Biovia: Różnice pomiędzy wersjami

Z KdmWiki
Skocz do: nawigacji, wyszukiwania
m
m
Linia 1: Linia 1:
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < Accelrys</small>  
+
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < Biovia</small>  
 
{{uwaga2|Z dniem '''30 września 2014''' zmienił się serwer licencji krajowej. Nowy serwer dostępny jest pod adresem: '''licenses2.icm.edu.pl'''.}}
 
{{uwaga2|Z dniem '''30 września 2014''' zmienił się serwer licencji krajowej. Nowy serwer dostępny jest pod adresem: '''licenses2.icm.edu.pl'''.}}
{{aplikacja|logo=[[Plik:Accelrys_logo.gif‎|133px]] |nazwa=Accelrys|serwery=[[Supernova]]<br />[[Klaster kampusowy]]<br/> Do samodzielnej instalacji|składowe=Pakiety| lista=[[Materials Studio]]<br/>[[Discovery Studio]] |kontakt=}}
+
{{aplikacja|logo=[[Plik:Biovia-logo.png]] |nazwa=Biovia|serwery=[[Supernova]]<br />[[Klaster kampusowy]]<br/> Do samodzielnej instalacji|składowe=Pakiety| lista=[[Materials Studio]]<br/>[[Discovery Studio]] |kontakt=}}
'''Accelrys''' (do 1 czerwca 2001 MSI, Molecular Simulations Inc.) - firma będąca jednym z największych dostawców oprogramowania naukowego z dziedziny modelowania molekularnego. Udostępnia oprogramowanie na platformy UNIX oraz PC/Windows.  
+
'''Biovia''' (do 1 czerwca 2001 MSI, Molecular Simulations Inc., następnie do 2014 r. Accelrys Inc.) - firma będąca jednym z największych dostawców oprogramowania naukowego z dziedziny modelowania molekularnego. Udostępnia oprogramowanie na platformy UNIX oraz PC/Windows.  
  
 
Niektóre z dostępnych pakietów: [[Materials Studio]] (np. [[CASTEP]]), [[Discovery Studio]] (np. [[Charmm]]).  
 
Niektóre z dostępnych pakietów: [[Materials Studio]] (np. [[CASTEP]]), [[Discovery Studio]] (np. [[Charmm]]).  
Linia 10: Linia 10:
 
== Licencja krajowa ==
 
== Licencja krajowa ==
 
=== Zasady korzystania ===
 
=== Zasady korzystania ===
Krajową licencję na produkty firmy Accelrys udostępnia ICM. Na okres 2014.10.01-2015.09.29 wykupionych jest '''65 żetonów''' (dla [[MS]] i [[DS]]). Dalsze informacje o licencji na rok akademicki 2014/2015 są dostępne na stronie:
+
Krajową licencję na produkty firmy Biovia (d. Accelrys) udostępnia ICM. Na okres 2014.10.01-2015.09.29 wykupionych jest '''65 żetonów''' (dla [[MS]] i [[DS]]). Dalsze informacje o licencji na rok akademicki 2014/2015 są dostępne na stronie:
 
*http://www.icm.edu.pl/kdm/Accelrys:_NoweZasady1415
 
*http://www.icm.edu.pl/kdm/Accelrys:_NoweZasady1415
  
Linia 21: Linia 21:
  
 
=== Obowiązkowa ankieta ===
 
=== Obowiązkowa ankieta ===
Osoby, które korzystają z oprogramowania Accelrys zobowiązane są do wypełnienia ankiety, dostępnej on-line na stronach ICM: '''[http://www.icm.edu.pl/kdm.static/accelrys/ankieta/rejestracja.php Ankieta uczestnika licencji krajowej oprogramowania Accelrys]'''.
+
Osoby, które korzystają z oprogramowania Biovia zobowiązane są do wypełnienia ankiety, dostępnej on-line na stronach ICM: '''[http://www.icm.edu.pl/kdm.static/accelrys/ankieta/rejestracja.php Ankieta uczestnika licencji krajowej oprogramowania Accelrys]'''.
  
