Gaussian: Różnice pomiędzy wersjami

Z KdmWiki
Przejdź do nawigacji Przejdź do wyszukiwania
Linia 1: Linia 1:
 
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]]</small>
 
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]]</small>
{{zasobytab|logo=[[Grafika:gausslogo.jpg]]|serwery=[[Leo]]<br>[[Nova]]<br>[[Tezro]]}}
+
{{aplikacja|nazwa=Gaussian|logo=[[Plik:gausslogo.jpg|noframe|center]]|serwer=[[Supernova]]|wersja=2009 B01|wersja2=2009 A02|wersja3=2003 E01|serwer2=[[Tezro]]|wersja21=2003 C02 |serwer3=[[Leo]]|wersja31=009 A02 |wersja32=2003 C02, D01, E01}}
 
'''Gaussian''' jest jednym z najpopularniejszych programów do modelowania układów cząsteczkowych z wykorzystaniem mechaniki kwantowej. Stosowany jest przez chemików, fizyków i inżynierów w dziedzinie chemii teoretycznej i eksperymentalnej. Program jest szczególnie przydatny w obszarach, w których szybko zachodzące zmiany i krótko trwające stany pośrednie układów uniemożliwiają obserwację eksperymentalną zachodzących w nich procesów. Gaussian umożliwia badanie układów na poziomie ab initio oraz na poziomie bardziej uproszczonym (np. półempirycznym).
 
'''Gaussian''' jest jednym z najpopularniejszych programów do modelowania układów cząsteczkowych z wykorzystaniem mechaniki kwantowej. Stosowany jest przez chemików, fizyków i inżynierów w dziedzinie chemii teoretycznej i eksperymentalnej. Program jest szczególnie przydatny w obszarach, w których szybko zachodzące zmiany i krótko trwające stany pośrednie układów uniemożliwiają obserwację eksperymentalną zachodzących w nich procesów. Gaussian umożliwia badanie układów na poziomie ab initio oraz na poziomie bardziej uproszczonym (np. półempirycznym).
  
 
== Informacje ogólne ==
 
== Informacje ogólne ==
Pakiet Gaussian został pierwotnie opracowany przez zespół J.A. Pople'a. Pierwsza wersja pakietu udostępniona została w 1976 roku pod nazwą Gaussian-76. Kolejne wersje nazywano odpowiednio do roku, w którym były wydawane, Gaussian-80, -82, -86, -88, -90, -92, -94, -98 i wersja -03.
+
Pakiet Gaussian został pierwotnie opracowany przez zespół J.A. Pople'a. Pierwsza wersja pakietu udostępniona została w 1976 roku pod nazwą Gaussian-76. Kolejne wersje nazywano odpowiednio do roku, w którym były wydawane, Gaussian-80, -82, -86, -88, -90, -92, -94, -98, -03 i wersja -09.
  
 
Gaussian 98/03 posiada zdolność prognozowania wielu własności cząsteczek i reakcji, włączając:
 
Gaussian 98/03 posiada zdolność prognozowania wielu własności cząsteczek i reakcji, włączając:
Linia 29: Linia 29:
  
 
== GAUSSIAN w WCSS ==
 
== GAUSSIAN w WCSS ==
W [[WCSS]] pakiet GAUSSIAN jest dostępny na serwerach [[Leo]], [[Nova]], [[Tezro]].  
+
W [[WCSS]] pakiet GAUSSIAN jest dostępny na maszynach [[Supernova]], [[Leo]], [[Tezro]].  
  
 
'''Zalecania ogólne:'''
 
'''Zalecania ogólne:'''
* Podstawowowe aspekty wydajności obliczeń Gaussianem zostały omówione częściowo na stronie producenta: http://www.gaussian.com/g_ur/m_eff.htm Sugerujemy, aby zadania o dużych wymaganiach pamięciowych (>22GB RAM) liczyć na Leo, zadania średnie (do 22 GB RAM)  na klastrze Nova.
+
* Podstawowe aspekty wydajności obliczeń Gaussianem zostały omówione częściowo na stronie producenta: http://www.gaussian.com/g_ur/m_eff.htm Sugerujemy, aby zadania o dużych wymaganiach pamięciowych (>22GB RAM) liczyć na Leo, zadania średnie (do 22 GB RAM)  na klastrze Nova.
  
