Materials Studio

Z KdmWiki
Skocz do: nawigacji, wyszukiwania

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < Accelrys < Materials Studio

Materials Studio
Accelrys logo.gif
Serwer Wersja
Supernova (+ Gateway) 6.0
Do pobrania 6.1
6.0
Kontakt
kdm@wcss.pl


Materials Studio - oprogramowanie chemiczne do modelowania molekularnego firmy Accelrys. Materials Studio to pełne środowisko do projektowania materiałów, pracujące w architekturze klient serwer. Użytkownik tworzy zadanie obliczeniowe na komputerze klienckim (swoim pececie pracującym pod Windows) i uruchamia obliczenia na komputerze z zainstalowanym serwerem MS (może to być ten sam komputer lub zdalny serwer z uruchomionym Gateway'em).

Licencja

WCSS uczestniczy w licencji krajowej koordynowanej przez ICM. W ramach tej licencji w 2012/2013 r. dostępne są moduły (zobacz też Accelrys):

  • MS Adsorption Locator
  • MS Amorphous Cell
  • MS Blends
  • MS CASTEP Interface
  • MS CASTEP Parallel
  • MS COMPASS Parallel
  • MS Conformers
  • MS Discover Parallel
  • MS DMol3 Interface
  • MS DMol3-Solid State Parallel
  • MS Equilibria
  • MS Forcite Plus
  • MS Gaussian Interface
  • MS GULP Interface
  • MS GULP Parallel
  • MS Mesocite
  • MS MesoDyn
  • MS MesoDyn Interface
  • MS Motif
  • MS Morphology
  • MS NMR CASTEP Parallel
  • MS ONETEP
  • MS ONETEP Interface
  • MS Polymorph Predictor
  • MS Polymorph Predictor Interface
  • MS QMERA
  • MS QMERA Interface
  • MS QSAR Plus
  • MS Reflex Plus
  • MS Reflex QPA
  • MS Sorption
  • MS Synthia
  • MS VAMP
  • MS VAMP Interface
  • MS Visualizer
  • MS X-Cell

Informacja o wykorzystaniu

Uprzejmie przypominamy o konieczności zamieszczania w publikacjach informacji o wykorzystaniu krajowej licencji Accelrys.

Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):

"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "

"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."

Dodatkowe pola siłowe

Dla modułu MS Discover na klastrze Supernova doinstalowane są dodatkowe pola siłowe (Force Fields) pobrane ze strony ich autora dr. Hendrika Heinza ([1]). Użytkownicy korzystający z tych dodatkowych pól proszeni są o cytowanie publikacji:

Heinz, H.; Koerner, H.; Anderson, K. L.; Vaia, R. A.; Farmer, B. L. Chem. Mater. 2005, 17, 5658–5669.

Uruchamianie aplikacji

Użytkownik może korzystać z MS zainstalowanego na serwerach WCSS lub zainstalować ten pakiet na swoim komputerze.

Pakiet składa się z dwóch części: klienta i serwera. Klient jest dostępny na systemy Microsoft Windows, serwer na systemy Microsoft Windows i Unix.

Klient i obliczenia lokalne

Środowisko graficzne Materials Studio służące do wizualizacji i projektowania jest dostępne tylko w postaci klienta na system Microsoft Windows. Klient ma możliwość współpracy z serwerem zainstalowanym lokalnie lub na innym komputerze w sieci.

Aby pracować w MS w pełni lokalnie instaluje się klienta wraz z serwerem w wersji na system Windows. Można również, na swoim drugim komputerze w sieci lokalnej z systemem klasy Unix, zainstalować serwer w wersji na Unixa. Są to opcje korzystne, jeśli użytkownik potrzebuje na bieżąco śledzić w interfejsie graficznym przebieg obliczeń.

Klient MS pozwala także na zapisanie plików wejściowych z danymi modelu tak, że po przekopiowaniu ich na serwer można niezależnie zlecić na nim obliczenia. Pozwala również skonfigurować połączenie ze zdalnym serwerem i bezpośrednio z poziomu klienta zlecać na niego obliczenia przez tzw. Gateway.

Po zainstalowaniu oprogramowania należy skonfigurować w kliencie połączenie z serwerem licencji krajowej.