 
=== Serwer licencji ===
 
=== Serwer licencji ===
Linia 37: Linia 37:
  
 
=== Informacja o wykorzystaniu ===
 
=== Informacja o wykorzystaniu ===
Uprzejmie przypominamy o konieczności zamieszczania w artykułach informacji o wykorzystaniu krajowej licencji Accelrys. Oryginalne sformułowanie umowy brzmi:
+
Uprzejmie przypominamy o konieczności zamieszczania w artykułach informacji o wykorzystaniu krajowej licencji Biovia (d. Accelrys). Oryginalne sformułowanie umowy brzmi:
  
 
:''"To acknowledge use of the country-wide license in every scientific paper where the software in the Country wide license is used".''
 
:''"To acknowledge use of the country-wide license in every scientific paper where the software in the Country wide license is used".''
 
   
 
   
Uprzejmie przypominamy, że do końca stycznia każdego roku kierownicy grantów powinni dostarczyć do WCSS sprawozdania, w tym kopie artykułów, w których wykorzystano oprogramowanie Accelrys lub wyjaśnienie dlaczego, mimo wykorzystania licencji, takie publikacje nie powstały.
+
Uprzejmie przypominamy, że do końca stycznia każdego roku kierownicy grantów powinni dostarczyć do WCSS sprawozdania, w tym kopie artykułów, w których wykorzystano oprogramowanie Biovia lub wyjaśnienie dlaczego, mimo wykorzystania licencji, takie publikacje nie powstały.
  
 
{{Podziękowanie_WCSS}}
 
{{Podziękowanie_WCSS}}
  
 
== Korzystanie w WCSS ==
 
== Korzystanie w WCSS ==
[[WCSS]] udostępnia zarejestrowanym użytkownikom pakiety firmy Accelrys na klastrze [[Supernova]] ([[Materials Studio]]), [[klaster kampusowy|klastrze kampusowym]] (Materials Studio, [[Discovery Studio]]) oraz do samodzielnej instalacji na własnym komputerze. Użytkownicy zainteresowani korzystaniem z pakietów lub pobraniem plików instalacyjnych proszeni są o kontakt z [[kontakt|administratorami]].
+
[[WCSS]] udostępnia zarejestrowanym użytkownikom pakiety firmy Biovia na klastrze [[Supernova]] ([[Materials Studio]]), [[klaster kampusowy|klastrze kampusowym]] (Materials Studio, [[Discovery Studio]]) oraz do samodzielnej instalacji na własnym komputerze. Użytkownicy zainteresowani korzystaniem z pakietów lub pobraniem plików instalacyjnych proszeni są o kontakt z [[kontakt|administratorami]].
  
 
Aby praca z pakietami była możliwa (zarówno zdalna jak i lokalna) muszą być spełnione następujące warunki:
 
Aby praca z pakietami była możliwa (zarówno zdalna jak i lokalna) muszą być spełnione następujące warunki:
Linia 63: Linia 63:
 
** '''Discovery Studio''' - http://accelrys.com/services/training/life-science/index.html
 
** '''Discovery Studio''' - http://accelrys.com/services/training/life-science/index.html
 
** '''Materials Studio''' - http://accelrys.com/services/training/materials-science/index.html
 
** '''Materials Studio''' - http://accelrys.com/services/training/materials-science/index.html
* '''Tutorials''' - tutoriale dostępne on-line do każdego z modułów DS, z praktycznymi przykładami. Wymagają wcześniejszego założenia konta w portalu Accelrysa i zalogowania się na to konto.  
+
* '''Tutorials''' - tutoriale dostępne on-line do każdego z modułów DS, z praktycznymi przykładami. Wymagają wcześniejszego założenia konta w portalu producenta i zalogowania się na to konto.  
  
 
* [http://www.accelrys.com/ Strona główna firmy Accelrys]
 
* [http://www.accelrys.com/ Strona główna firmy Accelrys]
Linia 73: Linia 73:
 
'''Zobacz też:''' [[Oprogramowanie KDM]]
 
'''Zobacz też:''' [[Oprogramowanie KDM]]
  
{{accelrys}}
+
{{Biovia}}
 
{{oprogramowanie}}
 
{{oprogramowanie}}
 
[[Kategoria:Oprogramowanie]]
 
[[Kategoria:Oprogramowanie]]
 
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]
 
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

Wersja z 10:39, 14 paź 2014

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < Biovia

Biovia
Biovia-logo.png
Serwery
Supernova
Klaster kampusowy
Do samodzielnej instalacji
Pakiety
Materials Studio
Discovery Studio
Kontakt
kdm@wcss.pl

Biovia (do 1 czerwca 2001 MSI, Molecular Simulations Inc., następnie do 2014 r. Accelrys Inc.) - firma będąca jednym z największych dostawców oprogramowania naukowego z dziedziny modelowania molekularnego. Udostępnia oprogramowanie na platformy UNIX oraz PC/Windows.

