ADF: Różnice pomiędzy wersjami

Z KdmWiki
Skocz do: nawigacji, wyszukiwania
m (Uruchamianie GUI ADF-a)
 
(Nie pokazano 47 wersji utworzonych przez 10 użytkowników)
Linia 1: Linia 1:
 
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < ADF</small>
 
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < ADF</small>
{{aplikacja|nazwa=ADF|logo= |serwer=[[Supernova]] |wersja=2012.01 |serwer2=[[Leo]] |wersja21=2010.01 |wersja22=2009.01b |wersja23=2008.01}}
+
{{aplikacja|nazwa=ADF|logo=[[Plik:adf.png|text]]<br><font color="gray">Scientific Computing & Modelling</font>|serwer=[[Bem]]|wersja=2014.10|wersja2=2016.108|wersja3=2017.105|wersja4=2018.104|wersja5='''2019.102'''}}
 
'''Amsterdam Density Functional''' ('''ADF''') jest oprogramowaniem służącym do obliczeń metodami wywodzącymi się z teorii funkcjonału gęstości (ang. ''Density Function Theory'', DFT). ADF rozwijany jest przez firmę SCM (Scientific Computing & Modelling).
 
'''Amsterdam Density Functional''' ('''ADF''') jest oprogramowaniem służącym do obliczeń metodami wywodzącymi się z teorii funkcjonału gęstości (ang. ''Density Function Theory'', DFT). ADF rozwijany jest przez firmę SCM (Scientific Computing & Modelling).
  
 
== Licencja ==
 
== Licencja ==
Licencja WCSS (typu ''Academic computing center'') obejmuje pakiet ADF i NBO (ang. ''Natural Bond Orbital'').
+
Licencja WCSS (typu ''Academic computing center'') pozwala wykorzystać 64 rdzenie łącznie dla wszystkich użytkowników i obejmuje pakiet ADF i NBO (ang. ''Natural Bond Orbital''):
 +
*ADF
 +
*ADF BAND
 +
*REAXFF
 +
*COSMO-RS
 +
*DFTB
 +
*GENNBO (ponadto WCSS posiada licencję [[NBO]] 6).
  
 
=== Informacja o wykorzystaniu ===
 
=== Informacja o wykorzystaniu ===
 
Użytkownicy ADF mają obowiązek zamieszczania w publikacjach cytowania zgodnie z wymaganiami SCM:
 
Użytkownicy ADF mają obowiązek zamieszczania w publikacjach cytowania zgodnie z wymaganiami SCM:
* [http://www.scm.com/Doc/Doc2012/Background/References/page1.html wersja 2012]
+
* [http://www.scm.com/Doc/Doc2014/Background/References/page1.html wersja 2014]
* [http://www.scm.com/Doc/Doc2009.01/Background/References/page1.html wersja 2009.01]
+
 
{{Podziękowanie_WCSS}}
 
{{Podziękowanie_WCSS}}
  
== ADF w WCSS ==
+
== Korzystanie w WCSS ==
ADF zainstalowany jest na klastrze [[Supernova]] oraz na [[Leo]]. Wszystkie dostępne wersje zainstalowane są w drzewie <code>/usr/local/</code>.
+
ADF zainstalowany jest na klastrze [[Bem]] w drzewie <code>/usr/local/adf/</code>.
  
 
=== Uruchamianie GUI ADF-a ===
 
=== Uruchamianie GUI ADF-a ===
{{uwaga2|Uruchamianie zadań obliczeniowych bezpośrednio z GUI jest '''zabronione'''.}}
+
Aby uzyskać dostęp do aplikacji graficznych (adfinput, adfview i in.) należy zalogować się za pomocą protokołu NX na maszynę ui.wcss.pl.
GUI (adfinput, adfview i in.) należy używać wyłącznie do tworzenia danych i analizy wyników. Obliczenia należy uruchamiać wyłącznie w kolejce.
+
  
* Na [[Leo]]:
+
Służy do tego [[Jak_korzystać_z_NoMachine|klient NoMachine]]. Następnie po uruchomieniu zdalnego pulpitu w terminalu w środowisku graficznym należy wywołać komendy:
  