 
* Oszacowanie wymaganej pamięci i wskazówki dot. wydajności obliczeń: http://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/m_eff.htm
 
* Oszacowanie wymaganej pamięci i wskazówki dot. wydajności obliczeń: http://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/m_eff.htm
W szczegolności należy zwrócić uwagę, że alokowanie bardzo dużej pamięci nie wpływa liniowo na wydajność obliczeń. Użycie zbyt dużej pamięci może wręcz spowolnić działanie programu. Do oszacowania pamięci dla obliczeń częstości w HF i DFT można użyć programu ''freqmem'' (http://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/m_utils.htm). Powinno to dawać również rozsądne szacunki dla optymalizacji i metod post-HF.
+
W szczególności należy zwrócić uwagę, że alokowanie bardzo dużej pamięci nie wpływa liniowo na wydajność obliczeń. Użycie zbyt dużej pamięci może wręcz spowolnić działanie programu. Do oszacowania pamięci dla obliczeń częstości w HF i DFT można użyć programu ''freqmem'' (http://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/m_utils.htm). Powinno to dawać również rozsądne szacunki dla optymalizacji i metod post-HF.
  
 
* Najwięcej problemów sprawiają zadania wymagające dużo dysku. Jeśli zadanie generuje kilkadziesiąt (lub więcej) GB danych, to wyszukanie wartości całki w takim pliku zajmuje więcej czasu niż jej doliczenie na szybkiej maszynie. Wtedy należy używać trybu ''direct:''
 
* Najwięcej problemów sprawiają zadania wymagające dużo dysku. Jeśli zadanie generuje kilkadziesiąt (lub więcej) GB danych, to wyszukanie wartości całki w takim pliku zajmuje więcej czasu niż jej doliczenie na szybkiej maszynie. Wtedy należy używać trybu ''direct:''
Linia 44: Linia 44:
  
 
* Jeśli istnieje potrzeba użycia poleceń takich jak ''formchk'', to najpierw należy skonfigurować środowisko poleceniami:
 
* Jeśli istnieje potrzeba użycia poleceń takich jak ''formchk'', to najpierw należy skonfigurować środowisko poleceniami:
** [Leo] i [Tezro]:
+
** [[Leo]] i [[Tezro]]:
 
  export g03root="/usr/local/gaussian-WERSJA"
 
  export g03root="/usr/local/gaussian-WERSJA"
 
  source $g03root/g03/bsd/g03.profile
 
  source $g03root/g03/bsd/g03.profile
** [Nova]:
+
** [[Supernova]]:
 
  source /usr/local/Modules/3.2.7/init/bash
 
  source /usr/local/Modules/3.2.7/init/bash
 
  module load gaussian/g09.B.01
 
  module load gaussian/g09.B.01
Linia 62: Linia 62:
 
wersje: 2009 A.02, 2003 C.02, D,01, E.01
 
wersje: 2009 A.02, 2003 C.02, D,01, E.01
  
* Leo jest komputerem dedykowanym do obliczeń pakietami [[ADF]], [[Molcas]], [[Accelrys]], [[CPMD]] PI i inne nie-gaussianowe. Uruchamianie Gaussiana nie jest zalecane. Dozwolone są wyłącznie obliczenia których nie można zrealizować na [[Nova]]. W takiej sytuacji prosimy o [[kontakt]] z administratorami.
+
* Leo jest komputerem dedykowanym do obliczeń pakietami [[ADF]], [[Molcas]], [[Accelrys]], [[CPMD]] PI i inne nie-gaussianowe. Uruchamianie Gaussiana nie jest zalecane. Dozwolone są wyłącznie obliczenia których nie można zrealizować na [[Supernova]]. W takiej sytuacji prosimy o [[kontakt]] z administratorami.
  
