo.gif|200px]]|serwer=[[Supernova]]|wersja5=6.4.3-seq|wersja4=6.6.3|wersja3=6.8.1|wersja2=6.10.3|wersja=6.12.1 |kontakt=}}
+
{{aplikacja|nazwa=ABINIT|logo=[[Plik:Abinit logo.gif|200px]]|serwer=[[Supernova]]|wersja6=6.4.3-seq|wersja5=6.6.3|wersja4=6.8.1|wersja3=6.10.3|wersja2=7.0.4|wersja=7.2.1 |kontakt=}}
 
'''ABINIT''' - pakiet, który pozwala na wyznaczenie całkowitej energii, gęstości ładunku i struktury elektronowej układów złożonych z elektronów i nukleonów, w oparciu o teorię funkcjonału gęstości (ang. ''Density Functional Theory'', DFT) przy użyciu pseudopotencjałów i funkcji fali płaskiej. ABINIT zawiera również opcje do optymalizacji geometrii według sił i naprężeń DFT, przeprowadzania dynamicznych symulacji molekularnych przy użyciu tych sił lub do generowania dynamicznych macierzy, efektywnych ładunków Borna oraz tensorów dielektrycznych. Stan wzbudzony można oszacować z zależnej od czasu teorii funkcjonału gęstości (dla molekuł) lub z teorii perturbacji wielu ciał (przybliżenie GW). Dodatkowo, pakiet zawiera różne programy narzędziowe.  
 
'''ABINIT''' - pakiet, który pozwala na wyznaczenie całkowitej energii, gęstości ładunku i struktury elektronowej układów złożonych z elektronów i nukleonów, w oparciu o teorię funkcjonału gęstości (ang. ''Density Functional Theory'', DFT) przy użyciu pseudopotencjałów i funkcji fali płaskiej. ABINIT zawiera również opcje do optymalizacji geometrii według sił i naprężeń DFT, przeprowadzania dynamicznych symulacji molekularnych przy użyciu tych sił lub do generowania dynamicznych macierzy, efektywnych ładunków Borna oraz tensorów dielektrycznych. Stan wzbudzony można oszacować z zależnej od czasu teorii funkcjonału gęstości (dla molekuł) lub z teorii perturbacji wielu ciał (przybliżenie GW). Dodatkowo, pakiet zawiera różne programy narzędziowe.  
  
Linia 13: Linia 13:
 
== Korzystanie w WCSS ==
 
== Korzystanie w WCSS ==
 
ABINIT dostępny jest na klastrze [[Supernova]] w katalogu /usr/local/abinit w wersji:
 
ABINIT dostępny jest na klastrze [[Supernova]] w katalogu /usr/local/abinit w wersji:
* 6.12.1 (wersja równoległa)
+
* 7.2.1 (wersja równoległa)
* 6.10.3 (wersja równoległa)
+
* 7.0.4
* 6.8.1 (wersja równoległa)
+
 
* 6.6.3 (wersja równoległa)
+
Dostępne są też starsze wersje, jednak nie są wykorzystywane przez domyślne skrypty: 6.12.1, 6.10.3, 6.8.1, 6.6.3, 6.4.3-seq (wersja sekwencyjna).
* 6.4.3-seq (wersja sekwencyjna)
+
  
 
=== Wstawianie zadań do kolejki ===
 
=== Wstawianie zadań do kolejki ===
Linia 33: Linia 32:
 
* <code>wielkosc pamieci per rdzeń w MB</code> - wielkość pamięci operacyjnej wymagana dla każdego z rdzeni, domyślnie 1800 MB.  
 
* <code>wielkosc pamieci per rdzeń w MB</code> - wielkość pamięci operacyjnej wymagana dla każdego z rdzeni, domyślnie 1800 MB.  
  
Do wstawiania zadań sekwencyjnych (bez MPI) do systemu kolejkowego służy polecenie:
 
> '''sub-abinit-seq''' plik.files [kolejka] [wielkosc pamieci per rdzeń w MB]
 
 
Gdzie:
 
* Polecenie uruchamia najnowszą dostępną wersję sekwencyjną programu;
 
* Program uruchamiany jest domyślnie na 1 rdzeniu;
 
* Parametry w nawiasach <nowiki>[]</nowiki> są opcjonalne;
 
* <code>plik.files</code> - plik z danymi sterującymi dla programu;
 
* <code>kolejka</code> - nazwa kolejki PBS, domyślnie <code>normal</code>;
 
* <code>wielkosc pamieci per rdzeń w MB</code> - wielkość pamięci operacyjnej wymagana przez program, domyślnie 1800 MB.
 
  
 
Do wstawiania zadań narzędzia optic służy polecenie:
 
Do wstawiania zadań narzędzia optic służy polecenie:
Linia 48: Linia 37:
  
 
Gdzie:
 
Gdzie:
* Polecenie uruchamia wersję 6.6.3 narzędzia optic;
+
* Polecenie uruchamia narzędzie optic (z najnowszej wersji programu);
 
* Program uruchamiany jest na 1 rdzeniu;
 
* Program uruchamiany jest na 1 rdzeniu;
 
* Parametry w nawiasach <nowiki>[]</nowiki> są opcjonalne;
 
* Parametry w nawiasach <nowiki>[]</nowiki> są opcjonalne;
Linia 64: Linia 53:
 
Następnie należy ustawić środowisko programu wykonując polecenie, odpowiednio do wersji, której chcemy użyć:
 