  > source /usr/local/adf/env.sh
+
  > module load adf<font color="green">/wybrana_wersja</font>
  > /usr/local/adf/bin/adfview  
+
  > adfview
  
* Na [[Supernova]]:
+
W systemie Linux można także korzystać z logowania z przekierowaniem wyświetlania, potrzebnym do korzystania z interfejsu graficznego aplikacji:
  
  > module load adf
+
  ssh -X nazwa-użytkownika@bem.wcss.pl
> adfview
+
  
=== Uruchamianie zadań w kolejce na [[Leo]] ===
+
Następnie należy uruchomić zadanie interaktywne, np.:
* '''na Leo obliczenia należy startować z dysku /scratch a nie /home,'''
+
* konfiguracja buforów dyskowych '''na Leo''' - http://www.scm.com/News/iobufmore.html
+
* możliwe są obliczenia równoległe,
+
* aby rozpocząć obliczenia należy wygenerować używając GUI ADF-a (adfinput, adfview, ...) plik danych i skrypt, np. <code>woda.adf</code> i <code>woda.run</code>,
+
* następnie należy samodzielnie stworzyć drugi skrypt, np. o nazwie <code>woda.sh</code>, poniżej przykład dla obliczeń równoległych na 4 procesorach:
+
#!/bin/bash
+
source /usr/local/adf/env.sh
+
export SCM_RESULTDIR=/scratch/$USER/katalog-zadania
+
cd /scratch/$USER/katalog-zadania
+
export NSCM=4
+
./woda.run >&woda.wyniki
+
* nadać prawa wykonywania dla skryptów:
+
> chmod +x woda.sh woda.run
+
* wstawić zadanie do kolejki [[PBS]], pamiętając o zadeklarowaniu takiej samej liczby procesorów jak w skrypcie <code>woda.sh</code>:
+
> qsub -N ADF_WODA -q parallel -l mem=8000MB,ncpus=4 ./woda.sh
+
  
=== Uruchamianie zadań w kolejce na [[Supernova]] ===
+
qsub -I -l walltime=6:00:00 -l select=1:ncpus=1:mem=2048MB -l software=ADF_<font color="green">wybrana_wersja</font>
* '''na Supernova obliczenia należy startować wyłącznie z dysku /home,'''
+
 
* liczba licencji: 64 procesory,
+
Kolejno załadować moduł i uruchomić program np. adfview.
* limit licencji per użytkownik: 8 procesorów (limit dotyczy uruchomionych zadań, w przypadku wyczerpania limitu zadania będą czekać w kolejce, limit może być zmieniany przez administratorów w zależności od sytuacji w systemie kolejkowym),
+
 
 +
module load adf<font color="green">/wybrana_wersja</font>
 +
adfview
 +
 
 +
'''Zobacz też:''' [[Przekierowanie_wyświetlania|Przekierowanie wyświetlania ]]
 +
 
 +
=== Uruchamianie zadań w kolejce na klastrze [[Bem]] ===
 +
* liczba licencji: 64 rdzienie,
 +
* '''limit licencji per każdy użytkownik: maks. 32,'''
 
* możliwe są obliczenia równoległe,
 
* możliwe są obliczenia równoległe,
* aby rozpocząć obliczenia używając wcześniej przygotowanych plików danych, np. <code>woda.adf</code> i <code>woda.run</code>, należy wstawić zadanie do kolejki poleceniem '''sub-adf''', przykładowo na 4 procesory i 500MB pamięci per procesor w kolejce short6h:
+
* należy wcześniej przygotować pliki danych np. <code>woda.run</code>, przykładowa struktura pliku:
  > sub-adf woda.run short6h 4 500
+
  #! /bin/sh
 +
$ADFBIN/adf << eor
 +
ATOMS
 +
  O  0  0  0
 +
  H  1  1  0
 +
  H -1  1  0
 +
End
 +
Basis
 +
End
 +
Geometry
 +
End
 +
eor
  
