MOLCAS: Różnice pomiędzy wersjami

Z KdmWiki
Skocz do: nawigacji, wyszukiwania
(Dokumentacja)
m
Linia 1: Linia 1:
 
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < Molcas</small>
 
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < Molcas</small>
 +
{{note|Licencja WCSS wygasła z dniem 2 grudnia 2013 r. Z programu mogą korzystać użytkownicy i zespoły posiadające własną licencję}}
 
{{aplikacja|nazwa=Molcas|logo=[[Plik:Molcas.jpg|120px]]|serwer=[[Supernova]]|wersja=7.6 i 7.8}}
 
{{aplikacja|nazwa=Molcas|logo=[[Plik:Molcas.jpg|120px]]|serwer=[[Supernova]]|wersja=7.6 i 7.8}}
 
'''Molcas''' - oprogramowanie kwantowo-chemiczne.
 
'''Molcas''' - oprogramowanie kwantowo-chemiczne.
 
Licencja jest ważna do 2 grudnia 2013 r.
 
  
 
== Korzystanie w WCSS ==
 
== Korzystanie w WCSS ==
 
Na klastrze [[Supernova]] dostępna jest wersja '''7.6''' i '''7.8'''. Wersja starsza zostanie wycofana, gdyż działa niestabilnie.
 
Na klastrze [[Supernova]] dostępna jest wersja '''7.6''' i '''7.8'''. Wersja starsza zostanie wycofana, gdyż działa niestabilnie.
  
;Uruchamianie zadań
+
; Instalacja własnej licencji
 +
Jeśli użytkownik posiada własną licencję może skonfigurować środowisko na klastrze do korzystania z niej. Należy skopiować plik licencji na klaster, następnie założyć w swoim katalogu domowym na klastrze katalog <code>.Molcas</code> (z kropką na początku) i skopiować do niego plik licencji <code>license.dat</code>.
 +
> cd
 +
> mkdir .Molcas
 +
> cp license.dat .Molcas/
  
 +
; Uruchamianie zadań
 +
Zadanie wstawiamy skryptem '''/usr/local/bin/old/sub-molcas''' (skrypt uruchamia wersję 7.8), aby poznać składnię należy wywołać skrypt bez argumentów:
 +
> /usr/local/bin/old/sub-molcas
 +
Sposob uzycia: /usr/local/bin/old/sub-molcas plik.inp liczba_procesorow pamiec_w_MB_per_procesor kolejka
 +
    plik.inp - plik z danymi wejsciowymi, wyniki w plik.log
 +
 +
;Uwaga:
 +
Zmienna MOLCASMEM przydzielana jest w ten sposób, że stanowi ok. 75% pamięci zadeklarowanej w kolejce. Przykładowo: jeśli wstawimy zadanie do kolejki na 1000MB per rdzeń, to zmienna MOLCASMEM zostanie ustawiona na 750MB. Przeszacowanie pamięci spowoduje, że zadanie będzie dłużej czekać w kolejce oraz MOLCAS będzie działał wolniej.
 +
 +
<!--
 
* Zadanie wstawiamy skryptem '''sub-molcas''', aby poznać składnię wywołaj skrypt bez argumentów:
 
* Zadanie wstawiamy skryptem '''sub-molcas''', aby poznać składnię wywołaj skrypt bez argumentów:
  
Linia 21: Linia 34:
 
  Sposob uzycia: /usr/local/bin/sub-molcas-7.8-bigmem plik.inp liczba_rdzeni pamiec_w_MB_per_cale_zadanie
 
  Sposob uzycia: /usr/local/bin/sub-molcas-7.8-bigmem plik.inp liczba_rdzeni pamiec_w_MB_per_cale_zadanie
 
     plik.inp - plik z danymi wejsciowymi, wyniki w plik.log
 
     plik.inp - plik z danymi wejsciowymi, wyniki w plik.log
 
+
-->
 
+
;Uwagi
+
Zmienna MOLCASMEM przydzielana jest w ten sposób, że stanowi ok. 83% zadeklarowanej wartości w systemie PBS. Przykładowo, jeśli wyspecyfikujemy 1800 MB per procesor, to MOLCASMEM przyjmie wartość 1500mb.
+
 
+
 
== Dokumentacja ==
 
== Dokumentacja ==
 
;Molcas w sieci
 
;Molcas w sieci

Wersja z 11:53, 12 lut 2014

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < Molcas

Molcas
Molcas.jpg
Serwer Wersja
Supernova 7.6 i 7.8
Kontakt
kdm@wcss.pl

Molcas - oprogramowanie kwantowo-chemiczne.

Korzystanie w WCSS

Na klastrze Supernova dostępna jest wersja 7.6 i 7.8. Wersja starsza zostanie wycofana, gdyż działa niestabilnie.

Instalacja własnej licencji

Jeśli użytkownik posiada własną licencję może skonfigurować środowisko na klastrze do korzystania z niej. Należy skopiować plik licencji na klaster, następnie założyć w swoim katalogu domowym na klastrze katalog .Molcas (z kropką na początku) i skopiować do niego plik licencji license.dat.

> cd
> mkdir .Molcas
> cp license.dat .Molcas/
Uruchamianie zadań

Zadanie wstawiamy skryptem /usr/local/bin/old/sub-molcas (skrypt uruchamia wersję 7.8), aby poznać składnię należy wywołać skrypt bez argumentów:

> /usr/local/bin/old/sub-molcas
Sposob uzycia: /usr/local/bin/old/sub-molcas plik.inp liczba_procesorow pamiec_w_MB_per_procesor kolejka
   plik.inp - plik z danymi wejsciowymi, wyniki w plik.log
Uwaga

Zmienna MOLCASMEM przydzielana jest w ten sposób, że stanowi ok. 75% pamięci zadeklarowanej w kolejce. Przykładowo: jeśli wstawimy zadanie do kolejki na 1000MB per rdzeń, to zmienna MOLCASMEM zostanie ustawiona na 750MB. Przeszacowanie pamięci spowoduje, że zadanie będzie dłużej czekać w kolejce oraz MOLCAS będzie działał wolniej.

Dokumentacja

Molcas w sieci


Zobacz też: Oprogramowanie KDM