SPRKKR: Różnice pomiędzy wersjami

Z KdmWiki
Skocz do: nawigacji, wyszukiwania
Linia 43: Linia 43:
  
 
Zadanie zostanie zakolejkowane w systemie PBS, a pliki wyjściowe wygenerują się w bieżącym katalogu.
 
Zadanie zostanie zakolejkowane w systemie PBS, a pliki wyjściowe wygenerują się w bieżącym katalogu.
 
  
 
Dodatkowe informacje o użyciu skryptu można uzyskać wywołując polecenie parametrów, np. wywołując:
 
Dodatkowe informacje o użyciu skryptu można uzyskać wywołując polecenie parametrów, np. wywołując:
Linia 58: Linia 57:
 
  -m memory (in MB, default - 2000)
 
  -m memory (in MB, default - 2000)
 
  -w walltime (in hours, default - 504)
 
  -w walltime (in hours, default - 504)
 
  
 
== XBAND ==  
 
== XBAND ==  
Linia 89: Linia 87:
  
 
Należy w środowisku graficznym jedynie generować pliki wejściowe, a później zlecać je, jak na początku opisu, w zadaniu interaktywnym lub przez skrypt '''sub-kkrscf-7.7.3''' ('''sub-kkrgen-7.7.3''').
 
Należy w środowisku graficznym jedynie generować pliki wejściowe, a później zlecać je, jak na początku opisu, w zadaniu interaktywnym lub przez skrypt '''sub-kkrscf-7.7.3''' ('''sub-kkrgen-7.7.3''').
 
  
 
== Informacje o wykorzystaniu ==
 
== Informacje o wykorzystaniu ==
 
{{Podziękowanie_WCSS}}
 
{{Podziękowanie_WCSS}}
 
  
 
== SPRKKR w sieci ==
 
== SPRKKR w sieci ==
 
*[http://olymp.cup.uni-muenchen.de/index.php?option=com_content&view=article&id=8&catid=4&Itemid=7 Strona domowa pakietu SPRKKR]
 
*[http://olymp.cup.uni-muenchen.de/index.php?option=com_content&view=article&id=8&catid=4&Itemid=7 Strona domowa pakietu SPRKKR]
 
*[http://olymp.cup.uni-muenchen.de/index.php?option=com_content&view=article&id=10&catid=4&Itemid=7&lang=en Strona programu pomocniczego XBAND]
 
*[http://olymp.cup.uni-muenchen.de/index.php?option=com_content&view=article&id=10&catid=4&Itemid=7&lang=en Strona programu pomocniczego XBAND]
 
  
 
'''Zobacz też:''' [[Oprogramowanie KDM]]
 
'''Zobacz też:''' [[Oprogramowanie KDM]]

Wersja z 15:22, 31 sty 2020

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < SPRKKR

SPRKKR
Serwer Wersja
Bem 7.7.3
Kontakt
kdm@wcss.pl

SPRKKR (A spin polarized relativistic Korringa-Kohn-Rostoker (SPR-KKR) code for Calculating Solid State Properties )

Uruchamianie obliczeń w zadaniu interaktywnym

Aby uruchomić oprogramowanie należy albo rozpocząć zadanie interaktywne, np.:

qsub -I -l walltime=01:00:00 -l select=1:ncpus=1:mem=2048MB -l software=SPRKKR

następnie załadować moduł:

module load SPRKKR/7.7.3

Należy przejść do katalogu gdzie znajduje się plik .inp, ponieważ potrzebny jest także plik .pot, który nie ma podanej bezwględnej ścieżki w pliku .inp i w przeciwnym wypadku nie zostałby znaleziony. Czyli:

cd ~/katalog_z_plikiem_inp

oraz nadać plikom wejściowym uprawnienia do wykonywania:

chmod +x nazwa_pliku

Teraz można już wywołać program przesyłając na standardowe wejście plik .inp:

kkrscf7.7.3 < plik.inp

obliczenia rozpoczną się i zostaną wypisane na ekran. Można także przekierować standardowe wyjście do pliku np.:

kkrscf7.7.3 < plik.inp > plik_wyjsciowy

Analogicznie należy postępować z kkrgen7.7.3.

Uruchamianie obliczeń na podstawie skryptu

Możliwe jest uruchomienie obliczeń przy pomocy skryptu sub-kkrscf-7.7.3 oraz sub-kkrgen-7.7.3 bez uruchamiania zadania interaktywnego. W tym celu należy również przejść do katalogu, w którym znajdują się pliki wejściowe. Następnie wywołać np.

sub-kkrscf-7.7.3 plikwejsciowy.inp

lub

sub-kkrgen-7.7.3 plikwejsciowy.inp

Zadanie zostanie zakolejkowane w systemie PBS, a pliki wyjściowe wygenerują się w bieżącym katalogu.

Dodatkowe informacje o użyciu skryptu można uzyskać wywołując polecenie parametrów, np. wywołując:

sub-kkrscf-7.7.3 

wyświetlone zostanie:

Usage: /usr/local/bin/sub-kkrscf-7.7.3 input_file [parameters]
Parameters:
-q queue (default - main)
-n nodes (default - 1)
-p cores (default - 1)
-m memory (in MB, default - 2000)
-w walltime (in hours, default - 504)

XBAND

Program pomocniczy GUI do tworzenia plików wejściowych.

Należy uruchomić go po zalogowaniu się na UI z przekierowaniem wyświetlania, w systemie Linux należy wywołać w terminalu polecenie:

ssh -X login@ui.wcss.pl

następnie załadować moduł:

module load xband/6.3

i wywołać program:

xband

Program w wersji graficznej się uruchomi.

Można także skorzystać także z klienta NoMachine lub z klienta PuTTy z przekierowaniem wyświetlania.

Po zalogowaniu się do zdalnego pulpitu należy uruchomić Terminal i także załadować moduł

module load xband/6.3

i wywołać program:

xband

Należy w środowisku graficznym jedynie generować pliki wejściowe, a później zlecać je, jak na początku opisu, w zadaniu interaktywnym lub przez skrypt sub-kkrscf-7.7.3 (sub-kkrgen-7.7.3).

Informacje o wykorzystaniu

Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):

"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "

"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."

SPRKKR w sieci

Zobacz też: Oprogramowanie KDM