* ogólną składnię wywołania skryptu '''sub-adf''' można poznać uruchamiająć skrypt bez żadnych argumentów:
+
* aby rozpocząć obliczenia należy nadać skryptowi prawa wykonania:
 +
> chmod +x woda.run
 +
oraz wstawić zadanie do kolejki poleceniem '''sub-adf''', przykładowo na 4 węzły po 2 rdzenie i 500MB pamięci per węzeł w kolejce main:
 +
> sub-adf woda.run -q main -n 4 -p 2 -m 500 -w 6
 +
 
 +
* ogólną składnię wywołania skryptu '''sub-adf''' można poznać uruchamiając skrypt bez żadnych argumentów:
 
  > sub-adf
 
  > sub-adf
  Sposob uzycia: sub-adf skrypt.run kolejka liczba_procesorow pamiec_w_MB_per_procesor
+
  Usage: /usr/local//bin/sub-adf input_file [parameters]
 +
Parameters:
 +
-q queue (default - main)
 +
-n nodes (default - 1)
 +
-p cores (per node, default - 1)
 +
-m memory (per node, in MB, default - 2000)
 +
-w walltime (in hours, default - 504)
 +
 
 +
'''Uwaga'''
 +
 
 +
* na klastrze Bem zadania należy zlecać do kolejki main. Jest to kolejka przekierowująca - na podstawie podanego limitu czasu (walltime) zadania będą przenoszone do odpowiednich kolejek (np. normal, infinity);
  
=== Uwagi ===
 
 
* pliki *.run, wygenerowane w ADF 2006, mogą nie działać poprawnie w nowszych wersjach pakietu. Dlatego należy wczytać odpowiadające im pliki *.adf do nowego adfinput i ponownie zapisać na dysk;
 
* pliki *.run, wygenerowane w ADF 2006, mogą nie działać poprawnie w nowszych wersjach pakietu. Dlatego należy wczytać odpowiadające im pliki *.adf do nowego adfinput i ponownie zapisać na dysk;
* jeśli podczas tworzenia pliku .run '''na Leo''' podano katalog wyników, to skrypt wstawiany do kolejki należy uzupełnić o wskazanie tego katalogu:
+
 
export SCM_RESULTDIR=/scratch/$USER/katalog-zadania
+
* wykorzystanie '''sub-adf''' spowoduje załadowanie najwyższej zainstalowanej wersji modułu. Jeśli z jakiegoś powodu wymagane jest użycie innej wersji, to należy użyć skryptów '''sub-adf-WERSJA'''.
  
 
== Dokumentacja ==
 
== Dokumentacja ==
=== ADF w sieci ===
+
* [https://www.scm.com/doc/ADF/_downloads/ADF.pdf What’s new in ADF 2018]
 
* [http://www.scm.com/ Scientific Computing & Modelling]
 
* [http://www.scm.com/ Scientific Computing & Modelling]
**[http://www.scm.com/Support/Faq/Welcome.html ADF FAQ]
+
* [http://www.scm.com/Support/Faq/Welcome.html ADF FAQ]
 
* [http://www.chemia.uj.edu.pl/~mazur/mm/prezentacje_studentow/adf.pdf Prezentacja UJ (w języku polskim)]
 
* [http://www.chemia.uj.edu.pl/~mazur/mm/prezentacje_studentow/adf.pdf Prezentacja UJ (w języku polskim)]
 
=== Materiały dydaktyczne ===
 
W latach 2006 i 2008 w tajniki ADF wprowadzał nas prof. Artur Michalak z UJ:
 
 
* [[Szkolenie ADF]]
 
* [[Szkolenie ADF]]
 
* [[Szkolenie ADF 2]]
 
* [[Szkolenie ADF 2]]
 +
* [http://www.scm.com/Doc/Teaching/BSc/page1.html  Teaching in ADF - BSc exercises]
  
 
== Zobacz też ==
 
== Zobacz też ==

Aktualna wersja na dzień 15:09, 12 lis 2019

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < ADF

ADF
text
Scientific Computing & Modelling
Serwer Wersja
Bem 2014.10
2016.108
2017.105
2018.104
2019.102
Kontakt
kdm@wcss.pl

Amsterdam Density Functional (ADF) jest oprogramowaniem służącym do obliczeń metodami wywodzącymi się z teorii funkcjonału gęstości (ang. Density Function Theory, DFT). ADF rozwijany jest przez firmę SCM (Scientific Computing & Modelling).