Następnie należy ustawić środowisko programu wykonując polecenie, odpowiednio do wersji, której chcemy użyć:
 
  > module load abinit (dla wersji domyślnej - najnowszej)
 
  > module load abinit (dla wersji domyślnej - najnowszej)
 +
> module load abinit/7.2.1
 +
> module load abinit/7.0.4
 
  > module load abinit/6.12.1
 
  > module load abinit/6.12.1
 
  > module load abinit/6.10.3
 
  > module load abinit/6.10.3

Wersja z 12:59, 23 kwi 2013

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < ABINIT

ABINIT
Abinit logo.gif
Serwer Wersja
Supernova 7.2.1
7.0.4
6.10.3
6.8.1
6.6.3
Kontakt
kdm@wcss.pl

ABINIT - pakiet, który pozwala na wyznaczenie całkowitej energii, gęstości ładunku i struktury elektronowej układów złożonych z elektronów i nukleonów, w oparciu o teorię funkcjonału gęstości (ang. Density Functional Theory, DFT) przy użyciu pseudopotencjałów i funkcji fali płaskiej. ABINIT zawiera również opcje do optymalizacji geometrii według sił i naprężeń DFT, przeprowadzania dynamicznych symulacji molekularnych przy użyciu tych sił lub do generowania dynamicznych macierzy, efektywnych ładunków Borna oraz tensorów dielektrycznych. Stan wzbudzony można oszacować z zależnej od czasu teorii funkcjonału gęstości (dla molekuł) lub z teorii perturbacji wielu ciał (przybliżenie GW). Dodatkowo, pakiet zawiera różne programy narzędziowe.

Licencja

Pakiet udostępniany jest na licencji GNU GPL.

Informacje o wykorzystaniu

Autorzy pakietu ABINIT sugerują umieszczenie w publikacji adnotacji o wykorzystaniu pakietu do przeprowadzenia obliczeń. Proponowana treść takiej adnotacji jest dostępna w dokumentacji i na stronie pakietu: Acknowledgments.

Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):

"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "

"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."

Korzystanie w WCSS

ABINIT dostępny jest na klastrze Supernova w katalogu /usr/local/abinit w wersji:

  • 7.2.1 (wersja równoległa)
  • 7.0.4

Dostępne są też starsze wersje, jednak nie są wykorzystywane przez domyślne skrypty: 6.12.1, 6.10.3, 6.8.1, 6.6.3, 6.4.3-seq (wersja sekwencyjna).

Wstawianie zadań do kolejki

Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego.

Do wstawiania zadań równoległych do systemu kolejkowego służy polecenie:

> sub-abinit plik.files [kolejka] [liczba_rdzeni] [wielkosc pamieci per rdzeń w MB]

Gdzie:

  • Polecenie uruchamia najnowszą dostępną wersję równoległą programu;
  • Parametry w nawiasach [] są opcjonalne;
  • plik.files - plik z danymi sterującymi dla programu;
  • kolejka - nazwa kolejki PBS, domyślnie parallel;
  • liczba_rdzeni - liczba rdzeni, na których ma być uruchomione zadanie, domyślnie 4;
  • wielkosc pamieci per rdzeń w MB - wielkość pamięci operacyjnej wymagana dla każdego z rdzeni, domyślnie 1800 MB.


Do wstawiania zadań narzędzia optic służy polecenie:

> sub-optic plik.files [kolejka] [wielkosc pamieci per rdzeń w MB]

Gdzie:

  • Polecenie uruchamia narzędzie optic (z najnowszej wersji programu);
  • Program uruchamiany jest na 1 rdzeniu;
  • Parametry w nawiasach [] są opcjonalne;
  • plik.files - plik z danymi sterującymi dla programu;
  • kolejka - nazwa kolejki PBS, domyślnie normal;
  • wielkosc pamieci per rdzeń w MB - wielkość pamięci operacyjnej wymagana przez program, domyślnie 1800 MB.

Zobacz też: Jak korzystać z kolejek PBS?

Środowisko i praca interaktywna

Przed przystąpieniem do korzystania z aplikacji w trybie interaktywnym (konwersacyjnym) należy wstawić do kolejki zadanie interaktywne, np.:

> qsub -I -q short6h -l select=1:ncpus=1:mem=1800MB

Następnie należy ustawić środowisko programu wykonując polecenie, odpowiednio do wersji, której chcemy użyć:

> module load abinit (dla wersji domyślnej - najnowszej)
> module load abinit/7.2.1 
> module load abinit/7.0.4
> module load abinit/6.12.1
> module load abinit/6.10.3
> module load abinit/6.8.1
> module load abinit/6.6.3
> module load abinit/6.4.3

Po ustawieniu środowiska dla danej wersji można korzystać z polecenia do uruchamiania programu głównego (oraz szeregu narzędzi do pre i postprocessingu):

> abinit

Uwagi

Restartowanie obliczeń
Abinit pozwala na zapisywanie plików *DEN, *WFK itd., które umożliwiają restart obliczeń. W tym celu korzysta się ze słów kluczowych, w przypadku plików DEN i WFK sa to odpowiednio: prtden (PRinT the DENsity[1]) i prtwf (PRinT the WaveFunction[2]). Dla obliczeń dynamiki molekularnej czy optymalizacji struktury można także zachować geometrie na każdym kroku przetwarzania (prtgeo, PRinT the GEOmetry analysis [3]). Domyślnie ustawione są opcje prtden=1 i prtwf=1, więc zapisywane są pliki DEN i WFK.

Dokumentacja