Niektóre z dostępnych pakietów: Materials Studio (np. CASTEP), Discovery Studio (np. Charmm).

Spadkowe produkty, które nie są już rozwijane: Insight II, Cerius2, Catalyst po wycofaniu z użytku komputera Tezro nie są już dostępne w WCSS. Quanta została wycofana ze sprzedaży.

Licencja krajowa

Zasady korzystania

Krajową licencję na produkty firmy Biovia (d. Accelrys) udostępnia ICM. Na okres 2014.10.01-2015.09.29 wykupionych jest 65 żetonów (dla MS i DS). Dalsze informacje o licencji na rok akademicki 2014/2015 są dostępne na stronie:

Użytkownicy WCSS mogą w danym momencie wykorzystywać łącznie 24 żetony, dlatego przed rozpoczęciem dużych obliczeń (powyżej 10 żetonów) proszę się skontaktować z administratorami WCSS.

Z akademickiej licencji krajowej mogą korzystać w WCSS zespoły badawcze (kierownik może włączyć do zespołu np. zaawansowanego studenta).

Zajęcia dydaktyczne

Licencja krajowa umożliwia także korzystanie z oprogramowania do zajęć dydaktycznych - pozwala na uruchomienie 15 kopii tego samego modułu. Prowadzący zajęcia powinni skontaktować się z ICM i ustalić harmonogram zajęć.

Obowiązkowa ankieta

Osoby, które korzystają z oprogramowania Biovia zobowiązane są do wypełnienia ankiety, dostępnej on-line na stronach ICM: Ankieta uczestnika licencji krajowej oprogramowania Accelrys.

Serwer licencji

Jeśli użytkownik instaluje oprogramowanie na własnym komputerze należy ustawić połączenie ze zdalnym serwerem licencji:

  • serwer: licenses2.icm.edu.pl
  • port: 1715

Pierwsze uruchomienie programu MS lub DS wywoła administratora licencji i pozwoli na konfigurację serwera licencji.

Stopień wykorzystania licencji krajowej można sprawdzić logując się na klaster Supernova i wykonując polecenia:

export LM_LICENSE_FILE=1715@licenses2.icm.edu.pl
module load lmutil/11.10.1
lmutil lmstat -a | less

Informacja o wykorzystaniu

Uprzejmie przypominamy o konieczności zamieszczania w artykułach informacji o wykorzystaniu krajowej licencji Biovia (d. Accelrys). Oryginalne sformułowanie umowy brzmi:

"To acknowledge use of the country-wide license in every scientific paper where the software in the Country wide license is used".

Uprzejmie przypominamy, że do końca stycznia każdego roku kierownicy grantów powinni dostarczyć do WCSS sprawozdania, w tym kopie artykułów, w których wykorzystano oprogramowanie Biovia lub wyjaśnienie dlaczego, mimo wykorzystania licencji, takie publikacje nie powstały.

Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):

"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "

"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."

Korzystanie w WCSS

WCSS udostępnia zarejestrowanym użytkownikom pakiety firmy Biovia na klastrze Supernova (Materials Studio), klastrze kampusowym (Materials Studio, Discovery Studio) oraz do samodzielnej instalacji na własnym komputerze. Użytkownicy zainteresowani korzystaniem z pakietów lub pobraniem plików instalacyjnych proszeni są o kontakt z administratorami.

Aby praca z pakietami była możliwa (zarówno zdalna jak i lokalna) muszą być spełnione następujące warunki:

  1. Połączenie między komputerem użytkownika a serwerem VPN w WCSS jest nawiązane (zobacz instrukcję jak korzystać z VPN);
  2. Połączenie sieciowe między serwerem VPN w WCSS a serwerem licencji w ICM (Warszawa) jest aktywne;
  3. Dostępna jest dostateczna liczba licencji do uruchomienia pakietu/modułu.

Więcej na stronach pakietów:

Dokumentacja

Zobacz też: Oprogramowanie KDM