 
* Wersja D01 generuje czasem częstości niezgodne w wynikami otrzymywanymi przy pomocy innych wersji programu. Dotyczy to zwłaszcza najniższych częstości i metod DFT. W takich przypadkach należy najpierw sprawdzić czy wyniki otrzymane przed wyliczeniem częstości są stabilne (<code>STABLE=Opt</code>) i dopiero wtedy wyznaczać częstości. Firma Gaussian nie uważa tego za błąd programu.
 
* Wersja D01 generuje czasem częstości niezgodne w wynikami otrzymywanymi przy pomocy innych wersji programu. Dotyczy to zwłaszcza najniższych częstości i metod DFT. W takich przypadkach należy najpierw sprawdzić czy wyniki otrzymane przed wyliczeniem częstości są stabilne (<code>STABLE=Opt</code>) i dopiero wtedy wyznaczać częstości. Firma Gaussian nie uważa tego za błąd programu.
  
=== [[Nova]] ===
+
=== [[Supernova]] ===
wersje: 2009-B.01, 2009-A.02, 2003-D.01 i E.01
+
wersje: 2009-B.01, 2009-A.02, 2003-E01.
  
 
* Do wstawiania zadań Gaussiana do systemu kolejkowania [[PBS]] można wykorzystać skrypty:
 
* Do wstawiania zadań Gaussiana do systemu kolejkowania [[PBS]] można wykorzystać skrypty:
 
  /usr/local/bin/sub-gaussian plik_danych.inp kolejka liczba_procesorow pamiec_w_MB
 
  /usr/local/bin/sub-gaussian plik_danych.inp kolejka liczba_procesorow pamiec_w_MB
  /usr/local/bin/sub-gaussian-2003-e01 plik_danych.inp
+
  /usr/local/bin/sub-gaussian-2009-b01 plik_danych.inp kolejka liczba_procesorow pamiec_w_MB
  /usr/local/bin/sub-gaussian-2003-d01 plik_danych.inp
+
/usr/local/bin/sub-gaussian-2009-a02 plik_danych.inp kolejka liczba_procesorow pamiec_w_MB
 +
  /usr/local/bin/sub-gaussian-2003-e01 plik_danych.inp kolejka liczba_procesorow pamiec_w_MB
 +
 
 
Jest to metoda zalecana ale nie konieczna - można używać własnych skryptów.
 
Jest to metoda zalecana ale nie konieczna - można używać własnych skryptów.
  
Linia 78: Linia 80:
 
  /home/USERNAME/moj-katalog/sub-gaussian <parametry>
 
  /home/USERNAME/moj-katalog/sub-gaussian <parametry>
  
* Pozostałe parametry konfiguracyjne znajdują sie w pliku /usr/local/gaussian-WERSJA/g0X/Default.Route
+
* Pozostałe parametry konfiguracyjne znajdują się w pliku /usr/local/gaussian-WERSJA/g0X/Default.Route
  
 
=== [[Tezro]] ===
 
=== [[Tezro]] ===

Wersja z 14:42, 5 sty 2012

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe

Gaussian
Serwer Wersja
Supernova 2009 B01
2009 A02
2003 E01
Tezro 2003 C02
Leo 009 A02
2003 C02, D01, E01
Kontakt
kdm@wcss.pl

Gaussian jest jednym z najpopularniejszych programów do modelowania układów cząsteczkowych z wykorzystaniem mechaniki kwantowej. Stosowany jest przez chemików, fizyków i inżynierów w dziedzinie chemii teoretycznej i eksperymentalnej. Program jest szczególnie przydatny w obszarach, w których szybko zachodzące zmiany i krótko trwające stany pośrednie układów uniemożliwiają obserwację eksperymentalną zachodzących w nich procesów. Gaussian umożliwia badanie układów na poziomie ab initio oraz na poziomie bardziej uproszczonym (np. półempirycznym).

