Molpro: Różnice pomiędzy wersjami

Z KdmWiki
Przejdź do nawigacji Przejdź do wyszukiwania
 
(Nie pokazano 3 wersji utworzonych przez jednego użytkownika)
Linia 15: Linia 15:
 
== MOLPRO w WCSS ==
 
== MOLPRO w WCSS ==
  
=== Zalecenia ogólne ===
+
Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego.
 +
 
 +
;Środowisko i praca interaktywna
  
 
Testowe uruchomienia programu powinny być wykonywane jako [[PBS#Zadania_interaktywne|zadanie interaktywne]]:
 
Testowe uruchomienia programu powinny być wykonywane jako [[PBS#Zadania_interaktywne|zadanie interaktywne]]:
Linia 26: Linia 28:
 
  molpro [opcje] plik.inp
 
  molpro [opcje] plik.inp
  
Zadania obliczeniowe wstawia się do kolejki wywołując:
+
;Wstawianie zadań do kolejki
 +
 
 +
Do wstawiania zadań równoległych do systemu kolejkowego służy polecenie sub-molpro (uruchamia domyślną wersję programu)
 +
Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować:  
 +
 
 
   > sub-molpro
 
   > sub-molpro
 
  Usage: /usr/local/bin/sub-molpro input_file [parameters]
 
  Usage: /usr/local/bin/sub-molpro input_file [parameters]
Linia 51: Linia 57:
 
* interesująca dyskusja na temat pamięci w MOLPRO: http://www.molpro.net/pipermail/molpro-user/2010-April/003723.html
 
* interesująca dyskusja na temat pamięci w MOLPRO: http://www.molpro.net/pipermail/molpro-user/2010-April/003723.html
  
=== Molpro 2010.1 ===
+
;Znane blędy:
* system obliczeniowy: [[Supernova]]
+
* nie należy używać polecenia "show" tuż przed "optg", gdyż powoduje to błąd i zakończenie działania aplikacji.
 
 
Zostały zainstalowane dwie wersje: mpp oraz mppx.
 
 
 
Molpro2010.1 w wersji '''mppx''' uruchamia n-samodzielnych (niezależnych) zadań, gdzie n = liczba zadeklarowanych procesorów.
 
Wersja "mppx" jest znacznie szybsza od wersji "mpp" w zadaniach liczących gradienty i hessiany.
 
 
 
Zadania obliczeniowe wstawia się do kolejki wywołując:
 
'''sub-molpro_mppx''' plik.inp [liczba-wezlow] [liczba-cpu-per-wezel] [wielkosc-pamieci-w-MB-per-węzeł] [kolejka]
 
 
 
Molpro2010.1 w wersji '''mpp''' uruchamia N procesów, które liczą jedno zadanie, gdzie N = liczba zadeklarowanych procesorów. Zaimplementowane są w niej wszystkie metody dostępne w Molpro2010.1.
 
 
 
Zadania do kolejki wstawia się wywołując:
 
'''sub-molpro-2010.1''' plik.inp [liczba-wezlow] [liczba-cpu-per-wezel] [wielkosc-pamieci-w-MB-per-węzeł] [kolejka]
 
 
 
Domyślnie zadanie zostanie wstawione do kolejki normal z przydziałem 1 węzła, 4 CPU per węzeł i 1800MB pamięci dla każdego CPU.
 
 
 
=== Molpro 2012.1 ===
 
* system obliczeniowy: [[Supernova]]
 
 
 
Począwszy od wersji 2012 metody zrównoleglenia MPP i MPPX są zintegrowane w tej samej instalacji a algorytm jest wybierany automatycznie podczas uruchomienia.
 
 
 
Zadania obliczeniowe wstawia się do kolejki wywołując:
 
'''sub-molpro-2012.1.5'''  plik.inp liczba_procesorow pamiec_w_MB_per_procesor kolejka
 
    plik.inp - plik z danymi wejsciowymi, wyniki w plik.log
 
 
Można korzystać także z polecenia '''sub-molpro''', które wskazuje na najnowszą zainstalowaną wersję domyślną programu.
 
  
 
== Informacje o wykorzystaniu ==
 
== Informacje o wykorzystaniu ==

Aktualna wersja na dzień 12:01, 9 lip 2018

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < Molpro

Molpro
Molpro.png
Serwer Wersja
Bem 2012.1.12
Kontakt
kdm@wcss.pl

MOLPRO jest całościowym pakietem do obliczeń w dziedzinie chemii kwantowej, oferującym zaawansowane jak i podstawowe metody ab initio, ze szczególnym uwzględnieniem metod korelacyjnych. Twórcami pakietu są H.J. Werner, P.J. Knowles i wielu innych, którzy przyczynili się do jego rozwoju.

Informacje ogólne

Główne cechy MOLPRO:

  • pełny zakres metod ab initio
  • moduły direct i local dla obliczeń w trybie Direct SCF oraz Localized Moeller-Plesset
  • obliczenia przeprowadzane z utrzymaniem maksymalnej możliwej precyzji
  • możliwość generowania danych wsadowych dla Gaussiana, Moldena, formaty XYZ, i inne
  • przyjazna i bardzo elastyczna składnia danych wejściowych (proste słownictwo, wyrażenia, zmienne, pętle, warunki, procedury, itp.)

Pakiet napisany jest głównie w języku Fortran90. Licencjonowaniem MOLPRO zajmuje się University College Cardiff Consultants Limited.

MOLPRO w WCSS

Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego.

Środowisko i praca interaktywna

Testowe uruchomienia programu powinny być wykonywane jako zadanie interaktywne:

 qsub -I -l walltime=06:00:00 -l software=Molpro_WERSJA

Następnie program można uruchomić po wgraniu odpowiedniego modułu:

module load molpro (dla wersji domyślnej)

Program można wywoływać poleceniem:

molpro [opcje] plik.inp
Wstawianie zadań do kolejki

Do wstawiania zadań równoległych do systemu kolejkowego służy polecenie sub-molpro (uruchamia domyślną wersję programu) Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować:

 > sub-molpro
Usage: /usr/local/bin/sub-molpro input_file [parameters]
Parameters:
-q queue (default - main)
-n nodes (default - 1)
-p cores (per node, default - 1)
-m memory (per node, in MB, default - 2000)
-w walltime (in hours, default - 504)

Na przykład

> sub-molpro test.inp -q main -n 1 -p 2 -m 4000 -w 2 

Zadanie uruchomione zostanie na 2 rdzeniach (w obrębie jednego węzła), wymaga 4000 MB RAM (po 2000 MB na proces), walltime zadania jest równy 2 godziny.

Uwaga

Należy pamiętać o podaniu w pliku danych odpowiedniej karty memory. Wartość podawana w tej karcie musi być nieco mniejsza niż wartość pamięci podana jako argument dla skryptu sub-molpro, tak aby system kolejkowy miał pewien bufor operacyjny.

Ważne:

Znane blędy
  • nie należy używać polecenia "show" tuż przed "optg", gdyż powoduje to błąd i zakończenie działania aplikacji.

Informacje o wykorzystaniu

Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):

"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "

"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."

Dokumentacja

Zobacz też: Oprogramowanie KDM