Obliczenia zdalne przez Gateway

WCSS udostępnia serwer MS na klastrze Supernova. Na klastrze działa tzw. Gateway, za pośrednictwem którego można zdalnie, z poziomu interfejsu klienta, zlecać obliczenia do wykonania na serwerze. Aby móc to robić należy: pobrać oprogramowanie (pliki instalacyjne udostępniane są na wniosek użytkownika), zainstalować pakiet na swoim komputerze (wystarczy instalacja klienta MS), uruchomić klienta, utworzyć nowy projekt i wybrać z menu Tools polecenie Server console. Następnie w oknie Server console należy dodać nowy Gateway o parametrach:

adres: accelrys.wcss.pl
port: 18888
połączenie: HTTPS

Zobacz też szczegółowe instrukcje:

Dla tak podłączonego serwera można obejrzeć listę dostępnych modułów.

Aby mieć możliwość zdalnego zlecania zadań przez Gateway, trzeba uzyskać login i hasło do Gateway'a (niezależny od loginu i hasła systemowego). Użytkowników zainteresowanych uzyskaniem dostępu prosimy o skontaktowanie się w tym celu z administratorami.

Status zadań

Zadania zlecane przez Gateway trafiają do systemu kolejkowego PBS, do kolejki wybranej przed zleceniem obliczeń. Status zadań i ich historię można obserwować z poziomu klienta lub przez stronę WWW Gateway'a: https://accelrys.wcss.pl:18888/

Zmiana hasła w Gateway'u

Użytkownik może samodzielnie zmienić swoje hasło do Gateway'a. Należy w tym celu:

  • wejść na stronę WWW Gateway'a: https://accelrys.wcss.pl:18888/
  • kliknąć w lewym menu "Password" i zalogować się posiadanym loginem i hasłem,
  • podać w formularzu stare i nowe hasło.

Obliczenia wsadowe

Obliczenia można zlecać także w trybie wsadowym. Po zapisaniu z poziomu interfejsu klienta plików wejściowych, przekopiowaniu ich a serwer w WCSS, można zlecić obliczenia z wykorzystaniem gotowych skryptów sub-moduł (istnieją tylko dla niektórych modułów MS) lub poleceń dostępnych w katalogu instalacji (trzeba pamiętać o wstawieniu ich do jednej z kolejek PBS).

Gotowe skrypty

W ścieżce /usr/local/bin znajdują się gotowe skrypty wstawiające do kolejek PBS obliczenia niektórych modułów MS:

supernova> sub-DMol3 nazwa_zadania liczba_rdzeni [pamiec_w_MB_na_rdzen] [kolejka]

Skrypt zakłada, że w bieżącym katalogu znajduje się plik wejściowy z rozszerzeniem .input oraz wszystkie pozostałe potrzebne pliki wejściowe.

Polecenia dostępne na klastrze Supernova
AmorphousCell /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio60/etc/AmorphousCell/bin/RunAmorphousCell.sh nazwa_pliku
CASTEP /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio6.0/etc/CASTEP/bin/RunCASTEP.sh
DFTB+ /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio6.0/etc/DFTB/bin/RunDFTB.sh
Discover /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio6.0/etc/Discover/bin/RunDiscover.sh
Dmol3 /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio6.0/etc/DMol3/bin/RunDMol3.sh
DPD /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio6.0/etc/DPD/bin/RunDPD.sh 
Equilibria /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio6.0/etc/Equilibria/bin/RunEquilibria.sh 
GULP /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio6.0/etc/GULP/bin/RunGULP.sh 
Kinetixas /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio6.0/etc/Kinetix/bin/RunKinetix.sh 
MatServer /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio6.0/etc/MatServer/bin/RunMatServer.sh 
MesoDyn /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio6.0/etc/MesoDyn/bin/RunMesoDyn.sh 
Mesotek /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio6.0/etc/Mesotek/bin/RunMesotek.sh
ONETEP /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio6.0/etc/ONETEP/bin/RunONETEP.sh 
QMERA /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio6.0/etc/QMERA/bin/RunQMERA.sh 
VAMP /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio6.0/etc/VAMP/bin/RunVAMP.sh


Przykład

Obliczenia można uruchomić poleceniem (przykład dla modułu VAMP):

supernova> /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio6.0/etc/VAMP/bin/RunVAMP.sh -q short6h filename.input

gdzie:

  • filename.input to plik z danymi do obliczeń,
  • -q short6h to nazwa kolejki, do której zostanie wstawione zadanie.

Zobacz też: CASTEP

Dokumentacja