Licencja

Licencja WCSS (typu Academic computing center) pozwala wykorzystać 64 rdzenie łącznie dla wszystkich użytkowników i obejmuje pakiet ADF i NBO (ang. Natural Bond Orbital):

  • ADF
  • ADF BAND
  • REAXFF
  • COSMO-RS
  • DFTB
  • GENNBO (ponadto WCSS posiada licencję NBO 6).

Informacja o wykorzystaniu

Użytkownicy ADF mają obowiązek zamieszczania w publikacjach cytowania zgodnie z wymaganiami SCM:

Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):

"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "

"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."

Korzystanie w WCSS

ADF zainstalowany jest na klastrze Bem w drzewie /usr/local/adf/.

Uruchamianie GUI ADF-a

Aby uzyskać dostęp do aplikacji graficznych (adfinput, adfview i in.) należy zalogować się za pomocą protokołu NX na maszynę ui.wcss.pl.

Służy do tego klient NoMachine. Następnie po uruchomieniu zdalnego pulpitu w terminalu w środowisku graficznym należy wywołać komendy:

> module load adf/wybrana_wersja
> adfview

W systemie Linux można także korzystać z logowania z przekierowaniem wyświetlania, potrzebnym do korzystania z interfejsu graficznego aplikacji:

ssh -X nazwa-użytkownika@bem.wcss.pl 

Następnie należy uruchomić zadanie interaktywne, np.:

qsub -I -l walltime=6:00:00 -l select=1:ncpus=1:mem=2048MB -l software=ADF_wybrana_wersja

Kolejno załadować moduł i uruchomić program np. adfview.

module load adf/wybrana_wersja
adfview

Zobacz też: Przekierowanie wyświetlania

Uruchamianie zadań w kolejce na klastrze Bem

  • liczba licencji: 64 rdzienie,
  • limit licencji per każdy użytkownik: maks. 32,
  • możliwe są obliczenia równoległe,
  • należy wcześniej przygotować pliki danych np. woda.run, przykładowa struktura pliku:
#! /bin/sh
$ADFBIN/adf << eor
ATOMS
  O  0  0  0
  H  1  1  0
  H -1  1  0
End
Basis
End
Geometry
End
eor
  • aby rozpocząć obliczenia należy nadać skryptowi prawa wykonania:
> chmod +x woda.run

oraz wstawić zadanie do kolejki poleceniem sub-adf, przykładowo na 4 węzły po 2 rdzenie i 500MB pamięci per węzeł w kolejce main:

> sub-adf woda.run -q main -n 4 -p 2 -m 500 -w 6
  • ogólną składnię wywołania skryptu sub-adf można poznać uruchamiając skrypt bez żadnych argumentów:
> sub-adf
Usage: /usr/local//bin/sub-adf input_file [parameters]
Parameters:
-q queue (default - main)
-n nodes (default - 1)
-p cores (per node, default - 1)
-m memory (per node, in MB, default - 2000)
-w walltime (in hours, default - 504)

Uwaga

  • na klastrze Bem zadania należy zlecać do kolejki main. Jest to kolejka przekierowująca - na podstawie podanego limitu czasu (walltime) zadania będą przenoszone do odpowiednich kolejek (np. normal, infinity);
  • pliki *.run, wygenerowane w ADF 2006, mogą nie działać poprawnie w nowszych wersjach pakietu. Dlatego należy wczytać odpowiadające im pliki *.adf do nowego adfinput i ponownie zapisać na dysk;
  • wykorzystanie sub-adf spowoduje załadowanie najwyższej zainstalowanej wersji modułu. Jeśli z jakiegoś powodu wymagane jest użycie innej wersji, to należy użyć skryptów sub-adf-WERSJA.

Dokumentacja

Zobacz też