ADF: Różnice pomiędzy wersjami

Z KdmWiki
Skocz do: nawigacji, wyszukiwania
(ADF w sieci)
(Zobacz też)
Linia 49: Linia 49:
 
* [http://www.chemia.uj.edu.pl/~mazur/mm/prezentacje_studentow/adf.pdf Prezentacja UJ (w języku polskim)]
 
* [http://www.chemia.uj.edu.pl/~mazur/mm/prezentacje_studentow/adf.pdf Prezentacja UJ (w języku polskim)]
  
== Zobacz też ==
+
==Materiały dydaktyczne==
 +
W latach 2006 i 2008 w tajniki ADF wprowadzał nas prof. Artur Michalak z UJ:
 +
* [[Szkolenie ADF]]
 
* [[Szkolenie ADF 2]]
 
* [[Szkolenie ADF 2]]
 +
== Zobacz też ==
 
* [[Oprogramowanie KDM]]
 
* [[Oprogramowanie KDM]]
 
* system kolejkowania zadań [[PBS]]
 
* system kolejkowania zadań [[PBS]]

Wersja z 08:55, 6 maj 2010

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe

Amsterdam Density Functional (ADF) jest oprogramowaniem służącym do obliczeń metodami wywodzącymi się z teorii funkcjonału gęstości (ang. Density Function Theory, DFT).

ADF w WCSS

ADF zainstalowany jest na Leo. Dostępne wersje to 2009.01b i 2008.01 (wersje archiwalne: 2007.01 i 2006.01), wszystkie zainstalowane w drzewie /usr/local/. Licencja obejmuje także NBO.

Szybki start

Uruchamianie GUI ADF-a

(adfinput, adfview i innych)

GUI należy używać wyłącznie do tworzenia danych i analizy wyników. Uruchamianie zadań obliczeniowych bezpośrednio z GUI jest zabronione. Obliczenia należy uruchamiać wyłącznie w kolejce.

> source /usr/local/adf/env.sh
> /usr/local/adf/bin/adfview 
Uruchamianie w kolejce
  • ważne - konfiguracja buforów dyskowych - http://www.scm.com/News/iobufmore.html
  • możliwe są obliczenia równoległe,
  • na Leo obliczenia należy startować z dysku /scratch a nie /home,
  • aby rozpocząć obliczenia należy wygenerować używając GUI ADF-a (adfinput, adfview, ...) plik danych i skrypt, np. woda.adf i woda.run,
  • następnie należy stworzyć samodzielnie drugi skrypt, np. o nazwie woda.sh, przykład dla obliczeń równoległych na 4 procesorach na Leo:
#!/bin/bash
source /usr/local/adf/env.sh
export SCM_RESULTDIR=/scratch/$USER/katalog-zadania
cd /scratch/$USER/katalog-zadania
export NSCM=4
./woda.run >&woda.wyniki
  • nadać prawa wykonywania:
> chmod +x woda.sh
> chmod +x woda.run
  • wstawić do kolejki PBS
> qsub -N ADF_WODA -q parallel -l mem=8000MB,ncpus=4 ./woda.sh
Uwagi
  • pliki *.run, wygenerowane w ADF 2006, mogą nie działać poprawnie w nowszych wersjach pakietu. Dlatego należy wczytać odpowiadające im pliki *.adf do nowego adfinput i ponownie zapisać na dysk;
  • jeśli podczas tworzenia pliku .run podano katalog wyników, to skrypt wstawiany do kolejki należy uzupełnić o wskazanie tego katalogu:
export SCM_RESULTDIR=/scratch/$USER/katalog-zadania

Cytowanie

Użytkownicy ADF mają obowiązek zamieszczania w publikacji informacji o wykorzystaniu zasobów WCSS oraz cytowania zgodnie z wymaganiami SCM: http://www.scm.com/Doc/Doc2009.01/Background/References/page4.html (wersja 2009.01)

Dokumentacja

ADF w sieci

Materiały dydaktyczne

W latach 2006 i 2008 w tajniki ADF wprowadzał nas prof. Artur Michalak z UJ:

Zobacz też