ADF: Różnice pomiędzy wersjami

Z KdmWiki
Przejdź do nawigacji Przejdź do wyszukiwania
Linia 30: Linia 30:
 
* '''na Supernova obliczenia należy startować wyłącznie z dysku /home,'''
 
* '''na Supernova obliczenia należy startować wyłącznie z dysku /home,'''
 
* na Leo, aby rozpocząć obliczenia należy wygenerować używając GUI ADF-a (adfinput, adfview, ...) plik danych i skrypt, np. woda.adf i woda.run,
 
* na Leo, aby rozpocząć obliczenia należy wygenerować używając GUI ADF-a (adfinput, adfview, ...) plik danych i skrypt, np. woda.adf i woda.run,
** następnie należy stworzyć samodzielnie drugi skrypt, np. o nazwie woda.sh, przykład dla obliczeń równoległych na 4 procesorach na [[Leo]]:
+
:* następnie należy stworzyć samodzielnie drugi skrypt, np. o nazwie woda.sh, przykład dla obliczeń równoległych na 4 procesorach na [[Leo]]:
 
  #!/bin/bash
 
  #!/bin/bash
 
  source /usr/local/adf/env.sh
 
  source /usr/local/adf/env.sh
Linia 37: Linia 37:
 
  export NSCM=4
 
  export NSCM=4
 
  ./woda.run >&woda.wyniki
 
  ./woda.run >&woda.wyniki
** nadać prawa wykonywania:
+
:* nadać prawa wykonywania:
 
  > chmod +x woda.sh
 
  > chmod +x woda.sh
 
  > chmod +x woda.run
 
  > chmod +x woda.run
** wstawić do kolejki [[PBS]]
+
:* wstawić do kolejki [[PBS]]
 
  > qsub -N ADF_WODA -q parallel -l mem=8000MB,ncpus=4 ./woda.sh
 
  > qsub -N ADF_WODA -q parallel -l mem=8000MB,ncpus=4 ./woda.sh
 
* na Supernova, aby rozpocząć obliczenia używając wcześniej przygotowanych plików danych, np. woda.adf i woda.run, należy wstawić zadanie do kolejki skryptem '''sub-adf''':
 
* na Supernova, aby rozpocząć obliczenia używając wcześniej przygotowanych plików danych, np. woda.adf i woda.run, należy wstawić zadanie do kolejki skryptem '''sub-adf''':
 
  > sub-adf woda.run short6h 4 500
 
  > sub-adf woda.run short6h 4 500
** ogólną składnię wywołania skryptu '''sub-adf''' można poznać urucchamiająć skrypt bez żadnych argumentów:
+
:* ogólną składnię wywołania skryptu '''sub-adf''' można poznać urucchamiająć skrypt bez żadnych argumentów:
 
  > sub-adf
 
  > sub-adf
 
  Sposob uzycia: sub-adf skrypt.run kolejka liczba_procesorow pamiec_w_MB_per_procesor
 
  Sposob uzycia: sub-adf skrypt.run kolejka liczba_procesorow pamiec_w_MB_per_procesor
+
 
 
;Uwagi:
 
;Uwagi:
  

Wersja z 08:30, 8 mar 2012

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe

ADF
Serwer Wersja
Supernova 2012.01
Leo 2010.01
2009.01b
2008.01
Kontakt
kdm@wcss.pl

Amsterdam Density Functional (ADF) jest oprogramowaniem służącym do obliczeń metodami wywodzącymi się z teorii funkcjonału gęstości (ang. Density Function Theory, DFT).

ADF w WCSS

ADF zainstalowany jest na klastrze Supernova oraz na Leo. Dostępne wersje to 2010.01, 2009.01b, 2008.01 i 2012.01 (wersje archiwalne: 2007.01 i 2006.01), wszystkie zainstalowane w drzewie /usr/local/. Licencja obejmuje także NBO (ang. Natural Bond Orbital).

Szybki start

Uruchamianie GUI ADF-a

(adfinput, adfview i innych)

GUI należy używać wyłącznie do tworzenia danych i analizy wyników. Obliczenia należy uruchamiać wyłącznie w kolejce.

> source /usr/local/adf/env.sh
> /usr/local/adf/bin/adfview 
> module load adf
> adfview
Uruchamianie w kolejce
  • konfiguracja buforów dyskowych na Leo - http://www.scm.com/News/iobufmore.html
  • możliwe są obliczenia równoległe,
  • na Leo obliczenia należy startować z dysku /scratch a nie /home,
  • na Supernova obliczenia należy startować wyłącznie z dysku /home,
  • na Leo, aby rozpocząć obliczenia należy wygenerować używając GUI ADF-a (adfinput, adfview, ...) plik danych i skrypt, np. woda.adf i woda.run,
  • następnie należy stworzyć samodzielnie drugi skrypt, np. o nazwie woda.sh, przykład dla obliczeń równoległych na 4 procesorach na Leo:
#!/bin/bash
source /usr/local/adf/env.sh
export SCM_RESULTDIR=/scratch/$USER/katalog-zadania
cd /scratch/$USER/katalog-zadania
export NSCM=4
./woda.run >&woda.wyniki
  • nadać prawa wykonywania:
> chmod +x woda.sh
> chmod +x woda.run
  • wstawić do kolejki PBS
> qsub -N ADF_WODA -q parallel -l mem=8000MB,ncpus=4 ./woda.sh
  • na Supernova, aby rozpocząć obliczenia używając wcześniej przygotowanych plików danych, np. woda.adf i woda.run, należy wstawić zadanie do kolejki skryptem sub-adf:
> sub-adf woda.run short6h 4 500
  • ogólną składnię wywołania skryptu sub-adf można poznać urucchamiająć skrypt bez żadnych argumentów:
> sub-adf
Sposob uzycia: sub-adf skrypt.run kolejka liczba_procesorow pamiec_w_MB_per_procesor
Uwagi
  • pliki *.run, wygenerowane w ADF 2006, mogą nie działać poprawnie w nowszych wersjach pakietu. Dlatego należy wczytać odpowiadające im pliki *.adf do nowego adfinput i ponownie zapisać na dysk;
  • jeśli podczas tworzenia pliku .run na Leo podano katalog wyników, to skrypt wstawiany do kolejki należy uzupełnić o wskazanie tego katalogu:
export SCM_RESULTDIR=/scratch/$USER/katalog-zadania

Cytowanie

Użytkownicy ADF mają obowiązek zamieszczania w publikacji informacji o wykorzystaniu zasobów WCSS oraz cytowania zgodnie z wymaganiami SCM: http://www.scm.com/Doc/Doc2009.01/Background/References/page4.html (wersja 2009.01)

Dokumentacja

ADF w sieci

Materiały dydaktyczne

W latach 2006 i 2008 w tajniki ADF wprowadzał nas prof. Artur Michalak z UJ:

Zobacz też