Informacje ogólne

Pakiet Gaussian został pierwotnie opracowany przez zespół J.A. Pople'a. Pierwsza wersja pakietu udostępniona została w 1976 roku pod nazwą Gaussian-76. Kolejne wersje nazywano odpowiednio do roku, w którym były wydawane, Gaussian-80, -82, -86, -88, -90, -92, -94, -98, -03 i wersja -09.

Gaussian 98/03 posiada zdolność prognozowania wielu własności cząsteczek i reakcji, włączając:

  • energie i struktury molekularne,
  • energie i struktury stanów przejściowych,
  • częstości drgań,
  • widma IR i Raman'owskie,
  • własności termochemiczne,
  • energie wiązań i ścieżki reakcji,
  • orbitale molekularne,
  • ładunki atomowe,
  • momenty multipolowe,
  • stałe ekranowania i podatności magnetyczne NMR,
  • powinowactwo elektronowe i potencjały jonizacyjne,
  • polaryzowalności i hiperpolaryzowalności,
  • potencjały elektrostatyczne i gęstości elektronowe,
  • i wiele innych.

Obliczenia dla danego układu cząsteczek mogą być wykonywane w fazie gazowej lub roztworze, w stanie podstawowym oraz w stanie wzbudzonym.

Nowości Gaussiana 03 to m.in. poszerzona funkcjonalność metody ONIOM czy metody rozwiązywania PCM (ang.Polarizable Continuum Model).

Program Gaussian można uruchamiać na większości z dostępnych platform sprzętowych i systemowych, począwszy od komputerów klasy PC/Macintosh z Windows, Linux lub MacOS, poprzez praktycznie wszystkie uniksowe stacje robocze, po superkomputery wszystkich producentów. Gaussian może być wykonywany równolegle w środowiskach SMP (oraz rozproszonych, po zakupieniu dodatkowego pakietu Linda).

GAUSSIAN w WCSS

W WCSS pakiet GAUSSIAN jest dostępny na maszynach Supernova, Leo, Tezro.

Zalecania ogólne:

  • Podstawowe aspekty wydajności obliczeń Gaussianem zostały omówione częściowo na stronie producenta: http://www.gaussian.com/g_ur/m_eff.htm Sugerujemy, aby zadania o dużych wymaganiach pamięciowych (>22GB RAM) liczyć na Leo, zadania średnie (do 22 GB RAM) na klastrze Nova.

W szczególności należy zwrócić uwagę, że alokowanie bardzo dużej pamięci nie wpływa liniowo na wydajność obliczeń. Użycie zbyt dużej pamięci może wręcz spowolnić działanie programu. Do oszacowania pamięci dla obliczeń częstości w HF i DFT można użyć programu freqmem (http://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/m_utils.htm). Powinno to dawać również rozsądne szacunki dla optymalizacji i metod post-HF.

  • Najwięcej problemów sprawiają zadania wymagające dużo dysku. Jeśli zadanie generuje kilkadziesiąt (lub więcej) GB danych, to wyszukanie wartości całki w takim pliku zajmuje więcej czasu niż jej doliczenie na szybkiej maszynie. Wtedy należy używać trybu direct:
SCF=DIRECT
Dodatkowo, silne obciążenie podsystemu dyskowego komputera stopuje całą maszynę. Oczywiście, zadania, których nie można uruchomić w trybie bezpośrednim, ciągle można liczyć w WCSS. Prosimy jednak pamiętać, że jeśli zagrozi to przepełnieniem dysków /scratch i przerwaniem innych zadań, to zadanie takie zostanie zabite. Użytkownicy wymagający więcej przestrzeni dyskowej proszeni są o kontakt przed rozpoczęciem obliczeń.
  • Gaussian zainstalowany jest na poszczególnych maszynach w podkatalogach /usr/local/gWERSJA/ lub /usr/local/gaussian-WERSJA/.
  • Jeśli istnieje potrzeba użycia poleceń takich jak formchk, to najpierw należy skonfigurować środowisko poleceniami:
export g03root="/usr/local/gaussian-WERSJA"
source $g03root/g03/bsd/g03.profile
source /usr/local/Modules/3.2.7/init/bash
module load gaussian/g09.B.01
  • Gaussian nie akceptuje DOS-owego znaku powrotu karetki (znak ^M) w plikach danych. Sprawdzenie można wykonać poleceniem:
vim -b plik-danych
  • Sposób cytowania zalecany przez producenta znajduje się na stronie:

http://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/m_citation.htm

Leo

wersje: 2009 A.02, 2003 C.02, D,01, E.01

  • Leo jest komputerem dedykowanym do obliczeń pakietami ADF, Molcas, Accelrys, CPMD PI i inne nie-gaussianowe. Uruchamianie Gaussiana nie jest zalecane. Dozwolone są wyłącznie obliczenia których nie można zrealizować na Supernova. W takiej sytuacji prosimy o kontakt z administratorami.
  • Wersja D01 generuje czasem częstości niezgodne w wynikami otrzymywanymi przy pomocy innych wersji programu. Dotyczy to zwłaszcza najniższych częstości i metod DFT. W takich przypadkach należy najpierw sprawdzić czy wyniki otrzymane przed wyliczeniem częstości są stabilne (STABLE=Opt) i dopiero wtedy wyznaczać częstości. Firma Gaussian nie uważa tego za błąd programu.

Supernova

wersje: 2009-B.01, 2009-A.02, 2003-E01.

  • Do wstawiania zadań Gaussiana do systemu kolejkowania PBS można wykorzystać skrypty:
/usr/local/bin/sub-gaussian plik_danych.inp kolejka liczba_procesorow pamiec_w_MB
/usr/local/bin/sub-gaussian-2009-b01 plik_danych.inp kolejka liczba_procesorow pamiec_w_MB
/usr/local/bin/sub-gaussian-2009-a02 plik_danych.inp kolejka liczba_procesorow pamiec_w_MB
/usr/local/bin/sub-gaussian-2003-e01 plik_danych.inp kolejka liczba_procesorow pamiec_w_MB

Jest to metoda zalecana ale nie konieczna - można używać własnych skryptów.

  • Dla wersji 2003 zadania są automatycznie konfigurowane do wykorzystania 4 lub 8 procesorów i 7 lub 15 GB pamięci oraz kolejki normal. Jeśli zachodzi potrzeba zmiany tych ustawień, to należy skopiować dany skrypt do własnego katalogu i zmodyfikować go według wskazówek zawartych w treści skryptu. Następnie należy wstawić zadanie do kolejki przy pomocy tak zmienionego skryptu:
/home/USERNAME/moj-katalog/sub-gaussian <parametry>
  • Pozostałe parametry konfiguracyjne znajdują się w pliku /usr/local/gaussian-WERSJA/g0X/Default.Route

Tezro

wersje: 2003 C02

  • Tezro jest komputerem dedykowanym do obliczeń pakietami Tripos Sybyl i Accelrys. Uruchamianie Gaussiana nie jest zalecane.
  • Wstawianie zadań Gaussiana do systemu kolejkowania PBS odbywa się przez wywołanie skryptu (zalecane):
/usr/local/bin/sub-gaussian <plik_wej.inp> [kolejka]
  • Zadanie jednoprocesorowe zostanie domyślnie wstawione do kolejki normal, zadanie wieloprocesorowe do kolejki parallel.

Dokumentacja

Dokumentacja Gaussiana 94 i 98 dostępna jest w formie drukowanej:

  • E. Frisch, Michael J. Frisch, James B. Foresman, "Gaussian 94 User's Reference", Manual Version: 5.1, February, 1996
  • E. Frisch, Michael J. Frisch, "Gaussian 98 User's Reference", Manual Version: 6.1, January, 1999
  • E. Frisch, Michael J. Frisch, Alice B. Nielsen, "Gaussian 98 Programmer's Reference", Manual Version: 6.0, August, 1998

Gaussian w sieci


Zobacz też: Oprogramowanie KDM, Obliczenia wibracyjnie rozdzielczych widm elektronowych w Gaussianie 09